More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Cthe_0896 on replicon NC_009012
Organism: Clostridium thermocellum ATCC 27405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009012  Cthe_0896  DNA primase  100 
 
 		 600 aa  1205    Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0540  DNA primase  50.25 
 
 		 604 aa  608  1e-173  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  hitchhiker  0.00398394  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1976  DNA primase  45.19 
 
 		 595 aa  434  1e-120  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  decreased coverage  0.00122543  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1313  DNA primase  40.95 
 
 		 595 aa  431  1e-119  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000743307  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2265  DNA primase  44.79 
 
 		 595 aa  430  1e-119  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0225159  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_12410  DNA primase  44.66 
 
 		 599 aa  426  1e-118  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.936355  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_3522  DNA primase  39.96 
 
 		 596 aa  410  1e-113  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  0.884792  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3037  DNA primase  38.55 
 
 		 599 aa  384  1e-105  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.735679 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0491  DNA primase  39.86 
 
 		 599 aa  385  1e-105  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.34781  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_0623  DNA primase  37.56 
 
 		 605 aa  383  1e-105  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  0.0721035  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1214  DNA primase  38.13 
 
 		 626 aa  380  1e-104  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.008506  normal  0.015083 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1727  DNA primase  43.52 
 
 		 611 aa  365  1e-99  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0712  DNA primase  43.4 
 
 		 617 aa  360  3e-98  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2415  DNA primase  36.54 
 
 		 601 aa  359  6e-98  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.000695065  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4217  DNA primase  41.86 
 
 		 614 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.0000725747  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2463  Fis family transcriptional regulator  38.56 
 
 		 604 aa  358  1.9999999999999998e-97  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013171  Apre_1136  DNA primase  43.45 
 
 		 544 aa  357  5e-97  Anaerococcus prevotii DSM 20548  Bacteria  hitchhiker  0.0000106361  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3020  DNA primase  39.68 
 
 		 598 aa  352  8e-96  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.0245497  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4033  DNA primase  40.75 
 
 		 598 aa  352  1e-95  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.0023967  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0394  DNA primase  34.56 
 
 		 588 aa  352  1e-95  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4374  DNA primase  40.75 
 
 		 571 aa  351  2e-95  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.0000215576  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4195  DNA primase  40.75 
 
 		 598 aa  351  2e-95  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0980784  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4043  DNA primase  40.75 
 
 		 598 aa  351  2e-95  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4427  DNA primase  40.75 
 
 		 598 aa  351  2e-95  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.000000994887  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4516  DNA primase  40.75 
 
 		 598 aa  351  2e-95  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  hitchhiker  0.00440133  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4315  DNA primase  40.75 
 
 		 598 aa  351  2e-95  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    decreased coverage  1.07467e-58 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_4145  DNA primase  40.56 
 
 		 600 aa  350  4e-95  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  hitchhiker  0.00903359  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0977  DNA primase  43.44 
 
 		 619 aa  350  5e-95  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4410  DNA primase  40.52 
 
 		 598 aa  350  6e-95  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000156307  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_1034  DNA primase  36.26 
 
 		 598 aa  349  8e-95  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0826  DNA primase  40.52 
 
 		 598 aa  348  1e-94  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000125124  decreased coverage  1.52163e-21 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2153  DNA primase  34.83 
 
 		 613 aa  347  4e-94  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1978  DNA primase  32.34 
 
 		 601 aa  341  2e-92  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  42.93 
 
 		 656 aa  341  2.9999999999999998e-92  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  41.46 
 
 		 666 aa  340  4e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1508  DNA primase, DNAG  40.28 
 
 		 593 aa  334  2e-90  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.083335  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3090  DNA primase  34.9 
 
 		 587 aa  333  7.000000000000001e-90  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4048  DNA primase  40.24 
 
 		 587 aa  331  2e-89  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.211802  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3695  DNA primase  39.29 
 
 		 583 aa  330  4e-89  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  40.63 
 
 		 663 aa  326  6e-88  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3790  DNA primase  39 
 
 		 582 aa  323  5e-87  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  37.98 
 
 		 676 aa  323  5e-87  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  39.86 
 
 		 651 aa  322  9.999999999999999e-87  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_492  DNA primase  38.41 
 
 		 590 aa  321  3e-86  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  0.0123236  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  40 
 
