More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Tbd_0356 on replicon NC_007404
Organism: Thiobacillus denitrificans ATCC 25259



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007404  Tbd_0356  5'-nucleotidase  100 
 
 
655 aa  1335    Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0863234 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4457  5'-nucleotidase-like protein  50.98 
 
 
559 aa  510  1e-143  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.25099  normal  0.845616 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4302  5'-nucleotidase-like  50.36 
 
 
607 aa  506  9.999999999999999e-143  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal  0.1811 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0448  5'-nucleotidase family protein  49.37 
 
 
580 aa  503  1e-141  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1025  5'-Nucleotidase domain protein  50.9 
 
 
560 aa  503  1e-141  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.587673  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1152  5'-nucleotidase-like  50.09 
 
 
558 aa  499  1e-140  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3013  5'-nucleotidase domain-containing protein  49.73 
 
 
557 aa  499  1e-140  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2482  putative 5'-nucleotidase  48.64 
 
 
555 aa  477  1e-133  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3482  5'-Nucleotidase domain protein  48.09 
 
 
611 aa  462  1e-129  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0268  5'-nucleotidase domain-containing protein  46.56 
 
 
567 aa  439  9.999999999999999e-123  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00492479 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_0229  5'-nucleotidase domain-containing protein  45.95 
 
 
567 aa  436  1e-121  Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.315015 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_0452  5'-nucleotidase domain-containing protein  44.91 
 
 
578 aa  426  1e-118  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal  0.226129 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_3391  5'-Nucleotidase domain protein  44.04 
 
 
585 aa  402  1e-111  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4270  5'-Nucleotidase domain-containing protein  43.68 
 
 
588 aa  405  1e-111  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_0143  5'-Nucleotidase domain protein  43.47 
 
 
575 aa  405  1e-111  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009806  Krad_4541  5'-nucleotidase domain-containing protein  43.26 
 
 
604 aa  400  9.999999999999999e-111  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.101042  normal  0.534355 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2149  5'-nucleotidase domain-containing protein  41.19 
 
 
722 aa  375  1e-102  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.70819  n/a   
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2368  5'-nucleotidase-like  38.8 
 
 
578 aa  370  1e-101  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.287077  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_0894  putative 5'-nucleotidase family protein  39.32 
 
 
602 aa  363  6e-99  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_2145  5'-Nucleotidase domain protein  41.45 
 
 
569 aa  353  5.9999999999999994e-96  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013169  Ksed_07100  5'-nucleotidase/2',3'-cyclic phosphodiesterase-like hydrolase  40.73 
 
 
597 aa  342  1e-92  Kytococcus sedentarius DSM 20547  Bacteria  normal  0.593719  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4307  5'-nucleotidase domain-containing protein  36.9 
 
 
560 aa  340  4e-92  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_00130  5-nucleotidase/phosphoesterase  38.31 
 
 
571 aa  339  9e-92  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_0306  5'-nucleotidase-like protein  39.49 
 
 
556 aa  339  9.999999999999999e-92  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1414  5`-nucleotidase  36.67 
 
 
560 aa  337  5e-91  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0559  5'-nucleotidase  39.72 
 
 
583 aa  331  3e-89  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.562968  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3856  5'-nucleotidase  36.26 
 
 
529 aa  320  3.9999999999999996e-86  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.927288  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_4169  5'-nucleotidase family protein  36.26 
 
 
529 aa  319  1e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2799  5'-nucleotidase domain-containing protein  36.15 
 
 
530 aa  317  4e-85  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3157  5'-nucleotidase, putative  35.43 
 
 
529 aa  316  8e-85  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  decreased coverage  0.00131591  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4009  5'-nucleotidase family protein  35.78 
 
 
529 aa  316  8e-85  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4322  5'-nucleotidase family protein  35.78 
 
 
529 aa  316  8e-85  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4233  5'-nucleotidase family protein  35.9 
 
 
529 aa  316  9e-85  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3842  5'-nucleotidase  35.6 
 
 
529 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_2900  5'-nucleotidase domain-containing protein  34.55 
 
 
529 aa  316  9.999999999999999e-85  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.468468  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1027  5'-nucleotidase family protein  36.08 
 
