More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_2561 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_2561  DNA primase  100 
 
 		 598 aa  1223    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00296311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3096  DNA primase  52.64 
 
 		 660 aa  606  9.999999999999999e-173  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2490  putative DNA primase protein  59.04 
 
 		 606 aa  602  1.0000000000000001e-171  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.951822  normal  0.8529 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1605  DNA primase  50.94 
 
 		 676 aa  595  1e-169  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1763  DNA primase  55.46 
 
 		 659 aa  594  1e-168  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.586276  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2203  DNA primase  56.96 
 
 		 625 aa  588  1e-166  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.198077  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5044  DNA primase  54.27 
 
 		 677 aa  577  1.0000000000000001e-163  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.764772  normal  0.79995 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2484  DNA primase  55.88 
 
 		 658 aa  573  1.0000000000000001e-162  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.11513  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_3137  DNA primase  55.79 
 
 		 653 aa  572  1.0000000000000001e-162  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1407  DNA primase  56.1 
 
 		 674 aa  574  1.0000000000000001e-162  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0093  DNA primase  53.17 
 
 		 653 aa  561  1e-158  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.244748  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2607  DNA primase  63.6 
 
 		 613 aa  523  1e-147  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.496345  normal  0.674189 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3256  DNA primase  61.61 
 
 		 622 aa  518  1e-146  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0530643 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2028  DNA primase  61.01 
 
 		 603 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3642  DNA primase  60.99 
 
 		 625 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2821  DNA primase  63.92 
 
 		 622 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2421  DNA primase  61.23 
 
 		 603 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3885  DNA primase  60.99 
 
 		 625 aa  516  1.0000000000000001e-145  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.987209  normal  0.529147 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3782  DNA primase  61.39 
 
 		 622 aa  517  1.0000000000000001e-145  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.18227  normal  0.0180999 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4814  DNA primase  62.36 
 
 		 636 aa  514  1e-144  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6775  DNA primase  63.53 
 
 		 623 aa  515  1e-144  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.0278611 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1699  DNA primase  58.08 
 
 		 645 aa  514  1e-144  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4481  DNA primase  60.52 
 
 		 800 aa  512  1e-144  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.135384  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2205  DNA primase  60.74 
 
 		 638 aa  511  1e-143  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3942  DNA primase  59.44 
 
 		 630 aa  509  1e-143  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0887  DNA primase  60.78 
 
 		 604 aa  506  9.999999999999999e-143  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.612944  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2216  DNA primase  60.31 
 
 		 603 aa  503  1e-141  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0338  DNA primase  62.1 
 
 		 624 aa  505  1e-141  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0834  DNA primase  62.65 
 
 		 624 aa  504  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1519  DNA primase  62.1 
 
 		 624 aa  505  1e-141  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0372  DNA primase  62.1 
 
 		 624 aa  505  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1712  DNA primase  62.1 
 
 		 624 aa  505  1e-141  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2526  DNA primase  62.1 
 
 		 624 aa  505  1e-141  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2385  DNA primase  62.1 
 
 		 624 aa  505  1e-141  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0620  DNA primase  61.59 
 
 		 625 aa  499  1e-140  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1417  DNA primase  57.45 
 
 		 652 aa  493  9.999999999999999e-139  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0527  DNA primase  55.88 
 
 		 578 aa  446  1.0000000000000001e-124  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2058  DNA primase  53.44 
 
 		 592 aa  444  1e-123  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.507155  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2323  DNA primase  55.27 
 
 		 576 aa  444  1e-123  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.0128644  hitchhiker  0.00849609 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0717  DNA primase  51.42 
 
 		 656 aa  434  1e-120  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.261682  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1190  DNA primase  54.82 
 
 		 631 aa  431  1e-119  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2387  DNA primase  54.44 
 
 		 565 aa  425  1e-117  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.38837 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001623  DNA primase  51.44 
 
 		 588 aa  417  9.999999999999999e-116  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00199304  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_4027  DNA primase  49.25 
 
 		 663 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.570104  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0419  DNA primase  46.23 
 
 		 660 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.26647  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0719  DNA primase  50.34 
 
 		 663 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0422  DNA primase  46.23 
 
 		 660 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0388  DNA primase  46.03 
 
 		 660 aa  415  1e-114  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2517  DNA primase  52.49 
 
 		 617 aa  415  1e-114  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.986794  normal  0.570872 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_07530  DNA primase  49.89 
 
