More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Apar_1334 on replicon NC_013203
Organism: Atopobium parvulum DSM 20469



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_013203  Apar_1334  transcriptional regulator, GntR family  100 
 
 
239 aa  493  1e-138  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  hitchhiker  0.00015702  decreased coverage  0.000248139 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2016  transcriptional regulator, GntR family  47.46 
 
 
242 aa  224  1e-57  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.47195  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0603  transcriptional regulator, GntR family  43.16 
 
 
239 aa  207  1e-52  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  0.971454  normal  0.271301 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_0630  trehalose operon transcriptional repressor  40.76 
 
 
236 aa  179  3e-44  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS0597  trehalose operon transcriptional repressor  40.76 
 
 
236 aa  179  3e-44  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.464881  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK0541  trehalose operon transcriptional repressor  40.76 
 
 
236 aa  178  6e-44  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_0541  trehalose operon transcriptional repressor  40.76 
 
 
236 aa  178  6e-44  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A0759  trehalose operon repressor  40.34 
 
 
236 aa  178  6e-44  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_0543  GntR family transcriptional regulator  40.34 
 
 
236 aa  178  7e-44  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A0666  trehalose operon repressor  40.34 
 
 
236 aa  177  1e-43  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_0685  trehalose operon repressor  40.76 
 
 
236 aa  177  1e-43  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  0.327487 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_0698  trehalose operon transcriptional repressor  39.92 
 
 
236 aa  177  2e-43  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B4671  trehalose operon repressor  39.92 
 
 
236 aa  175  5e-43  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  1.38863e-21 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0543  trehalose operon repressor  35.44 
 
 
235 aa  145  5e-34  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.405615  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0527  trehalose operon transcriptional repressor  35.02 
 
 
235 aa  145  7e-34  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1339  GntR family transcriptional regulator  34.17 
 
 
240 aa  144  1e-33  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  0.344054  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2552  transcriptional regulator, GntR family  34.62 
 
 
237 aa  142  6e-33  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0076  transcriptional regulator, GntR family  34.6 
 
 
235 aa  141  9e-33  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  0.15859  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1622  transcriptional regulator, GntR family  34.19 
 
 
246 aa  140  1e-32  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0510  GntR family transcriptional regulator  36.1 
 
 
240 aa  139  3e-32  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_0480  GntR family transcriptional regulator  34.91 
 
 
233 aa  133  3e-30  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  hitchhiker  0.00570822  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0534  transcriptional regulator  31.47 
 
 
300 aa  115  4e-25  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  0.207932  hitchhiker  2.34574e-11 
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0510  trehalose operon repressor  32.05 
 
 
242 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0497  GntR family transcriptional regulator  32.05 
 
 
242 aa  105  8e-22  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0406  transcriptional regulator, GntR family  30.34 
 
 
243 aa  103  3e-21  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3458  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
245 aa  96.3  3e-19  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3204  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
245 aa  96.3  3e-19  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.264865  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3424  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.014089  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2666  transcriptional regulator, GntR family  26.18 
 
 
237 aa  96.3  4e-19  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3111  GntR family transcriptional regulator  27.47 
 
 
245 aa  96.3  4e-19  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3412  transcriptional regulator, GntR family  27.23 
 
 
245 aa  95.5  7e-19  Bacillus cereus B4264  Bacteria  unclonable  1.44012e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3183  GntR family transcriptional regulator  27.04 
 
 
245 aa  95.5  7e-19  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.529781  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3424  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 
245 aa  95.1  1e-18  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3436  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1833  transcriptional regulator, GntR family  27.04 
 
 
245 aa  94.7  1e-18  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  0.0220411  normal  0.173691 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3530  GntR family transcriptional regulator  26.13 
 
 
235 aa  90.1  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.814628  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3118  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 
237 aa  90.9  2e-17  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  0.180499  n/a   
 
 
-
 
NC_008527  LACR_1472  GntR family transcriptional regulator  27.35 
 
 
238 aa  89.7  4e-17  Lactococcus lactis subsp. cremoris SK11  Bacteria  unclonable  1.3898e-05  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0559  transcriptional regulator  27.85 
 
 
242 aa  88.2  1e-16  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  decreased coverage  1.28597e-10  hitchhiker  1.47754e-06 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2926  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 
240 aa  87  2e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.594583  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0777  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 
240 aa  87  2e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00678  hypothetical protein  26.16 
 
 
240 aa  87  2e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00689  DNA-binding transcriptional dual regulator, fatty-acyl-binding  26.16 
 
 
240 aa  87  2e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.829969  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2906  transcriptional regulator, GntR family  26.16 
 
 
240 aa  86.7  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0169787  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0649  DNA-binding transcriptional repressor MngR  26.16 
 
 
240 aa  85.9  6e-16  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3202  transcriptional regulator, GntR family  27.01 
 
 
237 aa  84.3  2e-15  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_1962  GntR family transcriptional regulator  27.88 
 
 
242 aa  83.6  2e-15  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  hitchhiker  0.00453299  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0756  DNA-binding transcriptional repressor MngR  25.74 
 
 
240 aa  84  2e-15  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2215  transcriptional regulator, GntR family  27.19 
 
 
247 aa  83.2  4e-15  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000412  transcriptional regulator of succinyl CoA synthetase operon  27.73 
 
 
235 aa  82  7e-15  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1687  GntR family transcriptional regulator  23.21 
 
 
243 aa  82  7e-15  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3697  transcriptional regulator, GntR family  27.27 
 
