More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dshi_3063 on replicon NC_009952
Organism: Dinoroseobacter shibae DFL 12



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  100 
 
 
191 aa  387  1e-107  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  54.26 
 
 
187 aa  204  7e-52  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0496  thiol:disulfide interchange protein, putative  55.19 
 
 
184 aa  196  2.0000000000000003e-49  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  46.41 
 
 
183 aa  161  5.0000000000000005e-39  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  45.86 
 
 
183 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  49.67 
 
 
183 aa  159  2e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  47.02 
 
 
161 aa  147  1.0000000000000001e-34  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  38.17 
 
 
191 aa  138  4.999999999999999e-32  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  40 
 
 
223 aa  132  1.9999999999999998e-30  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  39.62 
 
 
226 aa  126  2.0000000000000002e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  37.29 
 
 
223 aa  125  4.0000000000000003e-28  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  42.42 
 
 
210 aa  123  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  41.26 
 
 
223 aa  120  9.999999999999999e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  38.98 
 
 
222 aa  120  9.999999999999999e-27  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  36.65 
 
 
238 aa  118  3.9999999999999996e-26  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  35.2 
 
 
221 aa  118  4.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  37.5 
 
 
238 aa  117  9.999999999999999e-26  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  38.76 
 
 
224 aa  117  9.999999999999999e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  35.15 
 
 
232 aa  117  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  35.75 
 
 
209 aa  117  9.999999999999999e-26  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  37.5 
 
 
238 aa  116  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.85 
 
 
203 aa  115  3e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1187  Redoxin domain protein  34.36 
 
 
225 aa  115  3e-25  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  40.65 
 
 
217 aa  114  6.9999999999999995e-25  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  35.96 
 
 
220 aa  114  1.0000000000000001e-24  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  39.13 
 
 
228 aa  112  3e-24  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  34.55 
 
 
220 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  35.47 
 
 
222 aa  109  2.0000000000000002e-23  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7297  Redoxin domain protein  41.85 
 
 
217 aa  110  2.0000000000000002e-23  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0540011  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  33.53 
 
 
213 aa  109  3e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  44.35 
 
 
223 aa  108  4.0000000000000004e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  37.18 
 
 
229 aa  108  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  36.14 
 
 
224 aa  108  5e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2370  redoxin domain-containing protein  34.73 
 
 
195 aa  105  3e-22  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.36236 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  33.33 
 
 
220 aa  104  7e-22  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  31.03 
 
 
171 aa  103  2e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  38.69 
 
 
182 aa  103  2e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3488  Redoxin domain protein  34.84 
 
 
216 aa  99.4  3e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.207064 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.97 
 
 
202 aa  98.6  5e-20  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.57 
 
 
200 aa  97.4  1e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  36.22 
 
 
176 aa  96.3  2e-19  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  34.36 
 
 
213 aa  95.5  4e-19  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  32.82 
 
 
170 aa  95.1  6e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3611  Redoxin domain protein  34.36 
 
 
213 aa  94.7  6e-19  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338922  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.39 
 
 
169 aa  94.7  7e-19  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.07 
 
 
169 aa  93.6  2e-18  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  32.99 
 
 
193 aa  93.6  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  30.67 
 
 
179 aa  93.6  2e-18  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  29.93 
 
 
193 aa  92.4  3e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.57 
 
 
198 aa  92  5e-18  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  31.06 
 
 
168 aa  91.3  8e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  29.32 
 
 
193 aa  91.3  8e-18  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  28.57 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  28.57 
 
 
193 aa  90.5  1e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  27.07 
 
 
192 aa  90.1  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  29.32 
 
 
194 aa  89.4  3e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  29.77 
 
 
195 aa  89.4  3e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.01 
 
 
195 aa  86.7  2e-16  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3951  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  30.2 
 
 
188 aa  86.3  2e-16  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal  0.337329 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4018  Redoxin domain protein  27.01 
 
 
195 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000656655  hitchhiker  0.00619092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  27.01 
 
 
195 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  27.01 
 
 
195 aa  86.3  3e-16  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1146  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  35 
 
 
433 aa  85.5  4e-16  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.299964  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  31.34 
 
 
170 aa  85.5  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0735  redoxin domain-containing protein  37.5 
 
 
211 aa  85.1  5e-16  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3739  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.54 
 
 
170 aa  84.7  6e-16  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1400  Redoxin domain protein  38.31 
 
 
188 aa  84  0.000000000000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.25356  n/a   
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0510  putative secreted protein  39.68 
 
 
209 aa  83.2  0.000000000000002  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.113668  normal  0.171566 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  27.01 
 
 
195 aa  83.2  0.000000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5421  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.43 
 
 
194 aa  82.8  0.000000000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.08 
 
 
177 aa  82.8  0.000000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  33.61 
 
 
173 aa  82.4  0.000000000000004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_18200  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.89 
 
 
178 aa  81.3  0.000000000000008  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.000397372  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  37.27 
 
 
168 aa  80.9  0.00000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1383  thioredoxin family protein  35.11 
 
 
168 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.12426  normal  0.0879111 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2939  redoxin domain-containing protein  34.17 
 
 
179 aa  80.5  0.00000000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.670984  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  33.07 
 
 
422 aa  80.1  0.00000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  30.82 
 
 
196 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0388  redoxin domain-containing protein  32.88 
 
 
194 aa  79.7  0.00000000000002  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017122 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.18 
 
 
191 aa  80.1  0.00000000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_2015  Redoxin domain protein  36.13 
 
 
169 aa  79.7  0.00000000000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  0.878112  normal 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_4515  Redoxin domain protein  39.29 
 
 
182 aa  79  0.00000000000004  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.706217  normal 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1947  redoxin  33.88 
 
 
198 aa  79  0.00000000000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.489864  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0200  thioredoxin domain-containing protein  35.43 
 
 
189 aa  78.6  0.00000000000005  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1954  thioredoxin  33.08 
 
 
184 aa  78.6  0.00000000000006  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11808  thioredoxin, putative  32.85 
 
 
211 aa  78.2  0.00000000000007  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  32.17 
 
 
183 aa  77.8  0.00000000000009  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6120  redoxin domain-containing protein  42.62 
 
 
209 aa  77.8  0.00000000000009  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  0.16555  normal  0.593362 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  26.09 
 
 
194 aa  77.4  0.0000000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2908  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  35.29 
 
 
199 aa  77  0.0000000000001  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.629655  normal  0.543638 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_1661  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.86 
 
 
192 aa  77  0.0000000000001  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.15 
 
 
166 aa  77.4  0.0000000000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000277693  n/a   
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2704  hypothetical protein  37.5 
 
 
205 aa  76.3  0.0000000000002  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  0.396222  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  34.51 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_0830  redoxin domain-containing protein  32.46 
 
 
329 aa  76.6  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0496  redoxin domain-containing protein  36.04 
 
 
166 aa  76.6  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.520975  normal  0.448467 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1435  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.59 
 
 
168 aa  77  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0354049 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1468  Redoxin domain-containing protein  32.56 
 
 
164 aa  76.3  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.0261888  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2219  redoxin domain-containing protein  30.08 
 
 
171 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.231269  hitchhiker  0.0012501 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1234  redoxin domain-containing protein  33.33 
 
 
167 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>