 		 664 aa  415  1e-114  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.412597 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46990  DNA primase  51.23 
 
 		 638 aa  414  1e-114  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0538  DNA primase  45.31 
 
 		 652 aa  409  1e-113  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4814  DNA primase  45.83 
 
 		 660 aa  411  1e-113  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5148  DNA primase  49.78 
 
 		 655 aa  412  1e-113  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.932917 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4640  DNA primase  46.7 
 
 		 651 aa  406  1.0000000000000001e-112  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.625681 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0549  DNA primase  48.01 
 
 		 584 aa  407  1.0000000000000001e-112  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  hitchhiker  0.00237945  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0784  DNA primase  49.64 
 
 		 584 aa  402  1e-111  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.00105379  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3369  DNA primase  49.76 
 
 		 584 aa  402  1e-111  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  hitchhiker  0.000957959  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2696  DNA primase  49.88 
 
 		 586 aa  402  1e-111  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.00323272  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3488  DNA primase  50.72 
 
 		 584 aa  400  9.999999999999999e-111  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00314359  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3500  DNA primase  49.64 
 
 		 581 aa  400  9.999999999999999e-111  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000000565097  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0975  DNA primase  50.74 
 
 		 613 aa  399  9.999999999999999e-111  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02936  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.000331105  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0634  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  unclonable  0.000000000000261356  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02886  hypothetical protein  49.41 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  hitchhiker  0.000360854  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4335  DNA primase  51.18 
 
 		 585 aa  399  1e-109  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3530  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.000000506976  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0633  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  398  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000014553  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3472  DNA primase  49.88 
 
 		 581 aa  396  1e-109  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.000104863  normal  0.247756 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3359  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000492318  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3246  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  398  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000172934  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4378  DNA primase  49.41 
 
 		 581 aa  397  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  decreased coverage  0.0000022434  normal  1 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_1807  DNA primase  49.41 
 
 		 576 aa  393  1e-108  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000348842  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00849  DNA primase  50.98 
 
 		 586 aa  390  1e-107  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2993  DNA primase  49.65 
 
 		 571 aa  387  1e-106  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A0302  DNA primase  48.43 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Yersinia pestis Angola  Bacteria  unclonable  0.000000000195537  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4299  DNA primase  49.4 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.136989  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0554  DNA primase  48.43 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000322663  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0394  DNA primase  46.74 
 
 		 572 aa  387  1e-106  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0045  DNA primase  49.4 
 
 		 609 aa  389  1e-106  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.00000233993  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1783  DNA primase  46.52 
 
 		 553 aa  386  1e-106  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  0.461465  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0635  DNA primase  48.43 
 
 		 582 aa  387  1e-106  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000000955759  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0824  DNA primase  53.05 
 
 		 576 aa  383  1e-105  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0132507  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3566  DNA primase  48.31 
 
 		 581 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.0608711  normal  0.272103 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3470  DNA primase  48.31 
 
 		 581 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00422758  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0044  DNA primase  46.98 
 
 		 574 aa  380  1e-104  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.723286  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3400  DNA primase  48.31 
 
 		 581 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.0281118  normal  1 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0311  DNA primase  47.47 
 
 		 583 aa  382  1e-104  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.157771  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3396  DNA primase  48.31 
 
 		 581 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.0000108195  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1042  DNA primase  46.19 
 
 		 666 aa  381  1e-104  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  0.118792  normal  0.884554 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1100  DNA primase  47.87 
 
 		 614 aa  381  1e-104  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3464  DNA primase  48.31 
 
 		 581 aa  381  1e-104  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0547765  hitchhiker  0.00925719 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2309  DNA primase  44.86 
 
 		 577 aa  377  1e-103  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2995  DNA primase  46.56 
 
 		 575 aa  377  1e-103  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0193814  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1154  DNA primase  44.25 
 
 		 575 aa  372  1e-102  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000263916  normal  0.0506591 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2282  DNA primase  44.16 
 
 		 578 aa  374  1e-102  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2833  DNA primase  45.87 
 
 		 574 aa  375  1e-102  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0310817  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2907  DNA primase  46.87 
 
 		 574 aa  373  1e-102  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.000550507  normal  0.062671 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2989  DNA primase  46.64 
 
 		 574 aa  372  1e-102  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  hitchhiker  0.00884135  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3086  DNA primase  46.64 
 
 		 574 aa  373  1e-102  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000597352  hitchhiker  0.000480435 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>