More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_4876 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  100 
 
 
224 aa  446  1.0000000000000001e-124  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  71.17 
 
 
222 aa  317  1e-85  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  69.96 
 
 
222 aa  315  4e-85  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  66.52 
 
 
229 aa  281  6.000000000000001e-75  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  69.64 
 
 
228 aa  277  1e-73  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  57.78 
 
 
223 aa  259  2e-68  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  60.45 
 
 
223 aa  254  6e-67  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1187  Redoxin domain protein  55.22 
 
 
225 aa  211  7e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  56.65 
 
 
210 aa  207  1e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  52.07 
 
 
224 aa  197  1.0000000000000001e-49  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  54.43 
 
 
217 aa  187  1e-46  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  51.7 
 
 
226 aa  186  3e-46  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  45.15 
 
 
220 aa  182  4.0000000000000006e-45  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  44.39 
 
 
221 aa  176  3e-43  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7297  Redoxin domain protein  53.16 
 
 
217 aa  175  6e-43  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0540011  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  42.13 
 
 
238 aa  172  3.9999999999999995e-42  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  40.85 
 
 
238 aa  170  1e-41  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  47.65 
 
 
220 aa  170  1e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  40.85 
 
 
238 aa  170  2e-41  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  47.65 
 
 
220 aa  169  3e-41  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  46.77 
 
 
213 aa  169  4e-41  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3611  Redoxin domain protein  46.77 
 
 
213 aa  168  6e-41  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338922  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  51.61 
 
 
203 aa  156  2e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3488  Redoxin domain protein  46.24 
 
 
216 aa  155  6e-37  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.207064 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  42.72 
 
 
213 aa  153  2e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  44.22 
 
 
161 aa  131  6.999999999999999e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  46.62 
 
 
191 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  39.13 
 
 
232 aa  131  1.0000000000000001e-29  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2370  redoxin domain-containing protein  45.86 
 
 
195 aa  125  7e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.36236 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  39.88 
 
 
187 aa  118  9e-26  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  42.38 
 
 
223 aa  117  1.9999999999999998e-25  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0496  thiol:disulfide interchange protein, putative  33.94 
 
 
184 aa  112  5e-24  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  33.94 
 
 
209 aa  109  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  36.14 
 
 
191 aa  108  7.000000000000001e-23  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.85 
 
 
183 aa  107  1e-22  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  41.06 
 
 
223 aa  107  2e-22  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.52 
 
 
183 aa  99.4  4e-20  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  36.73 
 
 
193 aa  99  5e-20  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  30.52 
 
 
183 aa  99  6e-20  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.97 
 
 
202 aa  95.5  6e-19  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.57 
 
 
198 aa  94  2e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  32.85 
 
 
194 aa  93.2  3e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  32.35 
 
 
195 aa  93.2  3e-18  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  32.85 
 
 
193 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  32.85 
 
 
193 aa  93.2  3e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  34.74 
 
 
182 aa  90.9  1e-17  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  31.52 
 
 
194 aa  90.9  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  31.91 
 
 
194 aa  90.1  2e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.41 
 
 
191 aa  90.5  2e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  32.09 
 
 
193 aa  90.1  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.91 
 
 
194 aa  90.1  3e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  35.46 
 
 
170 aa  89.7  3e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  31.21 
 
 
194 aa  89.7  3e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.21 
 
 
446 aa  89.7  4e-17  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  35.16 
 
 
196 aa  89.4  5e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.5 
 
 
194 aa  88.2  9e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  30.43 
 
 
192 aa  85.9  4e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4480  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.59 
 
 
194 aa  86.3  4e-16  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  32.14 
 
 
193 aa  85.9  5e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.86 
 
 
177 aa  85.5  5e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  30.5 
 
 
194 aa  85.1  9e-16  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.59 
 
 
184 aa  85.1  9e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  31.3 
 
 
179 aa  84.7  0.000000000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.89 
 
 
200 aa  83.6  0.000000000000002  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  26.37 
 
 
195 aa  84  0.000000000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  30.5 
 
 
194 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.95 
 
 
195 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.22 
 
 
169 aa  82.8  0.000000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  27.95 
 
 
195 aa  82.8  0.000000000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  36.03 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000005  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.66 
 
 
195 aa  82.4  0.000000000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4018  Redoxin domain protein  31.16 
 
 
195 aa  82  0.000000000000007  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000656655  hitchhiker  0.00619092 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  30.71 
 
 
168 aa  81.3  0.00000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.77 
 
 
169 aa  81.6  0.00000000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  30.22 
 
 
176 aa  81.3  0.00000000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0200  thioredoxin domain-containing protein  38.52 
 
 
189 aa  80.1  0.00000000000002  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  28.78 
 
 
171 aa  77.4  0.0000000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  35.86 
 
 
183 aa  78.2  0.0000000000001  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1249  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.91 
 
 
331 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.768567  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  35.82 
 
 
167 aa  76.6  0.0000000000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  27.86 
 
 
170 aa  76.6  0.0000000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0247  Redoxin domain protein  34.85 
 
 
165 aa  75.9  0.0000000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.549118  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5421  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.69 
 
 
194 aa  75.9  0.0000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2087  redoxin domain-containing protein  35.34 
 
 
155 aa  75.1  0.0000000000007  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.0109878  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1400  Redoxin domain protein  33.8 
 
 
188 aa  75.1  0.0000000000008  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.25356  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1435  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.29 
 
 
168 aa  73.9  0.000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0354049 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0184  thioredoxin family protein, putative  43.21 
 
 
171 aa  73.6  0.000000000002  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.148169 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1383  thioredoxin family protein  28.47 
 
 
168 aa  73.6  0.000000000002  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.12426  normal  0.0879111 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3802  redoxin domain-containing protein  31.72 
 
 
278 aa  73.6  0.000000000002  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0345  redoxin domain-containing protein  32.58 
 
 
211 aa  73.2  0.000000000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1759  hypothetical protein  31.45 
 
 
279 aa  72.8  0.000000000004  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.416831  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  29.86 
 
 
445 aa  72.8  0.000000000004  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2212  thioredoxin-like  32.85 
 
 
133 aa  72.4  0.000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.249121  normal  0.498719 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0371  thioredoxin  30.41 
 
 
187 aa  72  0.000000000007  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3560  redoxin domain-containing protein  31.71 
 
 
278 aa  72  0.000000000007  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4236  redoxin domain protein  31.03 
 
 
278 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2082  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.58 
 
 
380 aa  71.6  0.000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_32600  thiol:disulfide interchange protein  32.8 
 
 
278 aa  71.6  0.000000000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.251961  normal  0.0539892 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1054  thioredoxin  38.37 
 
 
173 aa  71.6  0.000000000009  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  hitchhiker  0.00000221964  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0243  redoxin domain-containing protein  36.29 
 
 
184 aa  71.2  0.00000000001  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.487537  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>