More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_2023 on replicon NC_008686
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  100 
 
 
161 aa  327  4e-89  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  57.66 
 
 
183 aa  172  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  56.93 
 
 
183 aa  171  5e-42  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0496  thiol:disulfide interchange protein, putative  54.93 
 
 
184 aa  167  5e-41  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  50.32 
 
 
187 aa  166  1e-40  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  58.73 
 
 
183 aa  164  2.9999999999999998e-40  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  47.02 
 
 
191 aa  147  9e-35  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  48.55 
 
 
191 aa  145  2.0000000000000003e-34  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  48.67 
 
 
203 aa  144  4.0000000000000006e-34  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  47.18 
 
 
228 aa  140  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  47.71 
 
 
210 aa  137  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  45.22 
 
 
223 aa  132  1.9999999999999998e-30  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  44.87 
 
 
238 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  44.22 
 
 
224 aa  131  3e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  44.44 
 
 
238 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  44.44 
 
 
238 aa  129  2.0000000000000002e-29  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  48.59 
 
 
217 aa  128  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  41.78 
 
 
222 aa  124  7e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  42.76 
 
 
223 aa  121  3e-27  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  42.96 
 
 
222 aa  120  6e-27  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  40.65 
 
 
229 aa  120  7e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  44.06 
 
 
226 aa  120  7e-27  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7297  Redoxin domain protein  47.01 
 
 
217 aa  120  9.999999999999999e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0540011  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  40.51 
 
 
221 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3488  Redoxin domain protein  42.28 
 
 
216 aa  116  9.999999999999999e-26  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.207064 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  38.1 
 
 
223 aa  116  9.999999999999999e-26  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  40.91 
 
 
171 aa  116  9.999999999999999e-26  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3611  Redoxin domain protein  43.88 
 
 
213 aa  115  1.9999999999999998e-25  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338922  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  41.03 
 
 
224 aa  115  3e-25  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  41.04 
 
 
232 aa  115  3e-25  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  43.2 
 
 
223 aa  115  3e-25  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  42.28 
 
 
220 aa  114  6e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  40.72 
 
 
209 aa  112  1.0000000000000001e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  43.17 
 
 
213 aa  113  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  42.38 
 
 
220 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  40.41 
 
 
220 aa  110  6e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1187  Redoxin domain protein  40.28 
 
 
225 aa  110  6e-24  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2370  redoxin domain-containing protein  38.41 
 
 
195 aa  110  7.000000000000001e-24  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.36236 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  41.43 
 
 
213 aa  108  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  39.72 
 
 
202 aa  108  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  41.13 
 
 
169 aa  107  6e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  41.13 
 
 
169 aa  107  7.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.06 
 
 
200 aa  107  8.000000000000001e-23  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  38.52 
 
 
176 aa  105  2e-22  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  39.42 
 
 
182 aa  105  2e-22  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2939  redoxin domain-containing protein  44.6 
 
 
179 aa  104  4e-22  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3951  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  35.92 
 
 
188 aa  104  5e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.337329 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  38.4 
 
 
168 aa  103  7e-22  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  37.21 
 
 
170 aa  102  2e-21  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.14 
 
 
446 aa  102  3e-21  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.35 
 
 
198 aa  101  5e-21  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  37.04 
 
 
170 aa  99.8  2e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  34.84 
 
 
193 aa  99  2e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  31.76 
 
 
195 aa  97.4  8e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  30.6 
 
 
192 aa  97.1  1e-19  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  34.31 
 
 
194 aa  95.9  2e-19  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  38 
 
 
165 aa  95.1  4e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  31.25 
 
 
193 aa  94  8e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_2222  thiol-disulfide oxidoreductase  36.09 
 
 
174 aa  93.2  1e-18  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00000493791  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  34.31 
 
 
196 aa  93.2  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2908  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  41.35 
 
 
199 aa  93.6  1e-18  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.629655  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0735  redoxin domain-containing protein  37.41 
 
 
211 aa  93.2  1e-18  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0200  thioredoxin domain-containing protein  38.81 
 
 
189 aa  93.2  1e-18  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3739  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.5 
 
 
170 aa  93.2  1e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  34.13 
 
 
194 aa  92  3e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  31.25 
 
 
195 aa  92  3e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  29.85 
 
 
193 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  29.85 
 
 
193 aa  91.3  5e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  30.6 
 
 
194 aa  90.9  6e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  37.01 
 
 
422 aa  90.9  7e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.58 
 
 
194 aa  90.9  7e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  40.32 
 
 
183 aa  90.5  9e-18  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  36.09 
 
 
168 aa  90.5  9e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.14 
 
 
191 aa  90.1  1e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.58 
 
 
177 aa  89.7  1e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.71 
 
 
194 aa  90.1  1e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_0399  thiol-disulfide oxidoreductase  35.38 
 
 
174 aa  90.1  1e-17  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_1396  thiol-disulfide oxidoreductase  34.81 
 
 
173 aa  89.4  2e-17  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A0318  hypothetical protein  36.09 
 
 
166 aa  89.4  2e-17  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.0164115  normal  0.0202423 
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B3817  thiol-disulfide oxidoreductase  34.07 
 
 
173 aa  89.7  2e-17  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000000518727 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1661  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.07 
 
 
192 aa  89.4  2e-17  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0206  Redoxin domain protein  37.9 
 
 
167 aa  89  2e-17  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  34.92 
 
 
194 aa  89.4  2e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  29.2 
 
 
179 aa  89.4  2e-17  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  36.04 
 
 
170 aa  88.6  3e-17  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  35.11 
 
 
173 aa  88.2  4e-17  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  34.92 
 
 
194 aa  88.2  4e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.1 
 
 
195 aa  87.8  5e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1947  redoxin  32.39 
 
 
198 aa  87.8  5e-17  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.489864  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_0721  cytochrome C biogenesis protein  35.46 
 
 
403 aa  88.2  5e-17  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2095  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.11 
 
 
288 aa  87.8  6e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.411423  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  29.1 
 
 
195 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.1 
 
 
195 aa  87.4  6e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  31.62 
 
 
193 aa  87.4  7e-17  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_005945  BAS1383  thiol-disulfide oxidoreductase  36.44 
 
 
173 aa  87.4  8e-17  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_1494  thiol-disulfide oxidoreductase  36.44 
 
 
173 aa  87.4  8e-17  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008261  CPF_0739  putative cytochrome C-type biogenesis protein  35.46 
 
 
403 aa  87.4  8e-17  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.0112308  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0184  thioredoxin family protein, putative  39.83 
 
 
171 aa  87  9e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5421  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.13 
 
 
194 aa  87  9e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0190  Redoxin domain protein  38.24 
 
 
186 aa  86.7  1e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.968687  normal  0.596413 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>