More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Veis_2135 on replicon NC_008786
Organism: Verminephrobacter eiseniae EF01-2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008786  Veis_2135  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 120 aa  243  8e-64  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.597534 
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6127  transcriptional regulator, LysR family  68.18 
 
 		 316 aa  164  5e-40  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5619  LysR family transcriptional regulator  56.88 
 
 		 309 aa  130  6.999999999999999e-30  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.272511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3912  LysR family transcriptional regulator  47.06 
 
 		 309 aa  117  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2741  LysR family transcriptional regulator  55.05 
 
 		 309 aa  117  7e-26  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3428  LysR family transcriptional regulator  54.13 
 
 		 309 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4089  LysR family transcriptional regulator  54.13 
 
 		 309 aa  115  1.9999999999999998e-25  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00576111  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6075  LysR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 309 aa  114  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5211  LysR family transcriptional regulator  53.7 
 
 		 309 aa  114  6e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0243  putative transcriptional regulator transcription regulator protein  50 
 
 		 310 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3373  LysR family transcriptional regulator  52.78 
 
 		 309 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26390  LysR family transcriptional regulator protein  41.67 
 
 		 311 aa  93.2  1e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_2156  LysR family transcriptional regulator  38.46 
 
 		 300 aa  78.2  0.00000000000004  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 304 aa  77  0.00000000000007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 303 aa  75.5  0.0000000000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3828  putative DNA-binding transcriptional regulator  36.36 
 
 		 314 aa  74.3  0.0000000000006  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  38.14 
 
 		 306 aa  73.9  0.0000000000007  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0455  LysR family transcriptional regulator  42.72 
 
 		 310 aa  73.6  0.0000000000009  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  35.45 
 
 		 302 aa  72.8  0.000000000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_0270  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.45 
 
 		 314 aa  72.8  0.000000000001  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 305 aa  73.2  0.000000000001  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03103  predicted DNA-binding transcriptional regulator, efflux system  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0463  transcriptional regulator, LysR family  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4120  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3726  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3275  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_7208  LysR family transcriptional regulator  36.51 
 
 		 313 aa  72.4  0.000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1196  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.191376  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2317  LysR family transcriptional regulator  39.09 
 
 		 315 aa  72  0.000000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.618902  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3432  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0463  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3539  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1404  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1305  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 322 aa  72.8  0.000000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0157  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.820068  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0435  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.231747  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4560  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.550103  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3477  LysR family transcriptional regulator  38.24 
 
 		 304 aa  72  0.000000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.281785  normal  1 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1142  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1489  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 323 aa  72  0.000000000002  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03054  hypothetical protein  35.45 
 
 		 309 aa  72.8  0.000000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5764  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 322 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0008  transcriptional regulator  34.45 
 
 		 431 aa  72  0.000000000003  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.636727  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4540  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 322 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.29008  normal  0.0118827 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0261  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.45 
 
 		 311 aa  72  0.000000000003  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1394  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 430 aa  71.6  0.000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.52025  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4426  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 322 aa  72  0.000000000003  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.715776  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2618  putative HTH-type transcriptional regulator YafC  37.86 
 
 		 314 aa  71.6  0.000000000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.811729  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3828  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 322 aa  72  0.000000000003  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.224143  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1673  LysR family transcriptional regulator  39.39 
 
 		 302 aa  71.6  0.000000000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3964  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 322 aa  72  0.000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0669221  normal  0.168256 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3727  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.107486 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2674  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 294 aa  71.6  0.000000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3558  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3630  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.75458  normal  0.0429881 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3665  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  0.99326 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3559  putative DNA-binding transcriptional regulator  34.55 
 
 		 309 aa  71.2  0.000000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4393  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 		 303 aa  70.9  0.000000000005  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3680  putative DNA-binding transcriptional regulator  33.64 
 
 		 308 aa  71.2  0.000000000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  70.9  0.000000000006  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3497  LysR family transcriptional regulator  39.81 
 
 		 309 aa  70.5  0.000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.0350832  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  33.64 
 
 		 307 aa  70.5  0.000000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  38.89 
 
 		 306 aa  70.1  0.00000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1129  LysR family transcriptional regulator  40.2 
 
 		 298 aa  70.1  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6125  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  39.09 
 
 		 304 aa  68.9  0.00000000002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.479061  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3670  putative DNA-binding transcriptional regulator  35.45 
 
 		 314 aa  68.9  0.00000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001430  transcriptional regulator  36.19 
 
 		 295 aa  68.9  0.00000000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00000301248  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3043  LysR family transcriptional regulator  34.45 
 
 		 327 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.696334  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  37.61 
 
 		 306 aa  68.9  0.00000000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4063  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1032  transcriptional regulator, LysR family  37.5 
 
 		 305 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.156305 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1113  LysR family transcriptional regulator  33.61 
 
 		 318 aa  69.3  0.00000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.293194 
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2460  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 301 aa  68.9  0.00000000002  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  0.367716 
 
 
-
 
NC_008739  Maqu_3906  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 307 aa  68.9  0.00000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5836  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4303  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_5024  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 329 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.205227  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3459  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 324 aa  69.3  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4343  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 327 aa  68.9  0.00000000002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3206  transcriptional regulator  35.92 
 
 		 327 aa  68.6  0.00000000003  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  0.214083 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  32.35 
 
 		 300 aa  68.6  0.00000000003  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  36.04 
 
 		 303 aa  68.6  0.00000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3957  LysR family transcriptional regulator  37.89 
 
 		 304 aa  68.2  0.00000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.770082 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_6200  LysR family transcriptional regulator  39.22 
 
 		 309 aa  68.6  0.00000000003  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.209823 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2275  transcriptional regulator, LysR family protein  32.65 
 
 		 289 aa  68.2  0.00000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0234107  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_2062  transcriptional regulator, LysR family  37.76 
 
 		 310 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.238573  hitchhiker  0.00696993 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  38.71 
 
 		 302 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1408  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 310 aa  68.2  0.00000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  0.349325 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4777  LysR family transcriptional regulator  34.91 
 
 		 299 aa  68.2  0.00000000004  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.277281 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1985  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 330 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1743  carbonate dehydratase  37.76 
 
 		 310 aa  67.8  0.00000000004  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  0.933417  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0877  LysR family transcriptional regulator  36.84 
 
 		 329 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.795779  normal  0.505436 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1298  transcriptional regulator, LysR family  31.13 
 
 		 301 aa  68.2  0.00000000004  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3963  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 324 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.432164 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3456  LysR family transcriptional regulator  32.73 
 
 		 340 aa  68.2  0.00000000004  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.695325 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0058  LysR family transcriptional regulator  40 
 
 		 295 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.0206813  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0280  LysR family transcriptional regulator  33.64 
 
 		 301 aa  67.8  0.00000000005  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.174455 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0123  transcriptional regulator  34.55 
 
 		 302 aa  67.8  0.00000000005  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1178  putative DNA-binding transcriptional regulator  32.73 
 
 		 303 aa  67.8  0.00000000005  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.237766  hitchhiker  0.000914509 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06296  transcriptional regulator  37.14 
 
 		 295 aa  67.8  0.00000000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>