More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dbac_1969 on replicon NC_013173
Organism: Desulfomicrobium baculatum DSM 4028



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007519  Dde_2135  periplasmic (NiFeSe) hydrogenase, large subunit, selenocysteine-containing  70.53 
 
 
488 aa  719    Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1969  nickel-dependent hydrogenase large subunit  100 
 
 
514 aa  1061    Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.668451  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1248  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  65.38 
 
 
488 aa  672    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.210122 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0273  nickel-dependent hydrogenase large subunit  66.4 
 
 
488 aa  685    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.328721 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1231  nickel-dependent hydrogenase large subunit  50.31 
 
 
458 aa  478  1e-133  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1787  nickel-dependent hydrogenase large subunit  47.67 
 
 
481 aa  460  9.999999999999999e-129  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  0.993845  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1042  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  46.11 
 
 
485 aa  444  1e-123  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.90765  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_120  Ni/Fe hydrogenase, large subunit  40.45 
 
 
526 aa  393  1e-108  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0110  [Ni/Fe] hydrogenase, group 1, large subunit, putative  40.07 
 
 
526 aa  387  1e-106  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0258  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  40.26 
 
 
526 aa  388  1e-106  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_1940  hydrogen:quinone oxidoreductase  40.16 
 
 
475 aa  374  1e-102  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2742  Hydrogen:quinone oxidoreductase  40.87 
 
 
518 aa  365  1e-100  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000126046  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2952  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  38.32 
 
 
546 aa  335  2e-90  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.437472 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1245  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.92 
 
 
566 aa  332  8e-90  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.11159 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  37.83 
 
 
567 aa  329  7e-89  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.11146 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2320  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.99 
 
 
570 aa  329  9e-89  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3270  nickel-dependent hydrogenase large subunit  38.82 
 
 
517 aa  328  1.0000000000000001e-88  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.3 
 
 
570 aa  328  1.0000000000000001e-88  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0266  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.92 
 
 
566 aa  327  4.0000000000000003e-88  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.322067  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0873  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.82 
 
 
569 aa  325  8.000000000000001e-88  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0544  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  36.57 
 
 
566 aa  320  5e-86  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2138  periplasmic (NiFe) hydrogenase, large subunit, isozyme 1  35.14 
 
 
568 aa  318  2e-85  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0766  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.13 
 
 
569 aa  315  9.999999999999999e-85  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_08540  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  36.18 
 
 
548 aa  315  9.999999999999999e-85  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.481337 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0122  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.18 
 
 
564 aa  314  2.9999999999999996e-84  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.254382  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_1276  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.23 
 
 
554 aa  311  1e-83  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.438048  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3331  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.7 
 
 
566 aa  311  2e-83  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2055  nickel-dependent hydrogenase large subunit  36.93 
 
 
566 aa  309  9e-83  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013165  Shel_12910  Ni,Fe-hydrogenase I large subunit  36.82 
 
 
545 aa  307  2.0000000000000002e-82  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  0.343906  normal  0.388227 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1071  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.56 
 
 
470 aa  307  2.0000000000000002e-82  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  0.018808  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1038  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.8 
 
 
558 aa  307  3e-82  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.368471  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3136  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.43 
 
 
559 aa  305  1.0000000000000001e-81  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1126  Cytochrome-c3 hydrogenase  35.25 
 
 
559 aa  304  3.0000000000000004e-81  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1946  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.18 
 
 
560 aa  303  6.000000000000001e-81  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2884  nickel-dependent hydrogenase large subunit  35.08 
 
 
585 aa  296  7e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.308731  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3286  [Ni/Fe] hydrogenase, large subunit  35.08 
 
 
585 aa  296  7e-79  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0856  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.26 
 
 
572 aa  293  7e-78  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0785  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.03 
 
 
560 aa  290  5.0000000000000004e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.433799  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2037  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.15 
 
 
568 aa  288  1e-76  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1861  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.91 
 
 
572 aa  289  1e-76  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1266  Ni-Fe hydrogenase large chain  33.8 
 
 
583 aa  287  2.9999999999999996e-76  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_03860  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.22 
 
 
470 aa  286  5.999999999999999e-76  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.27 
 
 
578 aa  285  2.0000000000000002e-75  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0973  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.8 
 
 
572 aa  284  2.0000000000000002e-75  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  decreased coverage  0.000120136  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4240  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.04 
 
 
563 aa  284  3.0000000000000004e-75  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_0862  quinone-reactive Ni/Fe-hydrogenase large chain  34.33 
 
