More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BamMC406_3373 on replicon NC_010552
Organism: Burkholderia ambifaria MC40-6



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010552  BamMC406_3373  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 309 aa  629  1e-179  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5211  LysR family transcriptional regulator  99.35 
 
 		 309 aa  625  1e-178  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6075  LysR family transcriptional regulator  98.06 
 
 		 309 aa  620  1e-177  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2741  LysR family transcriptional regulator  96.44 
 
 		 309 aa  589  1e-167  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4089  LysR family transcriptional regulator  95.47 
 
 		 309 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  decreased coverage  0.00576111  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3428  LysR family transcriptional regulator  95.47 
 
 		 309 aa  585  1e-166  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_5619  LysR family transcriptional regulator  87.99 
 
 		 309 aa  562  1.0000000000000001e-159  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.272511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3912  LysR family transcriptional regulator  68.28 
 
 		 309 aa  448  1e-125  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.084309  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc0243  putative transcriptional regulator transcription regulator protein  66.45 
 
 		 310 aa  427  1e-118  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_26390  LysR family transcriptional regulator protein  57.84 
 
 		 311 aa  362  5.0000000000000005e-99  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012792  Vapar_6127  transcriptional regulator, LysR family  54.58 
 
 		 316 aa  344  1e-93  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7201  transcriptional regulator  34.46 
 
 		 297 aa  202  7e-51  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1123  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 303 aa  202  8e-51  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C1390  LysR family transcriptional regulator  34.88 
 
 		 322 aa  198  1.0000000000000001e-49  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS01682  transcription regulator protein  34.64 
 
 		 309 aa  196  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3206  LysR family transcriptional regulator  35.53 
 
 		 309 aa  194  2e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.160052 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000784  transcriptional regulator  32.89 
 
 		 307 aa  193  3e-48  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.340828  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2695  LysR family transcriptional regulator  34.55 
 
 		 313 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2085  transcriptional regulator, LysR family  36.52 
 
 		 301 aa  189  5e-47  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.722074  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B3064  LysR family transcriptional regulator  35.06 
 
 		 314 aa  187  2e-46  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1543  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  187  2e-46  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06683  transcriptional regulator  31.56 
 
 		 302 aa  187  3e-46  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3240  LysR family transcriptional regulator  35.2 
 
 		 305 aa  187  3e-46  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2362  LysR family transcriptional regulator  35.81 
 
 		 301 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.110517 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3910  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 302 aa  186  4e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.268348  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1682  putative transcriptional regulator  37.2 
 
 		 308 aa  186  6e-46  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.177927  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1970  LysR family transcriptional regulator  35.74 
 
 		 299 aa  185  7e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.330952  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2081  LysR family transcriptional regulator  35.86 
 
 		 294 aa  185  8e-46  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1480  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 294 aa  184  1.0000000000000001e-45  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000191498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2278  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 304 aa  185  1.0000000000000001e-45  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.255279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2458  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.115527  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0287  Carbonate dehydratase  34.77 
 
 		 305 aa  184  2.0000000000000003e-45  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1192  LysR family transcriptional regulator  33.44 
 
 		 299 aa  184  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_37120  LysR family transcriptional regulator  35.39 
 
 		 310 aa  183  3e-45  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0187077  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3607  LysR family transcriptional regulator  34.69 
 
 		 296 aa  183  3e-45  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0340  LysR family transcriptional regulator  35.52 
 
 		 298 aa  182  4.0000000000000006e-45  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.366451 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1959  LysR family transcriptional regulator  34.72 
 
 		 313 aa  182  5.0000000000000004e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.070179  normal  0.335843 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0934  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1373  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.260945  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0359  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.475438  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0637  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  182  5.0000000000000004e-45  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1266  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 299 aa  182  6e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.50212  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0833  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 300 aa  182  7e-45  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2979  transcriptional regulator, LysR family  35.33 
 
 		 306 aa  182  7e-45  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.438714  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2002  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 301 aa  181  1e-44  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00230596  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3811  LysR family transcriptional regulator  34.38 
 
 		 294 aa  180  2e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.349623  normal  0.409757 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1132  LysR family transcriptional regulator  32.12 
 
 		 303 aa  181  2e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  1  normal  0.0177356 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1403  LysR family transcriptional regulator  36 
 
 		 305 aa  181  2e-44  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  0.34329 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0953  transcriptional regulator, LysR family  32.67 
 
 		 300 aa  181  2e-44  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.255638  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 293 aa  180  2.9999999999999997e-44  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.1625 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3280  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 303 aa  180  2.9999999999999997e-44  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.190175  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1886  transcriptional regulator, LysR family  35.02 
 
