189 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd703_1919 on replicon NC_012880
Organism: Dickeya dadantii Ech703



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012880  Dd703_1919  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  100 
 
 
353 aa  704    Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2157  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  76.77 
 
 
350 aa  537  1e-151  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.853366  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2022  electron transport complex protein RnfD  72.8 
 
 
351 aa  508  1e-143  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2237  electron transport complex protein RnfD  70.94 
 
 
361 aa  499  1e-140  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000430242 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2322  electron transport complex protein RnfD  71.1 
 
 
351 aa  497  1e-139  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2010  electron transport complex protein RnfD  71.79 
 
 
364 aa  469  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.079391  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1898  electron transport complex protein RnfD  72 
 
 
351 aa  468  1.0000000000000001e-131  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000890803  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2250  electron transport complex protein RnfD  71.51 
 
 
364 aa  467  9.999999999999999e-131  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000198545  normal  0.637976 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01600  electron transport complex protein RnfD  64.31 
 
 
352 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.0168831  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2011  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  64.02 
 
 
352 aa  457  1e-127  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000875517  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1706  electron transport complex protein RnfD  64.02 
 
 
352 aa  457  1e-127  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.19724  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1999  electron transport complex protein RnfD  64.31 
 
 
352 aa  455  1e-127  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  hitchhiker  0.00297126  normal  0.240124 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1569  electron transport complex protein RnfD  64.31 
 
 
352 aa  456  1e-127  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.08013  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01590  hypothetical protein  64.31 
 
 
352 aa  456  1e-127  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0216636  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2342  electron transport complex protein RnfD  64.02 
 
 
352 aa  456  1e-127  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0357526  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1819  electron transport complex protein RnfD  64.02 
 
 
352 aa  456  1e-127  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.202474  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1838  electron transport complex protein RnfD  63.74 
 
 
352 aa  454  1.0000000000000001e-126  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00396997  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1818  electron transport complex protein RnfD  63.17 
 
 
350 aa  447  1.0000000000000001e-124  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.452065  decreased coverage  0.000391515 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1566  electron transport complex protein RnfD  65.44 
 
 
352 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal  0.094034 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1554  electron transport complex protein RnfD  65.44 
 
 
352 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.52008  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1626  electron transport complex protein RnfD  65.44 
 
 
352 aa  441  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.288903  normal  0.410442 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1718  electron transport complex protein RnfD  65.44 
 
 
352 aa  442  1e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.447234  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1886  electron transport complex protein RnfD  65.16 
 
 
352 aa  440  9.999999999999999e-123  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0115078  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002946  electron transport complex protein RnfD  57.67 
 
 
348 aa  397  1e-109  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.892545  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2196  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  57.67 
 
 
353 aa  386  1e-106  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0735  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  54.49 
 
 
350 aa  385  1e-106  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.170289  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0535  electron transport complex protein RnfD  57.39 
 
 
348 aa  387  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000134913  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2041  electron transport complex protein RnfD  55.52 
 
 
350 aa  380  1e-104  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.460383  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2559  electron transport complex protein RnfD  55.52 
 
 
350 aa  380  1e-104  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.055004 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2356  electron transport complex protein RnfD  53.82 
 
 
350 aa  375  1e-103  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02967  electron transport complex protein RnfD  57.53 
 
 
328 aa  373  1e-102  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2968  electron transport complex protein RnfD  53.12 
 
 
357 aa  366  1e-100  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2175  electron transport complex protein RnfD  51.84 
 
 
350 aa  363  2e-99  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.164146  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1869  electron transport complex protein RnfD  56.66 
 
 
351 aa  360  3e-98  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.173921  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2276  electron transport complex protein RnfD  52.56 
 
 
349 aa  359  5e-98  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.034866  normal  0.800478 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1833  electron transport complex protein RnfD  54.96 
 
 
348 aa  358  7e-98  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.457327  normal  0.122422 
 
 
-
 
NC_009035  Sbal_4548  electron transport complex protein RnfD  52.84 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2262  electron transport complex protein RnfD  52.84 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00632091  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2062  electron transport complex protein RnfD  52.56 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000244661  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2109  electron transport complex protein RnfD  52.56 
 
 
349 aa  357  1.9999999999999998e-97  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1847  electron transport complex protein RnfD  52.27 
 
 
349 aa  355  5e-97  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000941791  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_2511  electron transport complex protein RnfD  52.27 
 
 
349 aa  354  1e-96  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2067  electron transport complex protein RnfD  53.12 
 
 
349 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0541155  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1908  electron transport complex protein RnfD  53.12 
 
 
349 aa  353  2e-96  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2171  electron transport complex protein RnfD  53.41 
 
 
349 aa  353  2.9999999999999997e-96  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.0839879  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2069  electron transport complex protein RnfD  52.12 
 
 
350 aa  349  4e-95  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1866  electron transport complex protein RnfD  52.41 
 
