More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Daci_0011 on replicon NC_010002
Organism: Delftia acidovorans SPH-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010002  Daci_0011  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 306 aa  623  1e-177  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3810  LysR family transcriptional regulator  61.72 
 
 		 372 aa  359  3e-98  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5246  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  49.2 
 
 		 311 aa  288  1e-76  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5106  LysR family transcriptional regulator  48.49 
 
 		 315 aa  256  4e-67  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  hitchhiker  0.000000185857  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0150  transcriptional regulator, LysR family  37.54 
 
 		 307 aa  218  7.999999999999999e-56  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3044  LysR family transcriptional regulator  39.79 
 
 		 306 aa  218  8.999999999999998e-56  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0132  LysR family transcriptional regulator  37.54 
 
 		 302 aa  218  1e-55  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4637  transcriptional regulator  38.89 
 
 		 298 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4718  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0423403 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3649  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  215  7e-55  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5582  LysR family transcriptional regulator  36.46 
 
 		 300 aa  214  9.999999999999999e-55  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.651433  hitchhiker  0.00527291 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3799  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 300 aa  214  1.9999999999999998e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.353569  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0174  LysR family transcriptional regulator  37.2 
 
 		 304 aa  214  1.9999999999999998e-54  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_52920  transcriptional regulator  38.54 
 
 		 298 aa  211  1e-53  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.134426  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2579  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 295 aa  210  2e-53  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0667256 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0163  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.132005  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0146  LysR family transcriptional regulator  35.4 
 
 		 294 aa  207  1e-52  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6597  transcriptional regulator, LysR family  37.85 
 
 		 295 aa  208  1e-52  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0290538  normal  0.188655 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4032  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 298 aa  208  1e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.304156  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05312  transcription regulator protein  37.46 
 
 		 294 aa  206  3e-52  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.57895  normal  0.489476 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4490  LysR family transcriptional regulator  34.68 
 
 		 298 aa  205  6e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1306  transcriptional regulator, LysR family  37.97 
 
 		 296 aa  203  2e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.383591  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1243  LysR family transcriptional regulator  35.03 
 
 		 298 aa  204  2e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.115332  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0991  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.394524  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0962  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.656034  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3544  transcriptional regulator, LysR family  38.23 
 
 		 301 aa  202  4e-51  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0349237  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0930  LysR family transcriptional regulator  34.34 
 
 		 296 aa  203  4e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.693785  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1011  transcriptional regulator, LysR family  34.01 
 
 		 296 aa  202  6e-51  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0775106  normal  0.552509 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2389  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 297 aa  201  1.9999999999999998e-50  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3890  transcriptional regulator, LysR family  39.59 
 
 		 296 aa  201  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3598  LysR substrate-binding  39.59 
 
 		 297 aa  200  1.9999999999999998e-50  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2819  LysR family transcriptional regulator  36.36 
 
 		 304 aa  199  3.9999999999999996e-50  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.664113  normal  0.387629 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2444  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 297 aa  199  5e-50  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.980277 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5703  LysR family transcriptional regulator  33.67 
 
 		 298 aa  197  1.0000000000000001e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00199598 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2144  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 302 aa  197  2.0000000000000003e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.262802  hitchhiker  0.00398502 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4141  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4253  transcriptional regulator, LysR family  36.43 
 
 		 294 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.944931 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0948  transcriptional regulator, LysR family  36.77 
 
 		 296 aa  196  4.0000000000000005e-49  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2126  LysR family transcriptional regulator  37.16 
 
 		 301 aa  195  7e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.665122 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4601  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.829145  normal  0.12385 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3767  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 298 aa  194  1e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4045  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 300 aa  194  2e-48  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.603685 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4274  transcriptional regulator, LysR family  38.57 
 
 		 297 aa  194  2e-48  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.614973 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1453  LysR family transcriptional regulator  33.78 
 
 		 303 aa  192  4e-48  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1285  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2548  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1037  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0531  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0729988  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1377  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1297  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.634738  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0260  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 303 aa  192  8e-48  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7247  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 296 aa  192  9e-48  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.179007  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3339  LysR family transcriptional regulator  35.07 
 