 
529 aa  316  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4124  5'-nucleotidase family protein  35.6 
 
 
529 aa  315  9.999999999999999e-85  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000166834 
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_2913  5'-nucleotidase  35.25 
 
 
529 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.1425  n/a   
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4210  5'-nucleotidase family protein  35.9 
 
 
529 aa  315  1.9999999999999998e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS2939  5'-nucleotidase  35.84 
 
 
529 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.0202171  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3162  5'-nucleotidase  35.84 
 
 
529 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.781391  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3171  putative 5'-nucleotidase  35.25 
 
 
529 aa  314  2.9999999999999996e-84  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3181  putative 5'-nucleotidase  35.08 
 
 
529 aa  314  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.851775  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B2091  putative 5'-nucleotidase  35.84 
 
 
529 aa  314  3.9999999999999997e-84  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3149  putative 5'-nucleotidase  35.6 
 
 
529 aa  313  5.999999999999999e-84  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  0.479602  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK2864  5'-nucleotidase  35.66 
 
 
529 aa  313  6.999999999999999e-84  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.0339862  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3931  5'-nucleotidase domain-containing protein  35.6 
 
 
529 aa  312  1e-83  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0860  5'-Nucleotidase domain protein  35.14 
 
 
580 aa  283  6.000000000000001e-75  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  normal  0.917974 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_1162  5'-nucleotidase domain-containing protein  33.21 
 
 
509 aa  280  5e-74  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  0.587696  n/a   
 
 
-
 
NC_009051  Memar_1147  5'-nucleotidase domain-containing protein  35.56 
 
 
561 aa  278  2e-73  Methanoculleus marisnigri JR1  Archaea  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_2321  5'-nucleotidase domain-containing protein  35.52 
 
 
731 aa  268  2e-70  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  0.857665  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2731  hypothetical protein  33.57 
 
 
575 aa  257  4e-67  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2604  hypothetical protein  33.57 
 
 
574 aa  256  9e-67  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009712  Mboo_1086  5'-nucleotidase domain-containing protein  33.22 
 
 
571 aa  256  1.0000000000000001e-66  Candidatus Methanoregula boonei 6A8  Archaea  normal  0.244523  normal 
 
 
-
 
NC_011886  Achl_0825  5'-Nucleotidase domain protein  33.39 
 
 
1512 aa  253  6e-66  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0677  5'-nucleotidase domain-containing protein  32.35 
 
 
1525 aa  251  3e-65  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.608053  n/a   
 
 
-
 
NC_011832  Mpal_0875  5'-Nucleotidase domain protein  33.22 
 
 
580 aa  247  4.9999999999999997e-64  Methanosphaerula palustris E1-9c  Archaea  normal  0.0608431  normal 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_3091  5'-Nucleotidase domain protein  31.99 
 
 
1577 aa  241  2.9999999999999997e-62  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3554  5'-Nucleotidase domain protein  32.6 
 
 
870 aa  227  6e-58  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  decreased coverage  0.00406796  hitchhiker  0.00346018 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_1631  5'-Nucleotidase domain protein  33.04 
 
 
1652 aa  226  1e-57  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.453464  normal 
 
 
-
 
NC_010816  BLD_0036  5'-nucleotidase/2',3'-cyclic phosphodiesterase-like esterase  30.89 
 
 
1311 aa  225  2e-57  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2724  5'-nucleotidase-like  32.1 
 
 
581 aa  224  4e-57  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.00164791  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_0364  5'-Nucleotidase domain protein  31.57 
 
 
1577 aa  218  2e-55  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.381679  normal 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_33530  predicted extracellular nuclease  32.27 
 
 
1591 aa  215  1.9999999999999998e-54  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0542188  normal 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_1461  5'-Nucleotidase domain protein  31.68 
 
 
583 aa  214  3.9999999999999995e-54  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.899956  normal 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0697  5'-Nucleotidase domain protein  31.05 
 
 
1506 aa  212  2e-53  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.208594  normal 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4841  5'-Nucleotidase domain-containing protein  31.72 
 
 
586 aa  211  5e-53  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.374418  normal 
 
