More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ddes_0011 on replicon NC_011883
Organism: Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011883  Ddes_0011  peptide deformylase  100 
 
 
172 aa  352  2e-96  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.196831  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2840  peptide deformylase  56.29 
 
 
170 aa  189  2e-47  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2039  peptide deformylase  54.49 
 
 
184 aa  182  2e-45  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0029  peptide deformylase  53.8 
 
 
171 aa  170  8e-42  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0013  peptide deformylase  58.33 
 
 
169 aa  169  3e-41  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0015  peptide deformylase  47.62 
 
 
167 aa  167  6e-41  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0042  peptide deformylase  50.6 
 
 
176 aa  159  1e-38  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2628  peptide deformylase  51.5 
 
 
178 aa  157  8e-38  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.790989  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0647  peptide deformylase  51.19 
 
 
173 aa  157  8e-38  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.895591  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0030  peptide deformylase  50 
 
 
184 aa  157  8e-38  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_0148  peptide deformylase  46.51 
 
 
177 aa  156  1e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.317383  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0081  peptide deformylase  47.31 
 
 
175 aa  155  2e-37  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.364538  normal  0.0628749 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0038  peptide deformylase  49.4 
 
 
184 aa  155  3e-37  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0872  peptide deformylase  47.09 
 
 
177 aa  154  6e-37  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2532  peptide deformylase  47.09 
 
 
177 aa  154  6e-37  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0298154  normal  0.981037 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0179  peptide deformylase  48.82 
 
 
187 aa  154  8e-37  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.340419  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0625  peptide deformylase  46.11 
 
 
175 aa  154  9e-37  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.276668  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0442  peptide deformylase  48.81 
 
 
174 aa  153  1e-36  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.33127  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2323  peptide deformylase  52.07 
 
 
169 aa  152  2e-36  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.180908  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0673  peptide deformylase  45.51 
 
 
175 aa  152  3e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.478073  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2233  peptide deformylase  47.31 
 
 
173 aa  150  8e-36  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00022  peptide deformylase  50.31 
 
 
169 aa  150  8e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00200  peptide deformylase  48.52 
 
 
168 aa  149  2e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0942846  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0803  peptide deformylase  44.91 
 
 
175 aa  148  3e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal  0.605811 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3693  peptide deformylase  46.2 
 
 
175 aa  148  4e-35  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4749  peptide deformylase  47.56 
 
 
173 aa  147  6e-35  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.135374  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0084  peptide deformylase  45.56 
 
 
168 aa  147  6e-35  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.669645  decreased coverage  4.47721e-15 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0251  peptide deformylase  47.7 
 
 
180 aa  147  7e-35  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal  0.142586 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3064  peptide deformylase  47.37 
 
 
187 aa  147  9e-35  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.518814 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4240  peptide deformylase  48.17 
 
 
173 aa  147  9e-35  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  hitchhiker  0.003685 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0020  peptide deformylase  47.93 
 
 
168 aa  146  1e-34  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.139599  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4570  peptide deformylase  50 
 
 
173 aa  145  2e-34  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1918  peptide deformylase  46.11 
 
 
171 aa  145  2e-34  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.232205  normal  0.101143 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1598  peptide deformylase  45.51 
 
 
171 aa  145  2e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.24157  normal  0.0664949 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0043  peptide deformylase  47.62 
 
 
167 aa  146  2e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1636  peptide deformylase  46.11 
 
 
171 aa  145  2e-34  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.171966  normal  0.104834 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0087  peptide deformylase  45.56 
 
 
168 aa  145  3e-34  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.68939  hitchhiker  1.33405e-06 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7337  peptide deformylase  47.34 
 
 
175 aa  145  3e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0017  peptide deformylase  49.08 
 
 
168 aa  145  3e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  2.67775e-06  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0818  peptide deformylase  46.11 
 
 
171 aa  144  4e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0068  peptide deformylase  45.56 
 
 
168 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  hitchhiker  0.00204301  unclonable  4.0176e-07 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0084  peptide deformylase  45.56 
 
 
168 aa  144  5e-34  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.424252 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4045  peptide deformylase  47.98 
 
 
177 aa  144  5e-34  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.606485 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0976  peptide deformylase  40.12 
 
 
187 aa  144  6e-34  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.428714  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA1035  peptide deformylase  40.12 
 
 
187 aa  144  6e-34  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0261  peptide deformylase  49.03 
 
 
173 aa  144  7e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.632283 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0245  polypeptide deformylase  46.15 
 
 
171 aa  143  1e-33  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0394  peptide deformylase  44.58 
 
 
177 aa  143  1e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3146  peptide deformylase  46.71 
 
