More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ajs_1801 on replicon NC_008782
Organism: Acidovorax sp. JS42



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011992  Dtpsy_1921  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  98.57 
 
 
488 aa  982    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3694  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  68.91 
 
 
484 aa  650    Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1801  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  100 
 
 
488 aa  998    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0704  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  62.09 
 
 
497 aa  579  1e-164  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3963  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.88 
 
 
511 aa  572  1.0000000000000001e-162  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000556996 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0906  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  61.83 
 
 
493 aa  567  1e-160  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.207875  normal  0.966672 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1577  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  61.63 
 
 
493 aa  561  1.0000000000000001e-159  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.547552  normal  0.6563 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6799  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  58.13 
 
 
499 aa  552  1e-156  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00000114492  decreased coverage  0.000000135491 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2844  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.74 
 
 
499 aa  549  1e-155  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0758456  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3349  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.35 
 
 
477 aa  547  1e-154  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.355989  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0591  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  59.28 
 
 
481 aa  543  1e-153  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.2693 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4618  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  59.92 
 
 
515 aa  543  1e-153  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0703  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57 
 
 
525 aa  534  1e-150  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1376  deoxyribodipyrimidine photolyase  56.33 
 
 
492 aa  530  1e-149  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4409  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.45 
 
 
504 aa  529  1e-149  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.421142  normal  0.735576 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3894  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  58.79 
 
 
470 aa  525  1e-148  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0565  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  57.26 
 
 
518 aa  520  1e-146  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.470462  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2745  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  57.2 
 
 
513 aa  519  1e-146  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0241  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  52.01 
 
 
492 aa  520  1e-146  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.76233  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0617  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  56.11 
 
 
518 aa  516  1.0000000000000001e-145  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  hitchhiker  0.00814306  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0263  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  51.91 
 
 
490 aa  515  1.0000000000000001e-145  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6960  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  48.58 
 
 
434 aa  407  1.0000000000000001e-112  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.386716  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0870  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  46.11 
 
 
479 aa  389  1e-107  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  normal  0.040956 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0029  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  45.88 
 
 
438 aa  386  1e-106  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.919202  normal  0.63493 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1958  deoxyribodipyrimidine photolyase (photoreactivating enzyme)  41.08 
 
 
433 aa  382  1e-105  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0021636 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4411  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.35 
 
 
487 aa  373  1e-102  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  decreased coverage  0.00088119  normal  0.0752784 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4249  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  43.58 
 
 
442 aa  369  1e-101  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.846588  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_0061  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.24 
 
 
431 aa  357  1.9999999999999998e-97  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3446  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  44.33 
 
 
491 aa  356  5e-97  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.998107  normal  0.118354 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2087  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.34 
 
 
434 aa  348  1e-94  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0527605  normal  0.0533895 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1479  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.31 
 
 
478 aa  336  5e-91  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1969  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  42.39 
 
 
486 aa  331  2e-89  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11303  deoxyribodipyrimidine photolyase-class I  37.63 
 
 
434 aa  330  3e-89  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_0074  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.26 
 
 
475 aa  323  4e-87  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0994  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.89 
 
 
462 aa  321  1.9999999999999998e-86  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4736  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  42.62 
 
 
488 aa  320  3e-86  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.303761 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1121  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.71 
 
 
482 aa  319  6e-86  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2357  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.84 
 
 
463 aa  317  4e-85  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1113  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.97 
 
 
474 aa  315  9e-85  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.289495  normal  0.288843 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0961  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.89 
 
 
482 aa  314  1.9999999999999998e-84  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0080  deoxyribodipyrimidine photolyase, cyclobutane pyrimidine dimer-specific  39.88 
 
 
469 aa  314  1.9999999999999998e-84  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000198558  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1071  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.55 
 
 
477 aa  313  5.999999999999999e-84  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_0241  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.87 
 
 
475 aa  311  2e-83  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  normal  0.581458 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4292  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  38.15 
 
 
479 aa  311  2e-83  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05122  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.08 
 
 
471 aa  311  2e-83  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001252  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.08 
 
 
471 aa  307  2.0000000000000002e-82  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.553687  n/a   
 
 
-
 
NC_008531  LEUM_0810  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.27 
 
 
470 aa  306  5.0000000000000004e-82  Leuconostoc mesenteroides subsp. mesenteroides ATCC 8293  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1467  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.33 
 
 
481 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1441  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.61 
 
 
481 aa  305  1.0000000000000001e-81  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2665  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40 
 