 		 298 aa  191  1e-47  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.173943  normal  0.644256 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2024  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 303 aa  189  5e-47  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0238191  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3544  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 300 aa  189  7e-47  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.816099  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6037  LysR family transcriptional regulator  37.8 
 
 		 310 aa  189  7e-47  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.933642  normal  0.0797948 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2223  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.429616  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0704  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2306  LysR family transcriptional regulator  35.62 
 
 		 303 aa  188  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.846399  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1654  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0607  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1931  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1724  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 303 aa  186  4e-46  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_43980  LysR family transcriptional regulatory protein  36.88 
 
 		 314 aa  186  4e-46  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.623606  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3901  transcriptional regulator  34.59 
 
 		 300 aa  186  5e-46  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.356442 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3269  transcriptional regulator, LysR family  35.27 
 
 		 303 aa  184  1.0000000000000001e-45  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.0672409  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1507  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.63 
 
 		 304 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0237757  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2109  LysR family transcriptional regulator  35.47 
 
 		 301 aa  184  2.0000000000000003e-45  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00408036  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0586  LysR family transcriptional regulator  35.51 
 
 		 297 aa  184  2.0000000000000003e-45  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.604061  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0803  LysR family transcriptional regulator  35.22 
 
 		 308 aa  183  3e-45  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4752  transcriptional regulator, LysR family  36.05 
 
 		 317 aa  183  3e-45  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.229004  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4270  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 296 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4350  LysR substrate-binding  35.71 
 
 		 317 aa  182  7e-45  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.596165  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3330  transcriptional regulator, LysR family  32.65 
 
 		 297 aa  179  4.999999999999999e-44  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3102  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 298 aa  178  8e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0980  transcriptional regulator, LysR family  32.99 
 
 		 297 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.63083  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2537  LysR family transcriptional regulator  35.87 
 
 		 310 aa  176  3e-43  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2988  transcriptional regulator, LysR family  33.71 
 
 		 300 aa  175  7e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.8288  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1313  LysR family transcriptional regulator  35.27 
 
 		 302 aa  175  8e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3424  LysR family transcriptional regulator  34.02 
 
 		 302 aa  174  9.999999999999999e-43  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26010  Transcriptional regulator, LysR family  34.28 
 
 		 307 aa  174  1.9999999999999998e-42  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.446207  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4874  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 316 aa  173  3.9999999999999995e-42  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.106591 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1132  transcriptional regulator, LysR family  37.28 
 
 		 304 aa  173  3.9999999999999995e-42  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.534175 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0715  LysR family transcriptional regulator  32.17 
 
 		 293 aa  172  5e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1614  LysR family transcriptional regulator  36.86 
 
 		 294 aa  172  9e-42  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.513483  hitchhiker  0.0000854951 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3038  LysR family transcriptional regulator  31.29 
 
 		 321 aa  172  9e-42  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.674473  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1040  transcriptional regulator, LysR family  35.35 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  0.98585 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2149  transcriptional regulator, LysR family  31.85 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc1196  DNA-binding transcriptional regulatory transcription regulator protein  35.35 
 
 		 306 aa  171  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.491334  normal  0.623909 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2733  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 289 aa  170  3e-41  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0391194 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5095  LysR family transcriptional regulator  37.63 
 
 		 308 aa  169  5e-41  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.2375 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4903  transcriptional regulator, LysR family  34.36 
 
 		 301 aa  169  7e-41  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.163298  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1423  transcriptional regulator, LysR family  32.88 
 
 		 315 aa  169  8e-41  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1224  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 311 aa  167  1e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.246305  normal  0.012159 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4248  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 308 aa  168  1e-40  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_5026  LysR family transcriptional regulator  34.77 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.508806  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2237  LysR family transcriptional regulator  35.1 
 
 		 313 aa  167  1e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.540199  normal  0.909797 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3607  LysR family transcriptional regulator  31.1 
 
 		 330 aa  168  1e-40  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.594453 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2215  LysR family transcriptional regulator  35.57 
 
 		 305 aa  164  2.0000000000000002e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  0.554264 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1291  transcriptional regulator, LysR family  36.57 
 
 		 299 aa  164  2.0000000000000002e-39  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0519427  normal  0.582796 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>