More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Nham_3478 on replicon NC_007964
Organism: Nitrobacter hamburgensis X14



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  100 
 
 
223 aa  451  1.0000000000000001e-126  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  76.47 
 
 
223 aa  352  2e-96  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  60.45 
 
 
224 aa  257  8e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  58.67 
 
 
222 aa  253  1.0000000000000001e-66  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  60 
 
 
222 aa  252  3e-66  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  70.24 
 
 
229 aa  244  4.9999999999999997e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  56.89 
 
 
228 aa  225  4e-58  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1187  Redoxin domain protein  53.2 
 
 
225 aa  206  2e-52  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  48.24 
 
 
210 aa  182  3e-45  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  52.12 
 
 
226 aa  178  4.999999999999999e-44  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  44.93 
 
 
220 aa  176  2e-43  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  53.21 
 
 
224 aa  172  5e-42  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  42.86 
 
 
221 aa  168  5e-41  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  47.98 
 
 
238 aa  167  2e-40  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  46.33 
 
 
220 aa  165  5.9999999999999996e-40  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  48.55 
 
 
238 aa  165  6.9999999999999995e-40  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  48 
 
 
220 aa  164  1.0000000000000001e-39  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  47.98 
 
 
238 aa  164  1.0000000000000001e-39  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  47.1 
 
 
217 aa  164  1.0000000000000001e-39  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7297  Redoxin domain protein  46.93 
 
 
217 aa  157  2e-37  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0540011  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  42.11 
 
 
213 aa  151  7e-36  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  44 
 
 
213 aa  150  1e-35  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3611  Redoxin domain protein  44 
 
 
213 aa  150  2e-35  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338922  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3488  Redoxin domain protein  43.68 
 
 
216 aa  150  2e-35  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.207064 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  46.45 
 
 
203 aa  149  4e-35  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  40 
 
 
191 aa  133  1.9999999999999998e-30  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  41.67 
 
 
191 aa  131  1.0000000000000001e-29  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2370  redoxin domain-containing protein  41.88 
 
 
195 aa  125  5e-28  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.36236 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  38.85 
 
 
232 aa  123  2e-27  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  41.06 
 
 
223 aa  123  2e-27  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  36.9 
 
 
161 aa  116  1.9999999999999998e-25  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.21 
 
 
183 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0496  thiol:disulfide interchange protein, putative  33.16 
 
 
184 aa  115  6.9999999999999995e-25  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.12 
 
 
183 aa  111  8.000000000000001e-24  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  33.12 
 
 
183 aa  111  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  36.36 
 
 
193 aa  105  4e-22  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  35.15 
 
 
187 aa  105  5e-22  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  35.44 
 
 
209 aa  103  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  43.18 
 
 
223 aa  102  4e-21  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.41 
 
 
202 aa  101  7e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  37.25 
 
 
182 aa  96.3  3e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.09 
 
 
198 aa  96.3  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  32.12 
 
 
193 aa  96.7  3e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  31.39 
 
 
193 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  31.39 
 
 
193 aa  94.4  1e-18  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  28.05 
 
 
191 aa  94  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  29.69 
 
 
193 aa  93.6  2e-18  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4480  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.04 
 
 
194 aa  92.4  4e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  31.85 
 
 
192 aa  92.8  4e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  29.53 
 
 
195 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.53 
 
 
195 aa  92.4  5e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.34 
 
 
195 aa  92  6e-18  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  30.34 
 
 
194 aa  91.7  8e-18  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4018  Redoxin domain protein  30.34 
 
 
195 aa  91.7  8e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000656655  hitchhiker  0.00619092 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  34 
 
 
176 aa  91.7  8e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  31.11 
 
 
195 aa  90.9  1e-17  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  32.61 
 
 
171 aa  89.4  4e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  26.67 
 
 
195 aa  89  5e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.67 
 
 
446 aa  87.8  1e-16  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  32.14 
 
 
170 aa  87.8  1e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2903  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.81 
 
 
184 aa  86.7  2e-16  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  32.84 
 
 
194 aa  86.3  3e-16  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.62 
 
 
169 aa  85.9  4e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.39 
 
 
169 aa  85.9  4e-16  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  30.15 
 
 
173 aa  85.5  6e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  32.14 
 
 
168 aa  84.3  0.000000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  29.37 
 
 
194 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  31.08 
 
 
170 aa  84.3  0.000000000000001  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.33 
 
 
177 aa  84.3  0.000000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1223  Redoxin domain protein  38.13 
 
 
170 aa  83.6  0.000000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  0.337108  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  33.33 
 
 
196 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.11 
 
 
194 aa  83.2  0.000000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  36.11 
 
 
183 aa  83.2  0.000000000000003  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  24.83 
 
 
200 aa  83.2  0.000000000000003  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5421  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.94 
 
 
194 aa  82  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.305949 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  30.08 
 
 
179 aa  82  0.000000000000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2046  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  32.17 
 
 
437 aa  80.5  0.00000000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0189188  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  34.48 
 
 
165 aa  80.1  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  28.36 
 
 
194 aa  80.1  0.00000000000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.85 
 
 
194 aa  79  0.00000000000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2212  thioredoxin-like  35.04 
 
 
133 aa  79  0.00000000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.249121  normal  0.498719 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  32.86 
 
 
422 aa  78.6  0.00000000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3739  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.5 
 
 
170 aa  77.8  0.0000000000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1249  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.59 
 
 
331 aa  77.8  0.0000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.768567  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1680  thioredoxin family protein  34.45 
 
 
173 aa  77.8  0.0000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0732573  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0371  thioredoxin  34.78 
 
 
187 aa  76.6  0.0000000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010001  Cphy_1851  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  34.33 
 
 
409 aa  77.4  0.0000000000002  Clostridium phytofermentans ISDg  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  31.01 
 
 
194 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  30.23 
 
 
194 aa  77.4  0.0000000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0547  peroxiredoxin-like protein  31.43 
 
 
168 aa  76.3  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013204  Elen_0625  cytochrome c biogenesis protein transmembrane region  32.43 
 
 
445 aa  76.6  0.0000000000003  Eggerthella lenta DSM 2243  Bacteria  normal  0.254144  normal  0.888006 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0325  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.26 
 
 
189 aa  76.3  0.0000000000003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  normal  0.0365546 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3632  ahpC/TSA family protein  27.27 
 
 
191 aa  75.9  0.0000000000004  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  0.0183092  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1383  thioredoxin family protein  29.2 
 
 
168 aa  76.3  0.0000000000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.12426  normal  0.0879111 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3738  redoxin domain-containing protein  30.22 
 
 
268 aa  75.9  0.0000000000004  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0087  thiol-disulfide isomerase-like protein  32.33 
 
 
170 aa  75.1  0.0000000000007  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.653321  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6578  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  37.04 
 
 
185 aa  74.7  0.0000000000009  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.861573 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2403  Redoxin domain protein  34.96 
 
 
155 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000463478  hitchhiker  0.00393062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1923  redoxin domain-containing protein  34.96 
 
 
155 aa  74.3  0.000000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00232148  normal 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3638  ahpC/TSA family protein  26.74 
 
 
191 aa  74.7  0.000000000001  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.00315479  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>