 
501 aa  304  2.0000000000000002e-81  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl0266  hypothetical protein  37.25 
 
 
471 aa  303  3.0000000000000004e-81  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2777  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.84 
 
 
469 aa  303  3.0000000000000004e-81  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0733  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.78 
 
 
472 aa  303  4.0000000000000003e-81  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1380  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.18 
 
 
470 aa  302  9e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.866986  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0271  hypothetical protein  36.23 
 
 
471 aa  301  1e-80  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00668  deoxyribodipyrimidine photolyase, FAD-binding  40.78 
 
 
473 aa  301  2e-80  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2947  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.78 
 
 
472 aa  301  2e-80  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.139043  normal 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E0625  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.57 
 
 
472 aa  300  4e-80  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0820  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.9 
 
 
469 aa  298  1e-79  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.627339 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0798  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.67 
 
 
472 aa  298  1e-79  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.825453  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2928  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.88 
 
 
472 aa  298  2e-79  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0755  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.88 
 
 
472 aa  298  2e-79  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.391934  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1394  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.02 
 
 
483 aa  296  4e-79  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3589  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.47 
 
 
483 aa  296  8e-79  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013158  Huta_2879  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.44 
 
 
470 aa  296  8e-79  Halorhabdus utahensis DSM 12940  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0513  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.56 
 
 
475 aa  295  1e-78  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.237418 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2714  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.04 
 
 
493 aa  295  2e-78  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0112  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.67 
 
 
484 aa  293  4e-78  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  decreased coverage  0.00531501  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3112  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.87 
 
 
492 aa  293  5e-78  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.671492  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0465  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  40.69 
 
 
473 aa  293  6e-78  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1252  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.68 
 
 
476 aa  293  7e-78  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0460072  normal  0.903658 
 
 
-
 
NC_012892  B21_00657  hypothetical protein  40.98 
 
 
456 aa  292  8e-78  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4450  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.78 
 
 
480 aa  292  1e-77  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61640  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.12 
 
 
481 aa  292  1e-77  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0940349 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02016  DNA photolyase  35.46 
 
 
474 aa  291  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0782959  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1615  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.42 
 
 
471 aa  291  2e-77  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5488  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  41.51 
 
 
518 aa  290  3e-77  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5309  deoxyribodipyrimidine photolyase  40.2 
 
 
477 aa  290  4e-77  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007955  Mbur_2305  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  35.79 
 
 
467 aa  290  4e-77  Methanococcoides burtonii DSM 6242  Archaea  hitchhiker  0.00000000471562  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5899  deoxyribodipyrimidine photolyase  41.96 
 
 
519 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0769953  n/a   
 
 
-
 
NC_013922  Nmag_0575  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.58 
 
 
468 aa  290  4e-77  Natrialba magadii ATCC 43099  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2178  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.96 
 
 
519 aa  290  4e-77  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.240707  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2919  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  40.57 
 
 
478 aa  290  5.0000000000000004e-77  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.219923 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0814  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.07 
 
 
490 aa  289  7e-77  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_0776  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.55 
 
 
479 aa  289  8e-77  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0436296  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1309  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.88 
 
 
499 aa  289  9e-77  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0780  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.55 
 
 
475 aa  289  9e-77  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.431367  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2196  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  41.72 
 
 
519 aa  288  2e-76  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0723  deoxyribodipyrimidine photolyase  39.67 
 
 
472 aa  288  2e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.121356  normal  0.867142 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41430  Deoxyribodipyrimidine photolyase  40.04 
 
 
468 aa  288  2e-76  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_1151  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  37.19 
 
 
452 aa  288  2e-76  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  0.146213  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1364  Deoxyribodipyrimidine photo-lyase  39.16 
 
 
473 aa  287  2.9999999999999996e-76  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3098  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.9 
 
 
487 aa  287  2.9999999999999996e-76  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.383524  normal  0.0341678 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4932  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  37.94 
 
 
481 aa  286  5.999999999999999e-76  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1268a  deoxyribodipyrimidine photolyase  35.71 
 
 
452 aa  285  9e-76  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.432586  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3068  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  38.55 
 
 
500 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1224  deoxyribodipyrimidine photolyase  38.35 
 
 
497 aa  285  1.0000000000000001e-75  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1236  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.34 
 
 
493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1166  deoxyribodipyrimidine photo-lyase type I  39.34 
 
 
493 aa  285  1.0000000000000001e-75  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0998  deoxyribodipyrimidine photo-lyase  36.16 
 
 
453 aa  285  1.0000000000000001e-75  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>