More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VSAL_II0263 on replicon NC_011313
Organism: Aliivibrio salmonicida LFI1238



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011313  VSAL_II0263  putative short chain dehydrogenase  100 
 
 
278 aa  580  1e-164  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.390771  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2306  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  33.83 
 
 
273 aa  147  2.0000000000000003e-34  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000000218098  normal  0.0212741 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_0783  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.83 
 
 
298 aa  116  5e-25  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_2681  short chain dehydrogenase family protein  27.14 
 
 
273 aa  109  6e-23  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00380586  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A2719  short chain dehydrogenase family protein  27.14 
 
 
273 aa  108  7.000000000000001e-23  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.272681  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1880  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.68 
 
 
276 aa  104  2e-21  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.138576  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2621  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.91 
 
 
295 aa  102  8e-21  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.786359 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_4479  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.69 
 
 
276 aa  102  1e-20  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.0643496  normal  0.318534 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_4603  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.9 
 
 
268 aa  101  2e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_03130  short-chain dehydrogenase of unknown substrate specificity  33.5 
 
 
275 aa  100  3e-20  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_2216  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.08 
 
 
276 aa  99.8  5e-20  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  normal  0.742045 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2203  short chain dehydrogenase  29.35 
 
 
273 aa  99.8  5e-20  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  decreased coverage  0.000419362  n/a   
 
 
-
 
NC_013093  Amir_2536  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.97 
 
 
262 aa  99.4  6e-20  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.439983  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_3722  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.39 
 
 
267 aa  98.6  9e-20  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.848764  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_1562  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.46 
 
 
275 aa  98.6  1e-19  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.0498761  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3796  putative short-chain dehydrogenase  31.05 
 
 
295 aa  98.6  1e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.205058  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6766  putative short-chain dehydrogenase  27.3 
 
 
279 aa  96.3  5e-19  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.353478  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2215  short chain dehydrogenase  33.65 
 
 
276 aa  96.3  5e-19  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0520  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.02 
 
 
602 aa  95.9  7e-19  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_11271  short-chain type dehydrogenase/reductase  31.09 
 
 
276 aa  95.9  7e-19  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  hitchhiker  0.0000317139  hitchhiker  0.0033897 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_44570  putative short-chain dehydrogenase  30 
 
 
295 aa  95.5  8e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.30545 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5074  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.44 
 
 
276 aa  95.5  8e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  hitchhiker  0.00987994  normal  0.377928 
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_13102  short-chain type dehydrogenase/reductase  26.62 
 
 
276 aa  94.7  1e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.432292  normal 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1156  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  24.62 
 
 
280 aa  95.1  1e-18  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.434492  n/a   
 
 
-
 
NC_009565  TBFG_12242  short chain dehydrogenase  27.56 
 
 
592 aa  94.7  2e-18  Mycobacterium tuberculosis F11  Bacteria  normal  0.0208017  normal  0.29752 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3975  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
276 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3989  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
276 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.171067  normal  0.181158 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.09 
 
 
276 aa  94.4  2e-18  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_6830  oxidoreductase  26.15 
 
 
265 aa  93.2  4e-18  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal  0.356358 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0158  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
271 aa  93.2  4e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.722445  n/a   
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2257  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.1 
 
 
275 aa  92.8  6e-18  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  0.116431  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03264  dehydrogenase/reductase SDR family member 6  32.31 
 
 
256 aa  91.7  1e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_0217  short chain dehydrogenase  28.57 
 
 
286 aa  90.9  2e-17  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.743608  normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_3997  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.41 
 
 
253 aa  91.3  2e-17  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.895675 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3569  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
308 aa  89.7  4e-17  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.683076  hitchhiker  0.00146118 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2450  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.76 
 
 
248 aa  89.7  4e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5413  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.72 
 
 
308 aa  89.4  5e-17  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1462  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  23.95 
 
 
266 aa  89.4  5e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_2356  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.81 
 
 
282 aa  89  8e-17  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.0998128  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4868  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
250 aa  89  8e-17  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.758731  normal  0.103076 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_0175  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.4 
 
 
267 aa  88.6  9e-17  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.319176  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0320  short chain dehydrogenase  26.81 
 
 
267 aa  89  9e-17  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.130238  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2443  Short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.93 
 
 
300 aa  88.6  1e-16  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3865  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  31.5 
 
 
247 aa  88.6  1e-16  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.269971  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1745  short chain dehydrogenase  27.06 
 
 
269 aa  87.4  2e-16  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4205  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  30.11 
 
 
264 aa  87.8  2e-16  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_5364  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.61 
 
 
267 aa  87.4  2e-16  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.676071  normal 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_3168  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.42 
 
