More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_5774 on replicon NC_011988
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011988  Avi_5774  transcriptional regulator LysR family  100 
 
 		 332 aa  686    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0482  transcriptional regulator, LysR family  83.96 
 
 		 322 aa  560  1.0000000000000001e-159  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0438  transcriptional regulator, LysR family  83.65 
 
 		 322 aa  558  1e-158  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0384  LysR family transcriptional regulator  80.76 
 
 		 316 aa  540  9.999999999999999e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2995  LysR family transcriptional regulator  59.5 
 
 		 321 aa  376  1e-103  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0765  LysR family transcriptional regulator  58.7 
 
 		 322 aa  369  1e-101  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.144728  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0183  LysR family transcriptional regulator  54.35 
 
 		 319 aa  327  1.0000000000000001e-88  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4653  LysR family transcriptional regulator  56.45 
 
 		 317 aa  312  3.9999999999999997e-84  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.519057 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7267  transcriptional regulator, LysR family  53.66 
 
 		 290 aa  301  1e-80  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_6020  LysR family transcriptional regulator  53.6 
 
 		 279 aa  290  3e-77  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0301148 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3993  LysR family transcriptional regulator  41.36 
 
 		 296 aa  232  8.000000000000001e-60  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00243747  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2309  putative transcriptional regulator  41.45 
 
 		 284 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27280  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 284 aa  219  6e-56  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3624  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.53 
 
 		 296 aa  218  1e-55  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  hitchhiker  0.00214713  normal  0.293437 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1473  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 283 aa  216  5e-55  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.551192  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1438  LysR family transcriptional regulator  41.45 
 
 		 283 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal  0.234333 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1863  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.0321846  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3851  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 283 aa  211  1e-53  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.522354  normal  0.130982 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2133  LysR family transcriptional regulator  41.09 
 
 		 284 aa  209  4e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  decreased coverage  0.00732746  normal  0.30911 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1300  LysR family transcriptional regulator  38.81 
 
 		 299 aa  207  2e-52  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.841181  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1770  transcriptional regulator, LysR family  38.73 
 
 		 284 aa  200  3e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3396  LysR family transcriptional regulator  41.52 
 
 		 290 aa  200  3e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.356453  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4222  transcriptional regulator, LysR family  41.43 
 
 		 293 aa  200  3e-50  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1867  LysR family transcriptional regulator  38.63 
 
 		 306 aa  197  2.0000000000000003e-49  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2477  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 290 aa  196  6e-49  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0405  LysR family transcriptional regulator  38.54 
 
 		 298 aa  192  1e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0615  transcription regulator protein  39.15 
 
 		 289 aa  191  2e-47  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  0.528971 
 
 
-
 
NC_013223  Dret_1273  transcriptional regulator, LysR family  37.02 
 
 		 309 aa  191  2e-47  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0230632  normal  0.266535 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4450  LysR family transcriptional regulator  36.1 
 
 		 283 aa  190  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1913  LysR family transcriptional regulator  37.85 
 
 		 290 aa  189  4e-47  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.980095  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0185  LysR family transcriptional regulator  39.16 
 
 		 299 aa  189  7e-47  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1479  LysR family transcriptional regulator  37.93 
 
 		 294 aa  189  7e-47  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0277632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2879  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 284 aa  189  8e-47  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.624518 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2951  transcriptional regulator, LysR family  39.44 
 
 		 304 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1788  LysR family transcriptional regulator  36.68 
 
 		 298 aa  187  2e-46  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00324618 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3309  LysR family transcriptional regulator  35.49 
 
 		 311 aa  187  2e-46  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  unclonable  0.000000000301615  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1278  LysR family transcriptional regulator  37.5 
 
 		 316 aa  186  5e-46  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2045  transcriptional regulator, LysR family  37.72 
 
 		 285 aa  186  7e-46  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000182672 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3363  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.443471  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5004  LysR family transcriptional regulator  36.33 
 
 		 294 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.492991  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2674  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 294 aa  183  3e-45  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5283  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 285 aa  183  3e-45  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.287276  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0666  LysR family transcriptional regulator  36.14 
 
 		 294 aa  183  4.0000000000000006e-45  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.659834  normal  0.452137 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0006  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 282 aa  183  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000000000487815 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4935  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 285 aa  182  8.000000000000001e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.929926  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1467  LysR family transcriptional regulator  36.65 
 
 		 285 aa  181  1e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.398942 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0323  LysR family transcriptional regulator  39.5 
 
 		 283 aa  181  2e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0006  LysR family transcriptional regulator  35.02 
 
 		 282 aa  181  2e-44  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.0557081 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2839  LysR family transcriptional regulator  38.38 
 
 		 304 aa  180  2.9999999999999997e-44  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1326  LysR family transcriptional regulator  38.21 
 
