More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_6127 on replicon NC_012792
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012792  Vapar_6127  transcriptional regulator, LysR family  100 
 
 		 316 aa  645    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5619  LysR family transcriptional regulator  54.22 
 
 		 309 aa  347  2e-94  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.272511 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2741  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 309 aa  329  4e-89  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3373  LysR family transcriptional regulator  54.58 
 
 		 309 aa  328  6e-89  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6075  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 309 aa  325  5e-88  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4089  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 309 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00576111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5211  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 309 aa  325  6e-88  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3428  LysR family transcriptional regulator  53.92 
 
 		 309 aa  325  6e-88  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3912  LysR family transcriptional regulator  48.04 
 
 		 309 aa  306  2.0000000000000002e-82  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0243  putative transcriptional regulator transcription regulator protein  48.87 
 
 		 310 aa  289  5.0000000000000004e-77  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26390  LysR family transcriptional regulator protein  44.1 
 
 		 311 aa  268  8.999999999999999e-71  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  32.31 
 
 		 297 aa  179  5.999999999999999e-44  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 305 aa  176  5e-43  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 303 aa  173  2.9999999999999996e-42  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 303 aa  174  2.9999999999999996e-42  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  32.65 
 
 		 305 aa  171  1e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  29.67 
 
 		 302 aa  168  1e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 304 aa  167  2e-40  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  29 
 
 		 307 aa  167  2e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  32.06 
 
 		 322 aa  167  2e-40  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  30.79 
 
 		 303 aa  166  4e-40  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 293 aa  166  5.9999999999999996e-40  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  32.46 
 
 		 306 aa  165  8e-40  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  34.43 
 
 		 302 aa  165  8e-40  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0449  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 298 aa  165  8e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.908719  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28.43 
 
 		 300 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_2135  LysR family transcriptional regulator  68.18 
 
 		 120 aa  164  2.0000000000000002e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.597534 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  32 
 
 		 313 aa  164  2.0000000000000002e-39  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6067  transcriptional regulator, LysR family  35.03 
 
 		 294 aa  163  3e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0904  LysR family transcriptional regulator  29.9 
 
 		 302 aa  163  3e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  31.77 
 
 		 303 aa  162  5.0000000000000005e-39  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  33.11 
 
 		 309 aa  162  6e-39  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1871  LysR family transcriptional regulator  34.65 
 
 		 310 aa  162  7e-39  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.76534  normal  0.628376 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_4357  transcriptional regulator, LysR family  33.55 
 
 		 301 aa  162  7e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1391  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4333  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.207282 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0493  transcriptional regulator, LysR family  33.11 
 
 		 298 aa  161  1e-38  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.145809 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1470  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0388  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  161  1e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1448  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0364851  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0988  LysR family transcriptional regulator  35.76 
 
 		 302 aa  161  1e-38  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.29091  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  31.33 
 
 		 301 aa  160  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  160  2e-38  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 313 aa  160  2e-38  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  32.64 
 
 		 294 aa  160  3e-38  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2456  LysR family transcriptional regulator  31.35 
 
 		 313 aa  160  3e-38  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.161377  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2494  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2875  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 307 aa  160  3e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.442056  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.29 
 
 		 302 aa  159  4e-38  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  30.82 
 
 		 293 aa  159  5e-38  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4422  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 302 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  0.481788 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  32.8 
 
 		 310 aa  159  6e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  31.74 
 
 		 296 aa  157  1e-37  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 300 aa  158  1e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4475  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  157  2e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.384971 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  29.93 
 
 		 309 aa  157  2e-37  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  31.49 
 
 		 303 aa  157  2e-37  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  33.45 
 
 		 308 aa  157  2e-37  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1296  LysR family transcriptional regulator  28.76 
 
 		 301 aa  157  3e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  157  3e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1271  LysR family transcriptional regulator  31.53 
 
 		 324 aa  157  3e-37  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.658069  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 300 aa  156  3e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0187  LysR family transcriptional regulator  30.95 
 
 		 325 aa  156  5.0000000000000005e-37  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.129634 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_4627  transcriptional regulator, LysR family  32.56 
 
 		 301 aa  156  5.0000000000000005e-37  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.0397296  normal  0.257134 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1228  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 305 aa  155  6e-37  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0393  LysR family transcriptional regulator  32.45 
 
 		 298 aa  155  6e-37  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  decreased coverage  0.00156411  normal  0.514567 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  155  7e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0831  LysR family transcriptional regulator  29.83 
 
 		 296 aa  155  8e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4204  LysR family transcriptional regulator  30.67 
 
 		 322 aa  155  8e-37  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1305  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 307 aa  155  8e-37  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.186242 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  30.74 
 
 		 314 aa  155  9e-37  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2174  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  155  9e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.466728  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  33.22 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2423  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  32.33 
 
 		 305 aa  155  1e-36  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2258  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.206002  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  31.33 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0746  LysR family transcriptional regulator  34.35 
 
 		 306 aa  154  1e-36  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  31 
 
 		 299 aa  155  1e-36  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2298  LysR family transcriptional regulator  34.44 
 
 		 303 aa  155  1e-36  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3013  LysR family transcriptional regulator  30.26 
 
 		 307 aa  154  2e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.635712  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1031  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 302 aa  154  2e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1807  LysR family transcriptional regulator  32.56 
 
 		 305 aa  153  2.9999999999999998e-36  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.625247  normal  0.540771 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0056  putative transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  153  4e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1919  LysR family transcriptional regulator  31.79 
 
 		 307 aa  153  4e-36  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2603  LysR family transcriptional regulator  34.11 
 
 		 555 aa  153  4e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1356  LysR family transcriptional regulator  28.9 
 
 		 301 aa  153  4e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  31.65 
 
 		 299 aa  152  5e-36  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2531  LysR family transcriptional regulator  27.91 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  28.43 
 
 		 300 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1700  LysR family transcriptional regulator  33.92 
 
 		 299 aa  152  5.9999999999999996e-36  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.354915 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02101  probable transcriptional regulator, LysR family protein  32.33 
 
 		 301 aa  152  5.9999999999999996e-36  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.0550958  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_00680  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 306 aa  152  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1619  LysR family transcriptional regulator  32.78 
 
 		 303 aa  152  5.9999999999999996e-36  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.434043  normal  0.542444 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  32.29 
 
 		 294 aa  152  7e-36  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>