 
269 aa  87.8  2e-16  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.685444  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3856  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.92 
 
 
300 aa  87.8  2e-16  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.514987 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_3453  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.06 
 
 
267 aa  87.4  2e-16  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  0.282255  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2823  short chain dehydrogenase  33.5 
 
 
292 aa  87.8  2e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  hitchhiker  0.00207351  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0679  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.43 
 
 
250 aa  87.8  2e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.22723  normal  0.897045 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1976  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.65 
 
 
249 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0404  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.5 
 
 
302 aa  87  3e-16  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1864  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.65 
 
 
249 aa  87  3e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.612513  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0723  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.43 
 
 
250 aa  86.7  4e-16  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.191484 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3322  short chain dehydrogenase  28.5 
 
 
588 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.178301 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1539  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.23 
 
 
302 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007953  Bxe_C0635  putative short-chain dehydrogenase/reductase  27.31 
 
 
246 aa  86.7  4e-16  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.660542  normal  0.0297002 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0120  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.23 
 
 
302 aa  86.7  4e-16  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3311  short chain dehydrogenase  28.5 
 
 
588 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.768628  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5049  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  30.16 
 
 
250 aa  86.7  4e-16  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.553116  normal  0.644711 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_33830  short chain dehydrogenase  25.37 
 
 
568 aa  86.7  4e-16  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3373  short chain dehydrogenase  28.5 
 
 
588 aa  86.7  4e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.855673  normal  0.12205 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4348  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 
274 aa  86.3  4e-16  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.201544 
 
 
-
 
NC_011366  Rleg2_6043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.52 
 
 
244 aa  86.7  4e-16  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.525442  normal  0.830856 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2673  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.8 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.181377  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2194  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  32.65 
 
 
280 aa  86.3  5e-16  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0155651  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1627  oxidoreductase, short chain dehydrogenase/reductase family  27.97 
 
 
271 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0861444  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4042  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.74 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0101  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.23 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3969  short chain dehydrogenase  26.61 
 
 
269 aa  86.3  5e-16  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal  0.246181 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1074  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  28.8 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4268  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.74 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_2317  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  25.95 
 
 
263 aa  86.3  5e-16  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.49068  normal  0.325129 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4357  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  29.74 
 
 
264 aa  86.3  5e-16  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4117  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 
274 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  0.0106138  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2820  dehydrogenases with different specificities  28.8 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5919  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.89 
 
 
295 aa  86.3  5e-16  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0443  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  29.57 
 
 
256 aa  86.3  5e-16  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4192  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.07 
 
 
274 aa  86.3  5e-16  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.879856  normal 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1262  short chain dehydrogenase/reductase family oxidoreductase  27.23 
 
 
302 aa  86.3  5e-16  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3753  short chain dehydrogenase  27.54 
 
 
294 aa  85.9  6e-16  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.0637159 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01992  short chain dehydrogenase  30.25 
 
 
276 aa  86.3  6e-16  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  unclonable  0.00000620206  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4697  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 
300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.858083  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3792  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.41 
 
 
290 aa  85.9  7e-16  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_19210  3-oxoacyl-(acyl-carrier-protein) reductase  29.44 
 
 
243 aa  85.9  7e-16  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0731595  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3665  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.41 
 
 
300 aa  85.9  7e-16  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.196954  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2130  3-hydroxy acid dehydrogenase  29.96 
 
 
249 aa  85.9  7e-16  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1629  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.6 
 
 
248 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  unclonable  5.5514199999999995e-21  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2094  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.15 
 
 
244 aa  85.5  8e-16  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00509935 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2119  3-hydroxy acid dehydrogenase  31.6 
 
 
248 aa  85.5  8e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  unclonable  0.0000000142813  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_5043  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.67 
 
 
300 aa  85.5  9e-16  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.680577 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1249  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  28.65 
 
 
273 aa  85.1  0.000000000000001  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.0626824  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3881  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase  30 
 
 
264 aa  85.1  0.000000000000001  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013743  Htur_0514  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  27.16 
 
 
252 aa  85.1  0.000000000000001  Haloterrigena turkmenica DSM 5511  Archaea  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4158  oxidoreductase, short-chain dehydrogenase/reductase family  29.74 
 
 
264 aa  84.7  0.000000000000001  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_0690  short chain dehydrogenase  24.8 
 
 
292 aa  84.7  0.000000000000001  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  normal  0.0965776 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1918  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.8 
 
 
280 aa  84.7  0.000000000000001  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  hitchhiker  0.000963224  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3963  short-chain dehydrogenase/reductase SDR  26.89 
 
 
244 aa  84.7  0.000000000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.944357  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>