More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_1805 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009012  Cthe_1805  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  100 
 
 
310 aa  630  1e-180  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0638722  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2061  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  54.4 
 
 
318 aa  352  4e-96  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.0000000365539  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3221  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.93 
 
 
443 aa  295  4e-79  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.0497788 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3924  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.28 
 
 
443 aa  295  7e-79  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.350169  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0424  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  46.89 
 
 
441 aa  278  1e-73  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.130175  normal 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0087  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  45.45 
 
 
308 aa  271  1e-71  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal  0.010948 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1275  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  42.24 
 
 
304 aa  262  6.999999999999999e-69  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  hitchhiker  0.00827298  normal  0.435617 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_1873  response regulator receiver  41.83 
 
 
326 aa  242  6e-63  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.402703 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4308  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  40 
 
 
552 aa  241  1e-62  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_1866  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.5 
 
 
326 aa  240  2.9999999999999997e-62  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_3468  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  41.37 
 
 
412 aa  237  2e-61  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3814  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase with PAS/PAC sensor  38.28 
 
 
1131 aa  235  7e-61  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.257486 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1854  histidine kinase  37.75 
 
 
1111 aa  231  8.000000000000001e-60  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.131557  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0599  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.84 
 
 
313 aa  223  3e-57  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.464892  normal  0.548622 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0978  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.97 
 
 
322 aa  222  6e-57  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.97362  decreased coverage  0.00116316 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_2593  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.34 
 
 
340 aa  221  9.999999999999999e-57  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.483  normal  0.196753 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1584  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  39.27 
 
 
319 aa  202  6e-51  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.335279  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1162  diguanylate cyclase  37.37 
 
 
373 aa  192  5e-48  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.332491 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 
312 aa  187  2e-46  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.520966  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0768  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.5 
 
 
353 aa  187  2e-46  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.10697 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0945  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.89 
 
 
305 aa  182  5.0000000000000004e-45  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2062  GGDEF domain-containing protein  35.19 
 
 
306 aa  180  2.9999999999999997e-44  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0349551  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0789  response regulator receiver protein  34.59 
 
 
278 aa  179  5.999999999999999e-44  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_3193  diguanylate cyclase  43.89 
 
 
462 aa  173  2.9999999999999996e-42  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4115  response regulator receiver protein  34.35 
 
 
311 aa  171  2e-41  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0804  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.32 
 
 
314 aa  168  1e-40  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.504991 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1628  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.62 
 
 
766 aa  168  1e-40  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0617  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  41.95 
 
 
883 aa  167  2e-40  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00427205 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4451  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.32 
 
 
314 aa  167  2e-40  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.586345 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1210  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.83 
 
 
797 aa  166  4e-40  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.489928 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0280  response regulator receiver protein  31.91 
 
 
295 aa  165  6.9999999999999995e-40  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.932912 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1949  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  44.32 
 
 
773 aa  165  9e-40  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0013  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.99 
 
 
314 aa  161  1e-38  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.992585 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1989  diguanylate cyclase  45 
 
 
442 aa  161  1e-38  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  decreased coverage  0.0000357818  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1313  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.64 
 
 
312 aa  160  2e-38  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000261036  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1937  GGDEF domain/HAMP domain-containing protein  45.56 
 
 
436 aa  160  3e-38  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0176  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  40.32 
 
 
786 aa  157  2e-37  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  hitchhiker  0.000781405  normal 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2663  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  39.78 
 
 
753 aa  155  9e-37  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2291  GGDEF domain-containing protein  44.44 
 
 
442 aa  154  1e-36  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2675  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.99 
 
 
1023 aa  154  2e-36  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0543152  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0282  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.36 
 
 
306 aa  152  5e-36  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000205887  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2819  diguanylate cyclase  42.22 
 
 
438 aa  147  3e-34  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.00000000520374  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2032  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.71 
 
 
310 aa  145  1e-33  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5056  response regulator receiver protein  31.67 
 
 
305 aa  144  2e-33  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.749886 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0613  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  39.04 
 
 
1036 aa  144  2e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.147117  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1169  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1139  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  36.12 
 
 
308 aa  141  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0652  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.38 
 
 
297 aa  141  9.999999999999999e-33  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2955  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.95 
 
