55 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Amir_5825 on replicon NC_013093
Organism: Actinosynnema mirum DSM 43827



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013093  Amir_5825  2'-5' RNA ligase  100 
 
 		 153 aa  305  1.0000000000000001e-82  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_14670  2'-5' RNA ligase  37.06 
 
 		 176 aa  84  6e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.346276  normal  0.71286 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_0111  2'-5' RNA ligase  36.05 
 
 		 190 aa  70.5  0.000000000008  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3287  2'-5' RNA ligase  33.94 
 
 		 184 aa  67.4  0.00000000006  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  0.246816 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_0243  2',5' RNA ligase  36.09 
 
 		 182 aa  65.9  0.0000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.938124  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_17160  2'-5' RNA ligase  33.88 
 
 		 196 aa  66.2  0.0000000002  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  0.0177806  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0826  2'-5' RNA ligase  35.12 
 
 		 187 aa  65.9  0.0000000002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0821  2'-5' RNA ligase  34.32 
 
 		 188 aa  63.5  0.0000000009  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_8886  2'-5' RNA ligase  33.33 
 
 		 190 aa  63.2  0.000000001  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.979447  normal  1 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4176  2'-5' RNA ligase  36.73 
 
 		 196 aa  58.5  0.00000003  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  0.15981  normal  1 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_1320  2'-5' RNA ligase  38.18 
 
 		 216 aa  55.8  0.0000002  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  0.167347  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1628  2'-5' RNA ligase  32.39 
 
 		 222 aa  55.1  0.0000004  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  1  normal  0.709746 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_8791  2'-5' RNA ligase  33.96 
 
 		 215 aa  53.5  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  0.825967 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3530  2',5' RNA ligase  32.09 
 
 		 184 aa  52.4  0.000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0804998  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0746  2'-5' RNA ligase  35.26 
 
 		 170 aa  52.4  0.000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.836735  normal  1 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_0488  2'-5' RNA ligase  37.37 
 
 		 195 aa  51.2  0.000005  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_11900  2'-5' RNA ligase  25.86 
 
 		 189 aa  51.2  0.000005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  unclonable  5.56695e-18  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1266  2'-5' RNA ligase  25.7 
 
 		 193 aa  51.2  0.000006  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0332104  n/a   
 
 
-
 
NC_009073  Pcal_1736  2'-5' RNA ligase  28.4 
 
 		 186 aa  50.4  0.000008  Pyrobaculum calidifontis JCM 11548  Archaea  n/a    normal  0.556008 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0285  2'-5' RNA ligase  33.04 
 
 		 182 aa  49.7  0.00001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000353357  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4053  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 197 aa  49.7  0.00001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_3040  2'-5' RNA ligase  25.27 
 
 		 189 aa  48.9  0.00002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.308422 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0273  2'-5' RNA ligase  31.98 
 
 		 188 aa  48.9  0.00002  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3730  2'-5' RNA ligase  29.52 
 
 		 197 aa  48.5  0.00003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.651671  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1286  2'-5' RNA ligase  31.43 
 
 		 188 aa  47.8  0.00005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.757621  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_3072  2'-5' RNA ligase  30.12 
 
 		 195 aa  47.8  0.00005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0408  2'-5' RNA ligase  25.41 
 
 		 189 aa  47.8  0.00006  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_2113  2'-5' RNA ligase  34.62 
 
 		 168 aa  46.6  0.0001  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.0440288  normal  1 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_0857  2'-5' RNA ligase  32.37 
 
 		 172 aa  46.6  0.0001  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.358243  normal  1 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_7219  2'-5' RNA ligase  32.03 
 
 		 224 aa  47  0.0001  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.179856  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1647  2'-5' RNA ligase  27.56 
 
 		 183 aa  46.2  0.0002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010525  Tneu_1561  2'-5' RNA ligase  27.46 
 
 		 186 aa  45.4  0.0003  Thermoproteus neutrophilus V24Sta  Archaea  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0508  2'-5' RNA ligase  29.51 
 
 		 192 aa  45.1  0.0004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.170013  hitchhiker  0.00665931 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_1768  2'-5' RNA ligase  24.63 
 
 		 182 aa  44.7  0.0004  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  hitchhiker  0.000411765  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0547  2',5' RNA ligase  27.91 
 
 		 178 aa  44.7  0.0005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0451393  n/a   
 
 
-
 
NC_008701  Pisl_0571  2'-5' RNA ligase  26.22 
 
 		 187 aa  44.3  0.0006  Pyrobaculum islandicum DSM 4184  Archaea  normal  0.223285  hitchhiker  0.00111432 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4364  2'-5' RNA ligase  31.17 
 
 		 188 aa  43.9  0.0007  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0461  2'-5' RNA ligase  31.69 
 
 		 195 aa  43.9  0.0007  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3995  2'-5' RNA ligase  33.12 
 
 		 188 aa  43.9  0.0009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.0173651  normal  0.591095 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0107  2'-5' RNA ligase  31.25 
 
 		 184 aa  43.5  0.001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_1078  2',5' RNA ligase  35.79 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3716  2'-5' RNA ligase  28.49 
 
 		 200 aa  42.7  0.002  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.784361  hitchhiker  0.00258994 
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0231  2'-5' RNA ligase  29.05 
 
 		 185 aa  42.4  0.002  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_1825  2'-5' RNA ligase  28.17 
 
 		 187 aa  42.7  0.002  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0088  2'-5' RNA ligase  29.69 
 
 		 184 aa  42  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000385137 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1013  2'-5' RNA ligase  32.06 
 
 		 179 aa  41.6  0.003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.231948  normal  0.184793 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4176  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 195 aa  42  0.003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0620865  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4476  2'-5' RNA ligase  31.17 
 
 		 191 aa  42  0.003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0420  2'-5' RNA ligase  27.47 
 
 		 192 aa  42  0.003  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  1  normal  0.451277 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2529  2'-5' RNA ligase  26.52 
 
 		 190 aa  42  0.003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1390  2'-5' RNA ligase  32.09 
 
 		 183 aa  41.6  0.004  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4995  2'-5' RNA ligase  31.82 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0417  2',5' RNA ligase  33.63 
 
 		 178 aa  41.2  0.005  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.347882  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0196  2',5' RNA ligase  27.11 
 
 		 178 aa  40.8  0.006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  0.905523 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1659  2'-5' RNA ligase  27.17 
 
 		 192 aa  40.4  0.008  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  hitchhiker  0.000321406  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>