More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_3468 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013173  Dbac_3468  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  100 
 
 
267 aa  548  1e-155  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_0325  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  52.82 
 
 
260 aa  265  4e-70  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.473462  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2011  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  52.87 
 
 
265 aa  264  1e-69  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0159  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  51.23 
 
 
265 aa  261  1e-68  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0383  sigma-70 factor  53.57 
 
 
227 aa  245  4.9999999999999997e-64  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.740921  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0596  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  40 
 
 
237 aa  159  5e-38  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2934  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.38 
 
 
257 aa  153  2.9999999999999998e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.142861  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3710  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.61 
 
 
238 aa  153  2.9999999999999998e-36  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2011  sigma 28 (flagella/sporulation)  38.39 
 
 
232 aa  153  2.9999999999999998e-36  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0743  sigma-70 region 4  33.89 
 
 
248 aa  152  5e-36  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_27870  motility sigma factor 28  39.05 
 
 
231 aa  152  5e-36  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.736516  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp1390  flagellar biosynthesis sigma factor  37.79 
 
 
253 aa  152  5.9999999999999996e-36  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1383  flagellar biosynthesis sigma factor  39.39 
 
 
239 aa  151  1e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.0146638  normal  0.275923 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0198  flagellar biosynthesis sigma factor  38.64 
 
 
244 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.410275  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0185  flagellar biosynthesis sigma factor  38.64 
 
 
243 aa  150  2e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0747  sigma 28 (flagella/sporulation)  39.15 
 
 
241 aa  150  3e-35  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.592046  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0985  RNA polymerase, sigma 28 subunit  35.81 
 
 
242 aa  149  3e-35  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal  0.337517 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0179  flagellar biosynthesis sigma factor  38.57 
 
 
244 aa  149  4e-35  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.123657 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1975  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  40 
 
 
247 aa  149  4e-35  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.24626  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1180  RNA polymerase sigma-70 factor  36.73 
 
 
236 aa  149  5e-35  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4070  flagellar biosynthesis sigma factor  35.98 
 
 
253 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0910892  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1159  flagellar biosynthesis protein, alternative sigma factor 28  35.56 
 
 
255 aa  149  5e-35  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4182  flagellar biosynthesis sigma factor  35.98 
 
 
253 aa  149  5e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.142926  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3374  flagellar biosynthesis sigma factor  37.67 
 
 
244 aa  149  6e-35  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.300341  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0253  flagellar biosynthesis sigma factor  37.67 
 
 
243 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.910548  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2836  flagellar biosynthesis sigma factor  37.67 
 
 
243 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.496299  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0271  flagellar biosynthesis sigma factor  37.67 
 
 
243 aa  148  7e-35  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.842416  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3800  flagellar biosynthesis sigma factor  36.92 
 
 
244 aa  148  8e-35  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.353237  normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_1404  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  39.01 
 
 
231 aa  147  1.0000000000000001e-34  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3764  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.87 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2960  flagellar biosynthesis sigma factor  36.92 
 
 
244 aa  147  1.0000000000000001e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.988544  normal  0.239261 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_2022  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.24 
 
 
254 aa  148  1.0000000000000001e-34  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3702  RNA polymerase sigma 28 (sigma F) factor  38.67 
 
 
238 aa  147  1.0000000000000001e-34  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal  0.0322756 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3848  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.87 
 
 
250 aa  148  1.0000000000000001e-34  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000368687 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1378  flagellar biosynthesis sigma factor  40.54 
 
 
239 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.689794  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0134  flagellar biosynthesis sigma factor  36.92 
 
 
244 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.665564 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_1622  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.93 
 
 
238 aa  146  3e-34  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00524411 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3096  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.77 
 
 
237 aa  145  5e-34  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.199967  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3823  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.77 
 
 
237 aa  145  5e-34  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.374768 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0929  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.75 
 
 
241 aa  145  5e-34  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5619  sigma-70 region 4  37.84 
 
 
238 aa  145  6e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.496645  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3081  DNA-directed RNA polymerase specialized sigma subunit  34.5 
 
 
237 aa  144  1e-33  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0439211  normal  0.490466 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  37.5 
 
 
243 aa  144  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.216069  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1724  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  36.94 
 
 
239 aa  143  2e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0719948  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1699  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
244 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.621105  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2559  flagellar biosynthesis sigma factor  40.17 
 
 
237 aa  144  2e-33  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.551623  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2843  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
244 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.540839  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2696  flagellar biosynthesis sigma factor  36.94 
 
 
239 aa  143  2e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.099334 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0058  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
243 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3921  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
244 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1717  flagellar biosynthesis sigma factor  36.94 
 
 
239 aa  143  2e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.475012 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_3132  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
244 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1260  flagellar biosynthesis sigma factor  36.94 
 
 
239 aa  143  2e-33  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.514433  normal  0.0264415 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  39.27 
 