 
171 aa  142  2e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.107781  normal  0.346577 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2896  peptide deformylase  44.86 
 
 
188 aa  142  2e-33  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.277064  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0055  peptide deformylase  46.75 
 
 
168 aa  142  2e-33  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1344  peptide deformylase  41.57 
 
 
175 aa  142  3e-33  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0466  peptide deformylase  47.98 
 
 
174 aa  141  3e-33  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0514  peptide deformylase  48.43 
 
 
172 aa  141  4e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.312606  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2867  peptide deformylase  50 
 
 
170 aa  141  4e-33  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3565  peptide deformylase  50 
 
 
168 aa  140  6e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00170  peptide deformylase  47.85 
 
 
168 aa  139  1e-32  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.221595  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2273  peptide deformylase  48.52 
 
 
177 aa  140  1e-32  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00664016 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0193  peptide deformylase  48.47 
 
 
169 aa  139  2e-32  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3338  peptide deformylase  44.64 
 
 
167 aa  139  2e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0019  peptide deformylase  48.19 
 
 
168 aa  139  3e-32  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0054  peptide deformylase  43.11 
 
 
174 aa  138  4e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.847323  hitchhiker  0.000416121 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0177  polypeptide deformylase  48.19 
 
 
168 aa  137  6e-32  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0283  peptide deformylase  48.78 
 
 
170 aa  137  8e-32  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.01475 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000249  peptide deformylase  48.82 
 
 
168 aa  136  1e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0072  peptide deformylase  42.17 
 
 
171 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0020  peptide deformylase  44.91 
 
 
167 aa  136  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal  0.133709 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0019  polypeptide deformylase  44.91 
 
 
167 aa  136  2e-31  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0055  peptide deformylase  42.77 
 
 
171 aa  136  2e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.0323144 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0496  peptide deformylase  43.35 
 
 
193 aa  135  2e-31  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.215202  normal 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0648  peptide deformylase  45.78 
 
 
172 aa  136  2e-31  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  5.69456e-25 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2580  peptide deformylase  46.15 
 
 
174 aa  135  3e-31  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.341575  hitchhiker  6.72564e-06 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0634  peptide deformylase  45.18 
 
 
172 aa  134  5e-31  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  decreased coverage  0.00220243  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0762  peptide deformylase  43.27 
 
 
185 aa  134  7e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.458132  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3679  peptide deformylase  47.24 
 
 
171 aa  134  7e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0762  peptide deformylase  43.27 
 
 
185 aa  134  7e-31  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.100795  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0142  peptide deformylase  46.63 
 
 
167 aa  134  8e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.394236  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2352  polypeptide deformylase  46.63 
 
 
179 aa  134  8e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2806  peptide deformylase  46.63 
 
 
167 aa  134  8e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3356  peptide deformylase  47.24 
 
 
171 aa  133  9e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.253244  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2274  peptide deformylase  46.63 
 
 
216 aa  134  9e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3216  peptide deformylase  48.78 
 
 
166 aa  133  1e-30  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0170058  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0346  peptide deformylase  46.63 
 
 
167 aa  133  2e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0150  polypeptide deformylase  46.63 
 
 
179 aa  133  2e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0725  peptide deformylase  43.9 
 
 
185 aa  132  2e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0159  polypeptide deformylase  46.63 
 
 
179 aa  133  2e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.407364  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0095  peptide deformylase  46.95 
 
 
167 aa  132  3e-30  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1128  peptide deformylase  43.98 
 
 
196 aa  132  3e-30  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0994442 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3408  peptide deformylase  46.3 
 
 
168 aa  131  4e-30  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.709814  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0075  peptide deformylase  48.39 
 
 
169 aa  131  4e-30  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0021  peptide deformylase  46.63 
 
 
167 aa  131  6e-30  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.3876 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2597  peptide deformylase  43.64 
 
 
163 aa  130  9e-30  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.442514 
 
 
-
 
NC_002620  TC0632  peptide deformylase  42.68 
 
 
181 aa  130  9e-30  Chlamydia muridarum Nigg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0023  peptide deformylase  44.79 
 
 
169 aa  130  1e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0407  peptide deformylase  45.83 
 
 
166 aa  130  1e-29  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.447377  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0035  peptide deformylase  45.4 
 
 
167 aa  130  1e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0129  polypeptide deformylase  46.39 
 
 
182 aa  130  1e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_3065  peptide deformylase  45.4 
 
 
167 aa  130  1e-29  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.566479  normal 
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0416  peptide deformylase  42.51 
 
 
167 aa  129  2e-29  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0409  peptide deformylase  41.52 
 
 
188 aa  129  2e-29  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>