More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dhaf_1326 on replicon NC_011830
Organism: Desulfitobacterium hafniense DCB-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011830  Dhaf_1326  putative sigma54 specific transcriptional regulator  100 
 
 
540 aa  1097  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  1.01296e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0663  putative PAS/PAC sensor protein  44.95 
 
 
527 aa  435  1e-120  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_0090  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  44.9 
 
 
541 aa  422  1e-117  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.00173924  hitchhiker  0.00306857 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1486  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.85 
 
 
525 aa  361  2e-98  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0842644  hitchhiker  1.47012e-08 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2382  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.5 
 
 
539 aa  341  2e-92  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0222564  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2640  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.93 
 
 
532 aa  341  2e-92  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1552  Fis family transcriptional regulator  38.45 
 
 
525 aa  340  4e-92  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.246478  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2153  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.73 
 
 
604 aa  315  2e-84  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.65 
 
 
636 aa  314  2e-84  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0512499  normal  0.510149 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2617  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.99 
 
 
523 aa  308  1e-82  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.881496 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2310  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.39 
 
 
688 aa  302  1e-80  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1348  putative PAS/PAC sensor protein  35.27 
 
 
506 aa  302  1e-80  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0260  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.05 
 
 
687 aa  301  2e-80  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2305  putative sigma54 specific transcriptional regulator  40.49 
 
 
601 aa  300  3e-80  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_25940  sigma54-dependent activator protein  35.93 
 
 
505 aa  300  6e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.935166  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1699  acetoin operon expression regulatory protein  38.43 
 
 
671 aa  297  3e-79  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.263456  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2861  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  45.15 
 
 
690 aa  297  4e-79  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1794  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.05 
 
 
525 aa  296  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2529  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.05 
 
 
525 aa  296  5e-79  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1902  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  35.05 
 
 
525 aa  296  5e-79  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0444  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.06 
 
 
482 aa  296  6e-79  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_06720  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  39.65 
 
 
581 aa  296  9e-79  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4008  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator  39.17 
 
 
690 aa  295  2e-78  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1719  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.18 
 
 
582 aa  295  2e-78  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2998  transcriptional regulator, TyrR  34.77 
 
 
518 aa  294  3e-78  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.014514  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0792  hypothetical protein  43.73 
 
 
662 aa  294  3e-78  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1034  transcriptional regulator, TyrR  34.98 
 
 
502 aa  293  4e-78  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3598  proprionate catabolism activator, Fis family  36.92 
 
 
639 aa  293  7e-78  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  hitchhiker  0.00055082  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4239  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
690 aa  293  7e-78  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.931391  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0997  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  34.79 
 
 
502 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4227  sigma-54 factor interaction domain-containing protein  35.8 
 
 
531 aa  291  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0941591  normal 
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3919  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
690 aa  291  2e-77  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.346796  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3111  transcriptional regulator, TyrR  34.8 
 
 
517 aa  291  2e-77  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.605009 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3910  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
690 aa  291  2e-77  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.267937  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4187  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
690 aa  291  2e-77  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  3.32878e-11 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0996  putative PAS/PAC sensor protein  35.17 
 
 
502 aa  291  2e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_005945  BAS4072  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
690 aa  291  3e-77  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4389  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.86 
 
 
690 aa  291  3e-77  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4297  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.65 
 
 
690 aa  290  5e-77  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1101  helix-turn-helix, Fis-type  33.65 
 
 
502 aa  289  7e-77  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1024  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41.67 
 
 
544 aa  289  9e-77  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  decreased coverage  7.01357e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32940  transcriptional regulator  33.96 
 
 
511 aa  288  1e-76  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  1.86487e-05 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1776  putative PAS/PAC sensor protein  42.86 
 
 
698 aa  288  1e-76  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0957  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  39.07 
 
 
690 aa  289  1e-76  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal  0.0112868 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1487  sigma-L-dependent transcriptional regulator  43.31 
 
 
696 aa  289  1e-76  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4277  sensory box sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  38.99 
 
 
704 aa  289  1e-76  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1761  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.41 
 
 
536 aa  287  4e-76  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4390  transcriptional regulator TyrR  34.6 
 
 
502 aa  287  4e-76  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.203291 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3778  transcriptional regulator, TyrR  33.89 
 
 
519 aa  286  6e-76  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.18738  hitchhiker  0.000851143 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2075  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.38 
 
 
455 aa  286  7e-76  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.850958  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2801  transcriptional regulator  33.77 
 
 
511 aa  286  7e-76  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.770883  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1280  transcriptional regulator TyrR, putative  33.71 
 
