40 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_4670 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_4670  hypothetical protein  100 
 
 		 164 aa  326  7e-89  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2086  hypothetical protein  47.06 
 
 		 155 aa  106  2e-22  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  0.61254 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3718  hypothetical protein  43.41 
 
 		 154 aa  100  1e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.98166  normal  0.257173 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0634  hypothetical protein  37.6 
 
 		 146 aa  87.4  8e-17  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  unclonable  0.000000000800273  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1991  hypothetical protein  37.21 
 
 		 143 aa  81.6  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.76176  normal  0.495244 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1233  hypothetical protein  40.91 
 
 		 143 aa  79  0.00000000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.258606  normal  0.166561 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1899  hypothetical protein  31.54 
 
 		 147 aa  73.9  0.0000000000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1405  hypothetical protein  31.82 
 
 		 155 aa  68.6  0.00000000003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0719  hypothetical protein  30.47 
 
 		 153 aa  68.2  0.00000000005  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  hitchhiker  0.00000971081  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1557  hypothetical protein  35.11 
 
 		 235 aa  65.5  0.0000000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.647868 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3258  cadherin  31.37 
 
 		 2454 aa  64.7  0.0000000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00104244 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0304  hypothetical protein  35.29 
 
 		 542 aa  63.5  0.000000001  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2346  hypothetical protein  32.54 
 
 		 300 aa  59.7  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3753  hypothetical protein  34.23 
 
 		 335 aa  59.3  0.00000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1127  hypothetical protein  31.45 
 
 		 410 aa  57.8  0.00000007  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.667413 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1113  hypothetical protein  32.26 
 
 		 322 aa  57.4  0.00000009  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.303813  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0811  hypothetical protein  30.19 
 
 		 800 aa  55.5  0.0000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_4083  solute binding protein-like  27.55 
 
 		 376 aa  55.1  0.0000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0424858  normal  0.0912112 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2533  hypothetical protein  32.98 
 
 		 573 aa  55.1  0.0000004  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.23365  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1852  hypothetical protein  32.32 
 
 		 282 aa  53.5  0.000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.428196  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1810  hypothetical protein  30.3 
 
 		 556 aa  52.4  0.000003  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.131395  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1759  hypothetical protein  31.31 
 
 		 602 aa  52  0.000004  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  hitchhiker  0.00474122  normal  0.0887156 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2345  hypothetical protein  31.91 
 
 		 581 aa  51.6  0.000004  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.722674  normal  0.489611 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0927  hypothetical protein  31.58 
 
 		 1248 aa  50.4  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0959972  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7154  hypothetical protein  28.19 
 
 		 2039 aa  50.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3155  hypothetical protein  30.85 
 
 		 576 aa  49.7  0.00002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2621  hypothetical protein  35.54 
 
 		 287 aa  48.5  0.00004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.829749  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3662  hypothetical protein  32.26 
 
 		 333 aa  46.6  0.0001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.286788 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1415  peptidoglycan-binding LysM  32.5 
 
 		 453 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0955  peptidoglycan-binding LysM  31.97 
 
 		 453 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.310452  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1437  peptidoglycan-binding LysM  31.97 
 
 		 453 aa  46.2  0.0002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4581  peptidoglycan-binding LysM  35 
 
 		 453 aa  44.7  0.0005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0994346  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3359  hypothetical protein  31.18 
 
 		 352 aa  44.7  0.0006  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.466327  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1219  hypothetical protein  26.62 
 
 		 586 aa  44.7  0.0006  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_1762  hypothetical protein  31.31 
 
 		 294 aa  43.5  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.426629  normal  0.0904839 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1970  hypothetical protein  28 
 
 		 348 aa  43.1  0.002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000000904058  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1854  hemolysin-type calcium-binding region  31.51 
 
 		 5171 aa  41.6  0.004  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  unclonable  0.0000000611986 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1878  peptidoglycan-binding LysM  31.4 
 
 		 446 aa  41.2  0.006  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.0622625 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3598  hypothetical protein  28.24 
 
 		 152 aa  41.2  0.007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0000750539 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1675  hypothetical protein  34.57 
 
 		 296 aa  40.4  0.01  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.642671  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>