198 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Vapar_2575 on replicon NC_012791
Organism: Variovorax paradoxus S110



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_012791  Vapar_2575  Malate/L-lactate dehydrogenase  100 
 
 		 355 aa  718    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.639508  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_4538  malate/L-lactate dehydrogenase  60.58 
 
 		 354 aa  424  1e-118  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2393  malate/L-lactate dehydrogenase  53.18 
 
 		 354 aa  376  1e-103  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3965  malate/L-lactate dehydrogenase  46.96 
 
 		 354 aa  310  2.9999999999999997e-83  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3548  malate/L-lactate dehydrogenase  42.58 
 
 		 358 aa  287  2e-76  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.0039901  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3972  malate/L-lactate dehydrogenase  46.46 
 
 		 353 aa  286  5e-76  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.901224  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1752  malate/L-lactate dehydrogenase  39.58 
 
 		 355 aa  258  8e-68  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.516121  n/a   
 
 
-
 
NC_012848  Rleg_5343  Malate/L-lactate dehydrogenase  39.69 
 
 		 353 aa  256  3e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.218988 
 
 
-
 
NC_011368  Rleg2_5412  Malate/L-lactate dehydrogenase  40.8 
 
 		 351 aa  249  5e-65  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.584123  hitchhiker  0.00277603 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2854  malate/L-lactate dehydrogenase  38.12 
 
 		 352 aa  239  5.999999999999999e-62  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.803203  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2947  malate/L-lactate dehydrogenase  38.24 
 
 		 352 aa  237  2e-61  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.353737  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2835  Ldh family oxidoreductase  38.48 
 
 		 344 aa  235  1.0000000000000001e-60  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.129302  normal  0.973533 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0042  malate/L-lactate dehydrogenase  34.68 
 
 		 349 aa  235  1.0000000000000001e-60  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1356  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.18 
 
 		 353 aa  151  2e-35  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.989483  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5277  hypothetical protein  27.81 
 
 		 368 aa  127  3e-28  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.0968359  normal  0.077183 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3789  Malate/L-lactate dehydrogenase  32.47 
 
 		 732 aa  124  2e-27  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2010  hypothetical protein  27.35 
 
 		 362 aa  123  5e-27  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.694664  normal  0.0216387 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0559  malate/L-lactate dehydrogenase  32.2 
 
 		 350 aa  122  8e-27  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.888427 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3719  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.59 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0845667  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4649  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  30.59 
 
 		 349 aa  120  3e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.964668 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5655  malate/L-lactate dehydrogenase  30.59 
 
 		 349 aa  120  4.9999999999999996e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.64858 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2546  dehydrogenase  27.59 
 
 		 351 aa  119  7.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.637789  normal  0.439412 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3527  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.92 
 
 		 361 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1632  Malate/L-lactate dehydrogenase  28.82 
 
 		 353 aa  117  1.9999999999999998e-25  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  hitchhiker  0.000326891  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1798  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.63 
 
 		 340 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1601  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.18 
 
 		 354 aa  115  1.0000000000000001e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1400  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.23 
 
 		 362 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.468081  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4341  hypothetical protein  27.93 
 
 		 369 aa  115  1.0000000000000001e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000479473 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2899  malate/L-lactate dehydrogenase  31.78 
 
 		 343 aa  115  1.0000000000000001e-24  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6588  Malate/L-lactate dehydrogenase  28 
 
 		 378 aa  113  5e-24  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5261  malate/L-lactate dehydrogenase  29.7 
 
 		 334 aa  112  8.000000000000001e-24  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.85901 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3456  hypothetical protein  27.65 
 
 		 369 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0477339  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4910  hypothetical protein  27.65 
 
 		 369 aa  112  9e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.656536 
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_1446  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.46 
 
 		 377 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  0.0751418 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0783  hypothetical protein  29.84 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.256957  normal  0.206829 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6488  malate/L-lactate dehydrogenase  27.95 
 
 		 358 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.542487 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4858  hypothetical protein  28.1 
 
 		 369 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.256767  hitchhiker  0.00905193 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2563  Malate dehydrogenase  27.65 
 
 		 336 aa  110  3e-23  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0709444  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3061  malate/L-lactate dehydrogenase  27.14 
 
 		 356 aa  110  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.166921  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5376  hypothetical protein  29.84 
 
 		 369 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0371225  normal  0.0812786 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1029  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.7 
 
 		 364 aa  110  4.0000000000000004e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.501272  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00768  predicted dehydrogenase  25 
 
 		 361 aa  110  5e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2841  Malate/L-lactate dehydrogenase  25 
 
 		 361 aa  110  5e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00785  hypothetical protein  25 
 
 		 361 aa  110  5e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2842  hypothetical protein  25 
 
 		 361 aa  110  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.0746 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0856  hypothetical protein  25 
 
 		 361 aa  110  5e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0825  hypothetical protein  25 
 
 		 361 aa  109  6e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2551  hypothetical protein  24.71 
 
 		 361 aa  109  8.000000000000001e-23  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0869  hypothetical protein  25 
 
 		 361 aa  109  8.000000000000001e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_0950  hypothetical protein  24.71 
 
 		 361 aa  108  1e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3620  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.85 
 
 		 353 aa  107  2e-22  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.988077  n/a   
 
 
-
 
NC_009635  Maeo_1015  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  23.68 
 
 		 345 aa  107  4e-22  Methanococcus aeolicus Nankai-3  Archaea  normal  0.759663  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3704  hypothetical protein  27.59 
 