 
573 aa  284  3.0000000000000004e-75  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0699  hydrogenase 2 large subunit  33.75 
 
 
567 aa  283  6.000000000000001e-75  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3394  hydrogenase 2 large subunit  33.39 
 
 
567 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.571998 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3495  hydrogenase 2 large subunit  33.39 
 
 
567 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.233634  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2104  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  35.01 
 
 
567 aa  282  1e-74  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3400  hydrogenase 2 large subunit  33.39 
 
 
567 aa  281  1e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02870  hydrogenase 2, large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0702  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02819  hypothetical protein  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3320  hydrogenase 2 large subunit  33.39 
 
 
567 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.118706  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3329  hydrogenase 2 large subunit  33.39 
 
 
567 aa  281  2e-74  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4306  hydrogenase 2 large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.228665  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3174  hydrogenase 2 large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3463  hydrogenase 2 large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3421  hydrogenase 2 large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3280  hydrogenase 2 large subunit  33.57 
 
 
567 aa  281  2e-74  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0854  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.55 
 
 
572 aa  280  3e-74  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  normal  0.255543 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0147  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.83 
 
 
559 aa  280  4e-74  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3520  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.62 
 
 
567 aa  278  1e-73  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3971  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  34.4 
 
 
570 aa  278  2e-73  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.533836  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0478  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.75 
 
 
577 aa  275  1.0000000000000001e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1155  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.39 
 
 
597 aa  275  1.0000000000000001e-72  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.295857  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2503  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.98 
 
 
567 aa  275  1.0000000000000001e-72  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.153272 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1105  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.76 
 
 
584 aa  275  2.0000000000000002e-72  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_4091  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.86 
 
 
568 aa  273  4.0000000000000004e-72  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0995107  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1997  uptake hydrogenase large subunit precursor  32.65 
 
 
596 aa  273  5.000000000000001e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0511  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.69 
 
 
577 aa  273  6e-72  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0506  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.69 
 
 
577 aa  273  7e-72  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009475  BBta_p0179  uptake hydrogenase large subunit  34.61 
 
 
570 aa  272  9e-72  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2032  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.87 
 
 
567 aa  272  1e-71  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0709763  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1678  hydrogenase large chain  33.33 
 
 
567 aa  271  2e-71  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_1435  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.27 
 
 
577 aa  271  2.9999999999999997e-71  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.611833  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_3404  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.51 
 
 
573 aa  270  4e-71  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.37903  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0718  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.55 
 
 
549 aa  270  4e-71  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.338951 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1163  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.17 
 
 
597 aa  270  5e-71  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.28682  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2028  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.9 
 
 
595 aa  269  7e-71  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004347  SO_2098  quinone-reactive Ni/Fe hydrogenase, large subunit  32.61 
 
 
567 aa  268  1e-70  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1764  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  33.39 
 
 
568 aa  268  2e-70  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0805  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.47 
 
 
465 aa  268  2e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1447  hydrogenase large chain  32.58 
 
 
572 aa  267  2.9999999999999995e-70  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.333249  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2089  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.79 
 
 
567 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1821  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.97 
 
 
567 aa  268  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.545248  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2156  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.97 
 
 
567 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.352792  normal  0.370314 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1879  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.97 
 
 
567 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2531  hydrogenase 2 large subunit  32.86 
 
 
568 aa  267  4e-70  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.597514  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1592  nickel-dependent hydrogenase large subunit  34.49 
 
 
572 aa  266  8.999999999999999e-70  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  0.663154  normal 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_3368  nickel-dependent hydrogenase large subunit  33.33 
 
 
570 aa  266  8.999999999999999e-70  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3988  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  31.57 
 
 
598 aa  265  1e-69  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1413  hydrogenase 2 large subunit  32.74 
 
 
568 aa  265  2e-69  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1375  Ni-Fe hydrogenase large chain  32.94 
 
 
596 aa  265  2e-69  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.0200361  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1907  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.79 
 
 
567 aa  263  4e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.022032 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3098  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.37 
 
 
597 aa  263  4e-69  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3771  nickel-dependent hydrogenase, large subunit  32.47 
 
 
597 aa  262  1e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.292608  normal  0.910106 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1733  nickel-dependent hydrogenase large subunit  32.97 
 
 
549 aa  262  1e-68  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0523  nickel-dependent hydrogenase large subunit  31.91 
 
 
578 aa  261  1e-68  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>