 
308 aa  141  1.9999999999999998e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3557  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.91 
 
 
322 aa  139  7.999999999999999e-32  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.457648  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1645  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.65 
 
 
308 aa  138  1e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.456967 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0178  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.62 
 
 
322 aa  137  2e-31  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.895619 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1477  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.71 
 
 
317 aa  137  2e-31  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3625  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.62 
 
 
322 aa  137  2e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3527  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  35 
 
 
581 aa  137  2e-31  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3473  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  33.62 
 
 
351 aa  135  9e-31  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_2397  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 
434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.593336  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0555  hypothetical protein  37 
 
 
584 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0705  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  34.72 
 
 
590 aa  134  1.9999999999999998e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0201  diguanylate cyclase  38.29 
 
 
446 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.17932  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2309  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  37.27 
 
 
434 aa  134  1.9999999999999998e-30  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.484645  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0365  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.43 
 
 
308 aa  134  1.9999999999999998e-30  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1228  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.5 
 
 
349 aa  133  3e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_29300  Response regulator  36.24 
 
 
310 aa  133  3.9999999999999996e-30  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0184  diguanylate cyclase  39.43 
 
 
446 aa  133  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000000000000988954 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1237  two component transcriptional regulator, winged helix family  37.86 
 
 
234 aa  132  5e-30  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.178035  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_5066  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.47 
 
 
338 aa  132  5e-30  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_5259  two component transcriptional regulator  53.66 
 
 
235 aa  132  6e-30  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.000559572  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_4006  two component transcriptional regulator  53.66 
 
 
235 aa  132  6e-30  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.010356  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B5346  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.000000234523  hitchhiker  0.00000000000323141 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A5589  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  6.999999999999999e-30  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.0469644  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_5615  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS5319  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.169223  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_5147  response regulator  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.00168683  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK5163  response regulator  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus E33L  Bacteria  hitchhiker  0.00196509  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_5715  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.656882  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_5572  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  1.81316e-29 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0135  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.56 
 
 
306 aa  132  7.999999999999999e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal  0.248217 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A5650  DNA-binding response regulator YycF  53.66 
 
 
235 aa  132  7.999999999999999e-30  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00563499  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2369  diguanylate cyclase  37.43 
 
 
353 aa  132  7.999999999999999e-30  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.34805  normal  0.423605 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1011  two component transcriptional regulator, winged helix family  47.46 
 
 
231 aa  132  7.999999999999999e-30  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_51660  EAL/GGDEF domain-containing protein  36.02 
 
 
592 aa  131  1.0000000000000001e-29  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1504  two component transcriptional regulator  49.18 
 
 
231 aa  131  2.0000000000000002e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.263867  normal  0.57819 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1820  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.1 
 
 
599 aa  130  2.0000000000000002e-29  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.322861  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_2333  two component transcriptional regulator  53.33 
 
 
232 aa  130  2.0000000000000002e-29  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2709  two component transcriptional regulator, winged helix family  50.81 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  decreased coverage  0.0011921  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2411  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  38.42 
 
 
632 aa  130  2.0000000000000002e-29  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00893826 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_3409  two component transcriptional regulator, winged helix family  52.85 
 
 
236 aa  130  2.0000000000000002e-29  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3210  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  30.8 
 
 
337 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.32327  normal  0.712325 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0070  two component transcriptional regulator  50.39 
 
 
229 aa  130  3e-29  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.834843 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1006  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.17 
 
 
312 aa  130  3e-29  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3123  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  34.23 
 
 
312 aa  129  5.0000000000000004e-29  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4204  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2463  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  32.47 
 
 
301 aa  129  5.0000000000000004e-29  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1077  two component transcriptional regulator, winged helix family  48.31 
 
 
235 aa  129  5.0000000000000004e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0065  response regulator receiver protein  35.45 
 
 
305 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4132  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  35.14 
 
 
310 aa  129  5.0000000000000004e-29  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4445  two component transcriptional regulator  50.82 
 
 
229 aa  129  6e-29  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal  0.14031 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1577  response regulator receiver modulated diguanylate cyclase  31.95 
 
 
314 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3737  two component transcriptional regulator  48.36 
 
 
231 aa  128  9.000000000000001e-29  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00273603 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>