 		 299 aa  180  4e-44  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1787  transcriptional regulator, LysR family  32.89 
 
 		 301 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2095  LysR family transcriptional regulator  34.14 
 
 		 298 aa  179  7e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.764255  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0369  LysR family transcriptional regulator  34.13 
 
 		 295 aa  179  7e-44  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3311  LysR family transcriptional regulator  35.93 
 
 		 294 aa  178  8e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4614  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 314 aa  178  9e-44  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.0515888  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4096  transcriptional regulator, LysR family  34.92 
 
 		 308 aa  178  9e-44  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1221  LysR family transcriptional regulator  31.76 
 
 		 309 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.678817  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2533  LysR family transcriptional regulator  32.99 
 
 		 299 aa  178  1e-43  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1272  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 303 aa  178  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.066444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3607  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.53 
 
 		 302 aa  177  2e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  0.335248 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1041  LysR family transcriptional regulator  34.22 
 
 		 306 aa  177  2e-43  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0131  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2924  LysR family transcriptional regulator  36.18 
 
 		 294 aa  177  2e-43  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.842726  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A2122  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 293 aa  176  3e-43  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.874672  normal  0.222342 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1860  transcriptional regulator, LysR family  33.89 
 
 		 318 aa  177  3e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00131217  normal  0.14029 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0783  LysR, substrate-binding  33.22 
 
 		 303 aa  177  3e-43  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3062  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  32.66 
 
 		 298 aa  176  4e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3137  LysR family transcriptional regulator  32.88 
 
 		 323 aa  176  4e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0137  LysR family transcriptional regulator  36.27 
 
 		 302 aa  176  5e-43  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3099  LysR family transcriptional regulator  34.67 
 
 		 309 aa  176  5e-43  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.71594  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1689  LysR family transcriptional regulator  32.89 
 
 		 313 aa  176  6e-43  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1083  transcriptional regulator, LysR family  34.55 
 
 		 305 aa  175  7e-43  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3800  LysR family transcriptional regulator  34.83 
 
 		 298 aa  175  7e-43  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000185965  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5076  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  175  8e-43  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2375  transcriptional regulator, LysR family  33.56 
 
 		 301 aa  175  9e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  hitchhiker  0.00507322  normal  0.595951 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2160  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 375 aa  175  9.999999999999999e-43  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2133  transcriptional regulator, LysR family  33 
 
 		 335 aa  175  9.999999999999999e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.212126  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1199  HTH-type transcriptional regulator, LysR-family  30 
 
 		 300 aa  174  1.9999999999999998e-42  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2734  LysR family transcriptional regulator  36.56 
 
 		 306 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2326  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 317 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.231935  normal  0.808229 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4209  LysR family transcriptional regulator  33 
 
 		 304 aa  174  1.9999999999999998e-42  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0129  LysR family transcriptional regulator  34.92 
 
 		 294 aa  174  1.9999999999999998e-42  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.868323  normal  0.261598 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3767  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 311 aa  173  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6129  LysR family transcriptional regulator  33.55 
 
 		 305 aa  173  2.9999999999999996e-42  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.111933 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3337  LysR family transcriptional regulator  34.47 
 
 		 308 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.777697  normal  0.289285 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0145  LysR family transcriptional regulator  35.84 
 
 		 294 aa  173  2.9999999999999996e-42  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.640079  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0121  LysR family transcriptional regulator  35.15 
 
 		 296 aa  173  3.9999999999999995e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.92229  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0430  transcriptional regulator, LysR family  33.66 
 
 		 312 aa  172  5e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.716475 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1717  LysR family transcriptional regulator  32.21 
 
 		 313 aa  172  5e-42  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2257  LysR family transcriptional regulator  31.91 
 
 		 304 aa  172  5.999999999999999e-42  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.368371  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_0835  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 307 aa  172  6.999999999999999e-42  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0783  LysR family transcriptional regulator  32.57 
 
 		 301 aa  172  9e-42  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.806567  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1480  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  33.33 
 
 		 304 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4337  LysR family transcriptional regulator  31.86 
 
 		 313 aa  171  1e-41  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1434  LysR family transcriptional regulator  33.11 
 
 		 301 aa  171  1e-41  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.325668  normal  0.787301 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2452  LysR family transcriptional regulator  28 
 
 		 300 aa  171  2e-41  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_1344  transcriptional regulator, LysR family  32.76 
 
 		 296 aa  171  2e-41  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  decreased coverage  0.00247694  normal  0.0669225 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4814  LysR family transcriptional regulator  35.29 
 
 		 302 aa  171  2e-41  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>