 
239 aa  144  2e-33  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0133422  normal  0.62617 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3840  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
244 aa  144  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3419  flagellar biosynthesis sigma factor  35.29 
 
 
244 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2156  flagellar biosynthesis sigma factor  36.94 
 
 
239 aa  143  2e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.69145  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1948  flagellar biosynthesis sigma factor  33.62 
 
 
244 aa  143  3e-33  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2021  flagellar biosynthesis sigma factor  36.94 
 
 
239 aa  143  3e-33  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1313  sigma 28 (flagella/sporulation)  36.24 
 
 
242 aa  143  4e-33  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2939  flagellar biosynthesis sigma factor  36.44 
 
 
240 aa  142  4e-33  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3166  flagellar biosynthesis sigma factor  34.84 
 
 
243 aa  142  4e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1558  flagellar biosynthesis sigma factor  35.59 
 
 
240 aa  142  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1590  flagellar biosynthesis sigma factor  35.14 
 
 
240 aa  142  5e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3049  flagellar biosynthesis sigma factor  39.39 
 
 
239 aa  142  5e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.0797202 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2509  flagellar biosynthesis sigma factor  36.49 
 
 
239 aa  142  5e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4416  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  37.17 
 
 
238 aa  142  6e-33  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.197457  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1635  flagellar biosynthesis sigma factor  37.83 
 
 
242 aa  142  7e-33  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.110692  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1519  flagellar biosynthesis sigma factor  38.46 
 
 
239 aa  141  9.999999999999999e-33  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_09870  RNA polymerase, sigma 28 subunit, SigD/FliA/WhiG  35.62 
 
 
295 aa  140  1.9999999999999998e-32  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.84003  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.06 
 
 
262 aa  140  1.9999999999999998e-32  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal  0.198533 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0477  FliA/WhiG family RNA polymerase sigma factor  36.07 
 
 
247 aa  140  1.9999999999999998e-32  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.965458  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1299  flagellar biosynthesis sigma factor  39.04 
 
 
237 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.178662  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1366  flagellar biosynthesis sigma factor  39.04 
 
 
237 aa  140  3e-32  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.183792  normal  0.523278 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4108  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.81 
 
 
251 aa  140  3e-32  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2112  flagellar biosynthesis sigma factor  36.73 
 
 
239 aa  139  3e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.970254  normal  0.0258062 
 
 
-
 
NC_002939  GSU3053  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  34.7 
 
 
250 aa  139  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1164  flagellar biosynthesis sigma factor  36.73 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.072114  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2118  flagellar biosynthesis sigma factor  36.73 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000000000381946 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1287  flagellar biosynthesis sigma factor  36.73 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.867666  hitchhiker  0.000600244 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1359  flagellar biosynthesis sigma factor  39.57 
 
 
237 aa  139  3.9999999999999997e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.273626  normal  0.101166 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2171  flagellar biosynthesis sigma factor  36.73 
 
 
229 aa  139  3.9999999999999997e-32  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000579574 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2909  flagellar biosynthesis sigma factor  38.77 
 
 
237 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2919  flagellar biosynthesis sigma factor  38.77 
 
 
237 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.429378  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3051  flagellar biosynthesis sigma factor  38.77 
 
 
237 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal  0.120605 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1454  flagellar biosynthesis sigma factor  38.77 
 
 
237 aa  139  4.999999999999999e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.375178  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3210  flagellar biosynthesis sigma factor  39.13 
 
 
237 aa  139  7e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1664  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  31.56 
 
 
246 aa  139  7e-32  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000322849  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0429  sigma 28 (flagella/sporulation)  35.53 
 
 
250 aa  138  8.999999999999999e-32  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4127  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  35.56 
 
 
248 aa  138  1e-31  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.000000000536564  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002832  RNA polymerase sigma factor for flagellar operon  36.32 
 
 
244 aa  137  2e-31  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  decreased coverage  0.000000415282  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2144  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  34.08 
 
 
246 aa  137  2e-31  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  decreased coverage  0.000102302  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1667  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.75 
 
 
242 aa  136  4e-31  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2380  flagellar biosynthesis sigma factor  35.65 
 
 
240 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2280  flagellar biosynthesis sigma factor  35.65 
 
 
240 aa  135  5e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3030  flagellar biosynthesis sigma factor  36.44 
 
 
242 aa  135  5e-31  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013174  Jden_1002  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.33 
 
 
283 aa  135  5e-31  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.814788  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02870  flagellar biosynthesis sigma factor  36.73 
 
 
243 aa  135  6.0000000000000005e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  decreased coverage  0.000184148  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1343  flagellar biosynthesis sigma factor  37.9 
 
 
239 aa  135  7.000000000000001e-31  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.600056  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0383  RNA polymerase, sigma 28 subunit, FliA/WhiG  33.33 
 
 
233 aa  135  8e-31  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>