More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_3733 on replicon NC_008043
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  100 
 
 
187 aa  385  1e-106  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0496  thiol:disulfide interchange protein, putative  55.98 
 
 
184 aa  210  1e-53  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  54.26 
 
 
191 aa  204  7e-52  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  55.11 
 
 
183 aa  189  1e-47  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  54.55 
 
 
183 aa  188  5e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  56.49 
 
 
183 aa  182  4.0000000000000006e-45  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  50.32 
 
 
161 aa  166  2e-40  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  45.9 
 
 
203 aa  120  9.999999999999999e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  39.88 
 
 
224 aa  118  6e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2370  redoxin domain-containing protein  35.47 
 
 
195 aa  118  6e-26  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.36236 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  38.75 
 
 
226 aa  117  9.999999999999999e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  43.07 
 
 
228 aa  116  1.9999999999999998e-25  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  42.03 
 
 
223 aa  115  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  43.09 
 
 
191 aa  114  8.999999999999998e-25  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  32.4 
 
 
232 aa  114  1.0000000000000001e-24  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  43.17 
 
 
229 aa  113  2.0000000000000002e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  38.04 
 
 
222 aa  113  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  38.36 
 
 
222 aa  110  9e-24  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  36.59 
 
 
220 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  44 
 
 
210 aa  108  5e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  43.65 
 
 
224 aa  107  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  43.09 
 
 
238 aa  107  1e-22  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  40.14 
 
 
238 aa  107  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  43.09 
 
 
238 aa  107  1e-22  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  35.26 
 
 
213 aa  107  1e-22  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  36.73 
 
 
223 aa  106  2e-22  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  35.37 
 
 
220 aa  106  2e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  36.13 
 
 
223 aa  103  1e-21  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  36.67 
 
 
223 aa  103  1e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  37.01 
 
 
217 aa  102  4e-21  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
200 aa  102  4e-21  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  40.83 
 
 
221 aa  102  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7297  Redoxin domain protein  40.32 
 
 
217 aa  100  9e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0540011  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  33.33 
 
 
220 aa  99.4  3e-20  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  38.28 
 
 
213 aa  98.2  6e-20  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3951  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  38.64 
 
 
188 aa  98.2  6e-20  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.337329 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3611  Redoxin domain protein  38.1 
 
 
213 aa  97.8  9e-20  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338922  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1187  Redoxin domain protein  35.9 
 
 
225 aa  97.1  1e-19  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.18 
 
 
169 aa  96.3  2e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.75 
 
 
169 aa  95.5  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  35.48 
 
 
171 aa  95.1  5e-19  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3488  Redoxin domain protein  36.17 
 
 
216 aa  95.1  5e-19  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.207064 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  36.36 
 
 
209 aa  94.7  6e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  36.17 
 
 
182 aa  91.3  7e-18  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  38.24 
 
 
170 aa  91.3  7e-18  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  31.4 
 
 
194 aa  90.5  1e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.28 
 
 
202 aa  90.5  1e-17  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  30.58 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1851  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.72 
 
 
409 aa  89.7  2e-17  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.47 
 
 
198 aa  89.7  2e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  30.58 
 
 
193 aa  89.7  2e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  30.58 
 
 
193 aa  89.7  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.3 
 
 
191 aa  89  4e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  31.06 
 
 
194 aa  87.8  7e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3739  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40 
 
 
170 aa  88.2  7e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  36.36 
 
 
422 aa  87  1e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  29.75 
 
 
192 aa  87.4  1e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  31.82 
 
 
194 aa  87.4  1e-16  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0345  redoxin domain-containing protein  34.81 
 
 
211 aa  87  1e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  31.94 
 
 
168 aa  87  2e-16  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  29.27 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  28.47 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2939  redoxin domain-containing protein  33.1 
 
 
179 aa  85.5  4e-16  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  34.4 
 
 
176 aa  85.5  4e-16  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  31.54 
 
 
194 aa  85.1  6e-16  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  32.37 
 
 
165 aa  84.7  7e-16  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  30.77 
 
 
194 aa  84.3  8e-16  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.1 
 
 
195 aa  84  0.000000000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  31.54 
 
 
194 aa  84  0.000000000000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  28.1 
 
 
195 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.1 
 
 
195 aa  83.6  0.000000000000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5421  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.62 
 
 
194 aa  83.6  0.000000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4018  Redoxin domain protein  28.1 
 
 
195 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000656655  hitchhiker  0.00619092 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2015  Redoxin domain protein  37.69 
 
 
169 aa  82.4  0.000000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.878112  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  27.11 
 
 
179 aa  82.4  0.000000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  35.9 
 
 
170 aa  82.4  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.06 
 
 
184 aa  82  0.000000000000004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1146  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  32.39 
 
 
433 aa  81.6  0.000000000000006  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.299964  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2908  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  36.76 
 
 
199 aa  81.6  0.000000000000006  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.629655  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1249  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.61 
 
 
331 aa  81.6  0.000000000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.768567  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.14 
 
 
194 aa  81.3  0.000000000000007  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30 
 
 
194 aa  80.9  0.000000000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  31.1 
 
 
183 aa  80.5  0.00000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1448  thioredoxin family protein  37.5 
 
 
390 aa  80.5  0.00000000000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  decreased coverage  0.00492149  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  28.67 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  30.43 
 
 
170 aa  80.1  0.00000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.78 
 
 
446 aa  79.3  0.00000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  32.33 
 
 
167 aa  78.6  0.00000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  30.05 
 
 
193 aa  78.2  0.00000000000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  33.08 
 
 
184 aa  77.8  0.00000000000008  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0948  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.79 
 
 
182 aa  77.8  0.00000000000009  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0200  thioredoxin domain-containing protein  34.59 
 
 
189 aa  77.4  0.0000000000001  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  34.81 
 
 
403 aa  77.4  0.0000000000001  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  30.83 
 
 
173 aa  76.3  0.0000000000002  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0284  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.07 
 
 
188 aa  76.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.503124  normal 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0240  Redoxin domain protein  35.2 
 
 
188 aa  76.3  0.0000000000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.35 
 
 
445 aa  75.5  0.0000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  35.96 
 
 
403 aa  75.5  0.0000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  27.08 
 
 
193 aa  75.5  0.0000000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4480  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26 
 
 
194 aa  75.1  0.0000000000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>