 
252 aa  82  8e-15  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  decreased coverage  0.00311768  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4392  GntR family transcriptional regulator  26.18 
 
 
257 aa  81.6  9e-15  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.599846 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0165  GntR family transcriptional regulator  24.79 
 
 
234 aa  80.9  2e-14  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.899806  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2911  GntR family transcriptional regulator  26.07 
 
 
242 aa  80.1  3e-14  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.786212  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3203  transcriptional regulator, GntR family  25.56 
 
 
249 aa  79.7  3e-14  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0077  transcriptional regulator, GntR family  27.54 
 
 
239 aa  78.2  1e-13  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2752  GntR family transcriptional regulator  25.56 
 
 
225 aa  76.6  3e-13  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.792581  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3809  GntR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
243 aa  76.3  4e-13  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.467203  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3794  GntR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
243 aa  76.3  4e-13  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4120  GntR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
248 aa  76.3  4e-13  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4272  GntR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
243 aa  76.3  4e-13  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1740  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 
232 aa  76.3  4e-13  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.40989  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3963  GntR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
243 aa  76.3  4e-13  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.691414  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_2998  transcriptional regulator, GntR family  25.53 
 
 
239 aa  75.9  5e-13  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  2.22084e-10  n/a   
 
 
-
 
NC_008528  OEOE_1211  GntR family transcriptional regulator  25.54 
 
 
241 aa  75.5  6e-13  Oenococcus oeni PSU-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_04070  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 
234 aa  75.1  9e-13  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1621  GntR family transcriptional regulator  25.48 
 
 
239 aa  75.1  9e-13  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00823964  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2477  GntR family transcriptional regulator  26.43 
 
 
244 aa  74.7  1e-12  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.698104  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0740  GntR family transcriptional regulator  25.74 
 
 
245 aa  73.9  2e-12  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  hitchhiker  2.68297e-07  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8309  putative transcriptional regulator, GntR family  24.06 
 
 
239 aa  73.6  2e-12  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.0848138  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1632  GntR family transcriptional regulator  25.85 
 
 
232 aa  73.9  2e-12  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.367647  normal 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3882  GntR family transcriptional regulator  25.53 
 
 
243 aa  73.6  3e-12  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.207693  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0188  transcriptional regulator  27.75 
 
 
232 aa  73.6  3e-12  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.0560306 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_34690  transcriptional regulator, GntR family  23.93 
 
 
244 aa  72.8  4e-12  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.0368161  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0781  GntR family transcriptional regulator  27.19 
 
 
266 aa  72.8  4e-12  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_3410  transcriptional regulator, GntR family  25.65 
 
 
245 aa  72.4  5e-12  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  4.05117e-06  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0554  GntR family transcriptional regulator  23.61 
 
 
248 aa  71.2  1e-11  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.799552  n/a   
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_1857  transcriptional regulator, GntR family  27.43 
 
 
242 aa  69.3  5e-11  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  0.457102  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1424  putative transcriptional regulator, GntR family  27.16 
 
 
246 aa  68.9  6e-11  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.07575  normal  0.0454978 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_2646  GntR family transcriptional regulator  23.21 
 
 
241 aa  68.6  9e-11  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2049  transcriptional regulator, GntR family  25.71 
 
 
245 aa  68.6  1e-10  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2799  GntR family transcriptional regulator  23.81 
 
 
243 aa  68.2  1e-10  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.726282  normal 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3697  transcriptional regulator, GntR family  22.75 
 
 
246 aa  68.2  1e-10  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2963  GntR family transcriptional regulator  23.63 
 
 
241 aa  67.8  1e-10  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4023  GntR family transcriptional regulator  22.94 
 
 
243 aa  67.4  2e-10  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_7722  transcriptional regulator, GntR family  21.2 
 
 
269 aa  67  2e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1697  GntR family transcriptional regulator  22.94 
 
 
308 aa  66.6  3e-10  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.394486 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1484  transcriptional regulator, GntR family  25.51 
 
 
244 aa  66.2  4e-10  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.60959  n/a   
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0191  transcriptional regulator  23.18 
 
 
241 aa  66.6  4e-10  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  normal  0.168496 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_6505  transcriptional regulator, GntR family  25 
 
 
278 aa  66.6  4e-10  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  0.381857  normal  0.213544 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_0114  transcriptional regulator  25.32 
 
 
239 aa  66.2  4e-10  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  normal  hitchhiker  1.19312e-17 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1804  GntR family transcriptional regulator  26.09 
 
 
246 aa  66.6  4e-10  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal  0.582068 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1664  GntR family transcriptional regulator  25.59 
 
 
240 aa  66.2  5e-10  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  decreased coverage  0.00697714  normal  0.132461 
 
 
-
 
NC_004116  SAG0968  GntR family transcriptional regulator  22.98 
 
 
232 aa  65.9  5e-10  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013526  Tter_2142  transcriptional regulator, GntR family  25.24 
 
 
260 aa  66.2  5e-10  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2760  GntR family transcriptional regulator  28.42 
 
 
231 aa  65.1  8e-10  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0304853  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_3733  transcriptional regulator, GntR family  24.78 
 
 
245 aa  64.7  1e-09  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.502794  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3927  UbiC transcription regulator-associated domain-containing protein  24.78 
 
 
242 aa  64.7  1e-09  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.341956  normal 
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0129  UbiC transcription regulator-associated domain protein  25.35 
 
 
579 aa  64.7  1e-09  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  normal  0.625714 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>