 
350 aa  346  4e-94  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_1062  electron transport complex protein RnfD  50.96 
 
 
363 aa  337  9.999999999999999e-92  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2896  electron transport complex, D subunit  53.39 
 
 
343 aa  337  1.9999999999999998e-91  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.478147  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02732  electron transport complex protein RnfD  52.98 
 
 
342 aa  337  1.9999999999999998e-91  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2629  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.29 
 
 
352 aa  318  7.999999999999999e-86  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.794178  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1542  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  50 
 
 
352 aa  315  5e-85  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.142338 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1172  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  52.96 
 
 
345 aa  306  4.0000000000000004e-82  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0935  electron transport complex protein RnfD  48.31 
 
 
350 aa  303  3.0000000000000004e-81  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.495036  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_19240  Electron transport complex, subunit D  48.32 
 
 
343 aa  300  2e-80  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1793  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  49.86 
 
 
353 aa  297  2e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000573708 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2403  electron transport complex protein RnfD  45.68 
 
 
357 aa  292  5e-78  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.469732  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1160  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.63 
 
 
338 aa  291  1e-77  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3235  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.51 
 
 
338 aa  284  1.0000000000000001e-75  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.467841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_18910  hypothetical protein  47.74 
 
 
344 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00596612  normal  0.053372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1401  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  46.65 
 
 
343 aa  284  2.0000000000000002e-75  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.875463 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1033  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  43.06 
 
 
343 aa  283  4.0000000000000003e-75  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000831458  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1784  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.54 
 
 
349 aa  279  4e-74  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1637  hypothetical protein  48.41 
 
 
344 aa  278  1e-73  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2018  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  47.4 
 
 
342 aa  251  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0813  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  45.29 
 
 
313 aa  234  2.0000000000000002e-60  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.337614  normal  0.474705 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4510  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.06 
 
 
327 aa  229  7e-59  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  decreased coverage  0.000355636 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2821  electron transport complex, D subunit  38.72 
 
 
359 aa  228  1e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3195  RnfD protein  40.97 
 
 
362 aa  221  9.999999999999999e-57  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_50950  Electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.98 
 
 
366 aa  221  1.9999999999999999e-56  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.0710127  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3934  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.97 
 
 
362 aa  221  1.9999999999999999e-56  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  hitchhiker  0.00796702  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1495  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.03 
 
 
357 aa  212  7e-54  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.476973  normal  0.422477 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2992  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  44.06 
 
 
357 aa  210  2e-53  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3195  electron transport complex, RnfABCDGE type, G subunit  39.66 
 
 
360 aa  207  1e-52  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.176851  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0687  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  37.4 
 
 
355 aa  202  5e-51  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.250696  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0286  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  40.28 
 
 
357 aa  202  6e-51  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.364924  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0262  NADH:ubiquinone oxidoreductase, RnfD subunit-like  36.24 
 
 
334 aa  193  3e-48  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1124  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  42.94 
 
 
327 aa  184  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0721  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  39.94 
 
 
314 aa  183  5.0000000000000004e-45  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.270161  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0388  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.62 
 
 
325 aa  181  2e-44  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0305  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.72 
 
 
327 aa  180  4e-44  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_14340  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.18 
 
 
307 aa  179  8e-44  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000000000000923733  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1135  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.69 
 
 
323 aa  176  5e-43  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.811052 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0307  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.67 
 
 
337 aa  175  9.999999999999999e-43  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0928728  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1082  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.53 
 
 
315 aa  175  9.999999999999999e-43  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  normal  0.0800979 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0987  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.97 
 
 
324 aa  174  1.9999999999999998e-42  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.379961  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2698  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  36.52 
 
 
338 aa  174  1.9999999999999998e-42  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0784392  normal  0.0118792 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1095  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  41.69 
 
 
323 aa  171  2e-41  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0080  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.14 
 
 
335 aa  171  2e-41  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  0.0300271  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1734  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.94 
 
 
361 aa  169  5e-41  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.509539  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1311  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  34.71 
 
 
330 aa  169  8e-41  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.412273 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1092  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.34 
 
 
318 aa  167  2e-40  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1156  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  35.09 
 
 
324 aa  167  2.9999999999999998e-40  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal  0.45037 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2431  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.8 
 
 
321 aa  166  5e-40  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  0.000125331  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0611  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  31.46 
 
 
326 aa  165  1.0000000000000001e-39  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.798046  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0703  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.24 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0679  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.24 
 
 
318 aa  164  2.0000000000000002e-39  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0582  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  32.09 
 
 
319 aa  162  8.000000000000001e-39  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_0343  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  33.62 
 
 
315 aa  159  5e-38  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1326  electron transport complex, RnfABCDGE type, D subunit  29.89 
 
 
325 aa  159  7e-38  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.00000145207  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>