 
-
 
NC_004116  SAG1333  5'-nucleotidase family protein  31.5 
 
 
690 aa  209  1e-52  Streptococcus agalactiae 2603V/R  Bacteria  unclonable  0.00306106  n/a   
 
 
-
 
NC_013172  Bfae_27420  5'-nucleotidase/2',3'-cyclic phosphodiesterase-like hydrolase  30.21 
 
 
826 aa  209  2e-52  Brachybacterium faecium DSM 4810  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013947  Snas_4846  5'-Nucleotidase domain-containing protein  29.6 
 
 
578 aa  187  4e-46  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009513  Lreu_1029  cell wall anchor domain-containing protein  31.07 
 
 
752 aa  184  5.0000000000000004e-45  Lactobacillus reuteri DSM 20016  Bacteria  normal  0.0457373  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1794  5'-nucleotidase  29.82 
 
 
504 aa  181  4e-44  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2906  5'-nucleotidase domain-containing protein  27.89 
 
 
872 aa  177  5e-43  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  0.865364  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_0741  5'-nucleotidase domain-containing protein  30.95 
 
 
508 aa  176  9e-43  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.0181082  normal 
 
 
-
 
NC_008530  LGAS_1067  5'-nucleotidase/2',3'-cyclic phosphodiesterase related esterase  28.75 
 
 
765 aa  165  3e-39  Lactobacillus gasseri ATCC 33323  Bacteria  unclonable  0.0000206277  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0843  5'-nucleotidase domain-containing protein  27.94 
 
 
607 aa  159  1e-37  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0234407 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1226  5'-nucleotidase domain-containing protein  27.84 
 
 
605 aa  156  9e-37  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008010  Dgeo_2751  5'-nucleotidase-like  27.63 
 
 
520 aa  151  4e-35  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.273963  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_4030  5'-Nucleotidase domain protein  27.19 
 
 
530 aa  145  3e-33  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  hitchhiker  0.00000108753  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2206  bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase precursor protein  25.13 
 
 
1181 aa  145  3e-33  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1917  bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase precursor protein  24.96 
 
 
1175 aa  145  3e-33  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009616  Tmel_0123  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  24.95 
 
 
515 aa  138  3.0000000000000003e-31  Thermosipho melanesiensis BI429  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0272  5'-nucleotidase domain-containing protein  28.63 
 
 
1284 aa  137  9e-31  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_2207  bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase precursor protein  23.14 
 
 
1215 aa  133  1.0000000000000001e-29  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1918  bifunctional 2',3'-cyclic nucleotide 2'-phosphodiesterase/3'-nucleotidase precursor protein  22.48 
 
 
1202 aa  130  5.0000000000000004e-29  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0919  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  25.59 
 
 
508 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  0.455321  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0941  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  25.59 
 
 
508 aa  129  1.0000000000000001e-28  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_0639  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  26.58 
 
 
509 aa  129  2.0000000000000002e-28  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  0.38757  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2487  5'-Nucleotidase domain protein  26.32 
 
 
558 aa  129  2.0000000000000002e-28  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal  0.149567 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3605  5'-Nucleotidase domain protein  25.34 
 
 
657 aa  124  7e-27  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2961  5'-nucleotidase-like  27.44 
 
 
532 aa  124  8e-27  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.969714  normal  0.02857 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01256  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  24.14 
 
 
553 aa  123  8e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2882  5'-nucleotidase domain-containing protein  26.94 
 
 
533 aa  123  9e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.255702 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004198  5'-nucleotidase  24.66 
 
 
560 aa  120  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_2695  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  27.24 
 
 
577 aa  120  6e-26  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.432031 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0959  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  23.53 
 
 
550 aa  120  6e-26  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0557  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  24.79 
 
 
550 aa  120  9e-26  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.448857 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4357  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  25.67 
 
 
535 aa  119  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  decreased coverage  0.000122656  decreased coverage  0.0000528459 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0547  bifunctional UDP-sugar hydrolase/5'-nucleotidase periplasmic precursor  24.62 
 
 
550 aa  119  1.9999999999999998e-25  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0959773  normal 
 
 
-
 
NC_002967  TDE2257  5'-nucleotidase family protein  24.86 
 
 
533 aa  118  3e-25  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.00000083157  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>