 
502 aa  286  8e-76  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013412  GYMC61_3581  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.43 
 
 
467 aa  286  8e-76  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2667  sigma-54 dependent transcriptional regulator/sensory box protein  35.85 
 
 
668 aa  285  1e-75  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1911  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.51 
 
 
577 aa  285  1e-75  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2092  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  44.48 
 
 
462 aa  285  1e-75  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.131918 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2353  phosphocarrier HPr/sensory box protein/sigma-54 dependent transcriptional regulator  35.66 
 
 
668 aa  285  2e-75  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0864  transcriptional regulator, sigma-54 interaction protein  32.58 
 
 
515 aa  285  2e-75  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4489  transcriptional regulator TyrR  33.89 
 
 
519 aa  283  5e-75  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52980  transcriptional regulator PhhR  34.07 
 
 
519 aa  283  5e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1725  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.97 
 
 
575 aa  283  5e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1500  transcriptional regulator TyrR  35.74 
 
 
520 aa  283  6e-75  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4643  transcriptional regulator PhhR  34.63 
 
 
515 aa  283  7e-75  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2604  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  34.4 
 
 
522 aa  283  7e-75  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1425  transcriptional regulator, TyrR  33.89 
 
 
519 aa  283  7e-75  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.392472  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0399  putative PAS/PAC sensor protein  41.69 
 
 
695 aa  282  9e-75  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4639  putative sigma54 specific transcriptional regulator  37.74 
 
 
574 aa  282  9e-75  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.215037  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1926  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.64 
 
 
575 aa  282  9e-75  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3765  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.54 
 
 
463 aa  282  1e-74  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  decreased coverage  0.000821276  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1763  putative PAS/PAC sensor protein  42.64 
 
 
698 aa  281  1e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2324  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.46 
 
 
522 aa  282  1e-74  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2756  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.3 
 
 
462 aa  281  2e-74  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0926  transcriptional regulator TyrR  35.85 
 
 
513 aa  281  2e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2866  transcriptional regulator, TyrR  33.52 
 
 
512 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.313712  hitchhiker  7.67573e-11 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_1481  transcriptional regulator, TyrR  33.52 
 
 
512 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.000204273  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1486  transcriptional regulator, TyrR  33.52 
 
 
512 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.181258  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1517  transcriptional regulator, TyrR  33.52 
 
 
512 aa  281  3e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.216053 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1684  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.36 
 
 
459 aa  280  4e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2302  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.42 
 
 
458 aa  280  4e-74  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.957796  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1588  putative PAS/PAC sensor protein  37.01 
 
 
633 aa  280  4e-74  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  decreased coverage  0.00103997  normal  0.3831 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1544  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.38 
 
 
568 aa  280  4e-74  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2035  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  38.39 
 
 
655 aa  280  5e-74  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1729  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.59 
 
 
522 aa  280  6e-74  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.52273  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0885  Fis family GAF modulated sigma54 specific transcriptional regulator  37.61 
 
 
661 aa  280  6e-74  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0287148  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1487  helix-turn-helix, Fis-type:Nif-specific regulatory protein  55.43 
 
 
549 aa  279  8e-74  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.659732 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2600  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  35.13 
 
 
585 aa  279  9e-74  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3994  transcriptional regulator, TyrR  33.89 
 
 
519 aa  279  1e-73  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.295924  normal  0.0800973 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1388  transcriptional regulator, TyrR  33.33 
 
 
512 aa  278  1e-73  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1051  PAS modulated sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  37.44 
 
 
688 aa  279  1e-73  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1649  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.4 
 
 
513 aa  278  2e-73  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.727425  hitchhiker  0.000895346 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2152  DNA-binding transcriptional regulator TyrR  33.7 
 
 
514 aa  278  2e-73  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1061  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.2 
 
 
602 aa  278  2e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1330  transcriptional regulator, TyrR  32.54 
 
 
512 aa  278  2e-73  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0540713  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  43.94 
 
 
459 aa  278  2e-73  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2672  transcriptional regulator, TyrR  33.15 
 
 
512 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0181063  hitchhiker  0.0037784 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2605  transcriptional regulator, TyrR  33.15 
 
 
512 aa  278  2e-73  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0016183  decreased coverage  1.06827e-07 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1669  transcriptional regulatory protein TyrR  32.84 
 
 
512 aa  277  3e-73  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1931  transcriptional regulator  36.38 
 
 
935 aa  277  3e-73  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_31410  sigma54-dependent activator protein  37.42 
 
 
667 aa  277  4e-73  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2835  putative PAS/PAC sensor protein  35.73 
 
 
591 aa  277  4e-73  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  unclonable  2.81177e-06  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>