 		 652 aa  320  3.9999999999999996e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0548  DNA primase  39.95 
 
 		 660 aa  320  3.9999999999999996e-86  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  decreased coverage  0.00859761  n/a   
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  32.25 
 
 		 645 aa  320  5e-86  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  41.4 
 
 		 664 aa  320  5e-86  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  38.12 
 
 		 660 aa  320  6e-86  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  39.33 
 
 		 614 aa  319  7e-86  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002936  DET0552  DNA primase  38.41 
 
 		 590 aa  319  7.999999999999999e-86  Dehalococcoides ethenogenes 195  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  32.83 
 
 		 585 aa  318  1e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  41.3 
 
 		 660 aa  319  1e-85  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  39.1 
 
 		 660 aa  318  3e-85  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  39.24 
 
 		 663 aa  317  3e-85  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  39.05 
 
 		 617 aa  317  4e-85  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1114  DNA primase  31.41 
 
 		 606 aa  317  4e-85  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000000152449  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3050  DNA primase  38.73 
 
 		 584 aa  317  4e-85  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.233907  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  38.88 
 
 		 660 aa  317  5e-85  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  41.06 
 
 		 660 aa  316  7e-85  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  38.37 
 
 		 613 aa  316  7e-85  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  39.3 
 
 		 655 aa  316  9e-85  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  36.97 
 
 		 586 aa  315  1.9999999999999998e-84  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  38.3 
 
 		 588 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  35.31 
 
 		 584 aa  314  2.9999999999999996e-84  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0527  DNA primase  38.17 
 
 		 588 aa  313  3.9999999999999997e-84  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  hitchhiker  0.00124146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  38.04 
 
 		 574 aa  313  3.9999999999999997e-84  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  38.63 
 
 		 631 aa  313  4.999999999999999e-84  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2679  DNA primase  34.03 
 
 		 604 aa  313  6.999999999999999e-84  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  43.21 
 
 		 625 aa  313  6.999999999999999e-84  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  39.25 
 
 		 638 aa  313  9e-84  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1213  DNA primase  38.24 
 
 		 601 aa  312  1e-83  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.140428 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_0742  DNA primase  30.82 
 
 		 621 aa  310  2.9999999999999997e-83  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  hitchhiker  0.00012137  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  39.31 
 
 		 592 aa  310  4e-83  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0602  DNA primase  39.34 
 
 		 636 aa  310  5e-83  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1073  DNA primase  38.56 
 
 		 573 aa  309  6.999999999999999e-83  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.096623  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1105  DNA primase  39.04 
 
 		 574 aa  309  8e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0000782839  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  38.55 
 
 		 574 aa  309  8e-83  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  38.55 
 
 		 574 aa  309  1.0000000000000001e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1286  DNA primase  38.55 
 
 		 574 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_1835  DNA primase  37.1 
 
 		 623 aa  308  2.0000000000000002e-82  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5973  DNA primase  37.47 
 
 		 703 aa  308  2.0000000000000002e-82  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.328857 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  38.13 
 
 		 575 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  35.67 
 
 		 584 aa  307  4.0000000000000004e-82  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3785  DNA primase  38.99 
 
 		 646 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3836  DNA primase  38.99 
 
 		 646 aa  306  6e-82  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.0564656  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0997  DNA primase  37.91 
 
 		 601 aa  306  7e-82  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.941593  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  37.32 
 
 		 598 aa  306  8.000000000000001e-82  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1014  DNA primase  36.38 
 
 		 588 aa  306  8.000000000000001e-82  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.394769  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  40.45 
 
 		 576 aa  306  9.000000000000001e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  36.88 
 
 		 574 aa  305  1.0000000000000001e-81  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0586  DNA primase  38.28 
 
 		 632 aa  305  1.0000000000000001e-81  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  0.284459  normal  0.746825 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1224  DNA primase  38.61 
 
 		 564 aa  305  1.0000000000000001e-81  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.533717  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  35.71 
 
 		 581 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  35.71 
 
 		 581 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2944  DNA primase  40.09 
 
 		 591 aa  304  3.0000000000000004e-81  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.0197074  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  35.71 
 
 		 581 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  37.35 
 
 		 574 aa  304  3.0000000000000004e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  35.71 
 
 		 581 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  35.71 
 
 		 581 aa  304  3.0000000000000004e-81  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>