 		 284 aa  180  2.9999999999999997e-44  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0433346  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0014  transcriptional regulator  34.63 
 
 		 282 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000000122814 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_2141  transcriptional regulator, LysR family  37.93 
 
 		 299 aa  179  4e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.882286  normal  0.197682 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2551  transcriptional regulator, LysR family  36.3 
 
 		 311 aa  179  7e-44  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.405251  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1838  LysR family transcriptional regulator  37.26 
 
 		 296 aa  179  7e-44  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8381  normal  0.487096 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5843  LysR family transcriptional regulator  37.77 
 
 		 282 aa  179  7e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4825  transcriptional regulator, LysR family  37.26 
 
 		 293 aa  177  1e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0864247  normal  0.0253512 
 
 
-
 
NC_012854  Rleg_6433  transcriptional regulator, LysR family  37.94 
 
 		 291 aa  178  1e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00757839 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2046  LysR family transcriptional regulator  39.45 
 
 		 287 aa  178  1e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.396353  normal  0.96684 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2773  transcriptional regulator, LysR family  34.67 
 
 		 316 aa  177  2e-43  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.785949  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2824  LysR family transcriptional regulator  32.41 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4417  LysR family transcriptional regulator  35.99 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.0255776 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3081  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 323 aa  177  3e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_4490  transcriptional regulator, LysR family  36.98 
 
 		 302 aa  176  3e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0795  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  35.05 
 
 		 291 aa  176  6e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2385  transcriptional regulator, LysR family  36.78 
 
 		 313 aa  176  7e-43  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0284947  hitchhiker  0.00966213 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0818  transcriptional regulator, LysR family  36.9 
 
 		 280 aa  175  8e-43  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0971009  normal  0.428032 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1393  transcriptional regulator, LysR family  36.13 
 
 		 309 aa  175  8e-43  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.00391228  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3829  LysR family transcriptional regulator  35.46 
 
 		 289 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.19019  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4609  LysR family transcriptional regulator  36.97 
 
 		 287 aa  174  9.999999999999999e-43  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.46805  hitchhiker  0.000318313 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2125  HTH-type transcriptional regulator  36.65 
 
 		 298 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1020  LysR family transcriptional regulator  35.97 
 
 		 297 aa  174  1.9999999999999998e-42  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1559  LysR family transcriptional regulator  36.43 
 
 		 310 aa  174  1.9999999999999998e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.30474  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2647  LysR family transcriptional regulator  38.16 
 
 		 326 aa  174  1.9999999999999998e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.865704  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1452  transcriptional regulator LrhA  36.43 
 
 		 309 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2882  LysR family transcriptional regulator  36.26 
 
 		 315 aa  174  2.9999999999999996e-42  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.241105  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1817  LysR-family transcriptional regulatory protein  36.43 
 
 		 309 aa  174  2.9999999999999996e-42  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5091  LysR family transcriptional regulator  36.88 
 
 		 295 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.0219442 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4012  transcriptional regulator, LysR family  35.91 
 
 		 285 aa  173  3.9999999999999995e-42  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.0664049 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5621  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.0412955 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5238  LysR family transcriptional regulator  36.62 
 
 		 287 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0070  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 286 aa  172  5e-42  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3803  LysR family transcriptional regulator  37.68 
 
 		 285 aa  172  5.999999999999999e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.180645 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02214  DNA-binding transcriptional repressor of flagellar, motility and chemotaxis genes  34.44 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2438  transcriptional regulator LrhA  34.44 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.340717  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2444  transcriptional regulator LrhA  34.44 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.531383  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02174  hypothetical protein  34.44 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1363  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 312 aa  172  7.999999999999999e-42  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.556937 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0745  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 287 aa  172  1e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0877  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 287 aa  171  1e-41  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.672229  n/a   
 
 
-
 
NC_008242  Meso_4271  LysR family transcriptional regulator  36.19 
 
 		 303 aa  171  1e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0804  LysR family transcriptional regulator  34.84 
 
 		 288 aa  171  2e-41  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0513022 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0425  LysR family transcriptional regulator  34.63 
 
 		 281 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5448  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 288 aa  170  3e-41  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.778769 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2383  LysR family transcriptional regulator  33.68 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1367  transcriptional regulator, LysR family  34.07 
 
 		 312 aa  170  4e-41  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.189941  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2582  transcriptional regulator LrhA  34.07 
 
 		 312 aa  170  4e-41  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.210285  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2665  transcriptional regulator LrhA  34.07 
 
 		 312 aa  170  4e-41  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0194806  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4898  LysR family transcriptional regulator  36.71 
 
 		 288 aa  170  4e-41  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.552051 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3428  transcriptional regulator LrhA  34.07 
 
 		 312 aa  170  4e-41  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.0286077  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0105  LysR family transcriptional regulator  39.11 
 
 		 284 aa  169  5e-41  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>