 		 369 aa  106  5e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.305057  normal  0.776569 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_21420  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.78 
 
 		 372 aa  105  1e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0240  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  30.57 
 
 		 345 aa  104  2e-21  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0410  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.85 
 
 		 383 aa  103  4e-21  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2943  hypothetical protein  24.4 
 
 		 361 aa  103  4e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.80898 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6875  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.12 
 
 		 357 aa  103  5e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.366765 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0724  (R)-2-hydroxyacid dehydrogenase  28.7 
 
 		 353 aa  103  5e-21  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2039  malate/L-lactate dehydrogenase family protein  29.01 
 
 		 339 aa  103  5e-21  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.308465  normal  0.10893 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1845  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.8 
 
 		 355 aa  103  6e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.957462  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5976  malate/L-lactate dehydrogenase  34.31 
 
 		 329 aa  103  6e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.35814 
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_1791  Malate/L-lactate dehydrogenase  23.33 
 
 		 334 aa  102  7e-21  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0711  malate/L-lactate dehydrogenase  26.88 
 
 		 355 aa  102  1e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.707221  normal  0.854883 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2460  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.1 
 
 		 332 aa  102  1e-20  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.462463  normal  0.424156 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5012  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.91 
 
 		 359 aa  100  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5456  hypothetical protein  27.38 
 
 		 367 aa  100  4e-20  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013926  Aboo_0600  Malate/L-lactate dehydrogenase  24.48 
 
 		 364 aa  100  4e-20  Aciduliprofundum boonei T469  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3020  malate/L-lactate dehydrogenase  26.42 
 
 		 348 aa  100  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3707  Malate/L-lactate dehydrogenase  34.36 
 
 		 329 aa  100  4e-20  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.717788  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3386  malate/L-lactate dehydrogenase  30.53 
 
 		 344 aa  100  5e-20  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.188787  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2541  malate/L-lactate dehydrogenase  26.98 
 
 		 349 aa  99.8  6e-20  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_16820  malate dehydrogenase (NAD)  24.21 
 
 		 376 aa  99.8  7e-20  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  0.830173 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4866  malate/L-lactate dehydrogenase  29.2 
 
 		 343 aa  99.4  8e-20  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.871504 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6385  Malate/L-lactate dehydrogenase  30.42 
 
 		 344 aa  99.4  9e-20  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.738936 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0782  hypothetical protein  26.01 
 
 		 353 aa  99.4  9e-20  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2132  Malate/L-lactate dehydrogenase  26.4 
 
 		 355 aa  99  1e-19  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5737  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.48 
 
 		 367 aa  99.4  1e-19  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.719553  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1965  Malate/L-lactate dehydrogenase  23.45 
 
 		 349 aa  99  1e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009637  MmarC7_0385  malate/L-lactate dehydrogenase  23.48 
 
 		 347 aa  99  1e-19  Methanococcus maripaludis C7  Archaea  normal  1  normal  0.214984 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0235  Malate/L-lactate dehydrogenase  25.75 
 
 		 355 aa  97.8  2e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.752224  normal  0.0613067 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3968  hypothetical protein  29.51 
 
 		 364 aa  97.4  3e-19  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009975  MmarC6_1534  malate/L-lactate dehydrogenase  23.48 
 
 		 347 aa  97.1  4e-19  Methanococcus maripaludis C6  Archaea  normal  0.975187  n/a   
 
 
-
 
NC_008826  Mpe_B0558  L-sulfolactate dehydrogenase  26.58 
 
 		 365 aa  96.7  5e-19  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.899943  normal  0.297521 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1634  hypothetical protein  27.19 
 
 		 364 aa  96.7  6e-19  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.849275  normal  0.433652 
 
 
-
 
NC_009135  MmarC5_0451  L-sulfolactate dehydrogenase / malate dehydrogenase (NAD)  23.19 
 
 		 347 aa  96.7  6e-19  Methanococcus maripaludis C5  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0941  malate/L-lactate dehydrogenase  27.49 
 
 		 344 aa  96.3  8e-19  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009634  Mevan_0455  malate/L-lactate dehydrogenase  22.51 
 
 		 345 aa  96.3  8e-19  Methanococcus vannielii SB  Archaea  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4412  Malate dehydrogenase  28.29 
 
 		 351 aa  95.9  9e-19  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0581  ureidoglycolate dehydrogenase  24.78 
 
 		 349 aa  95.5  1e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.131047 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6157  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.67 
 
 		 355 aa  95.9  1e-18  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.260295  normal  0.179058 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3870  malate/L-lactate dehydrogenase  27.82 
 
 		 345 aa  95.1  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4855  malate/L-lactate dehydrogenase  29.58 
 
 		 356 aa  94.7  2e-18  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.245039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_1530  hypothetical protein  29.17 
 
 		 352 aa  95.1  2e-18  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.444752  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0574  ureidoglycolate dehydrogenase  24.78 
 
 		 349 aa  95.1  2e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_1995  Malate/L-lactate dehydrogenase  29.52 
 
 		 356 aa  94.7  2e-18  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0576  ureidoglycolate dehydrogenase  24.78 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_3898  Malate/L-lactate dehydrogenase  27.58 
 
 		 360 aa  94  3e-18  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.461594  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0635  ureidoglycolate dehydrogenase  24.78 
 
 		 349 aa  94.4  3e-18  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_4123  malate dehydrogenase (NAD)  25.36 
 
 		 362 aa  93.2  6e-18  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>