More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene SO_0269 on replicon NC_004347
Organism: Shewanella oneidensis MR-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004347  SO_0269  thioredoxin, putative  100 
 
 
194 aa  395  1e-109  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0237  redoxin domain-containing protein  91.24 
 
 
193 aa  361  4e-99  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000000458104  hitchhiker  0.00000000877704 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0232  redoxin domain-containing protein  91.24 
 
 
193 aa  361  4e-99  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000057561  normal  0.0469952 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0237  redoxin domain-containing protein  91.24 
 
 
193 aa  358  3e-98  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.00000132187  unclonable  0.000000000045327 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  83.52 
 
 
195 aa  313  9e-85  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.000000000290768  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4018  Redoxin domain protein  83.52 
 
 
195 aa  313  9.999999999999999e-85  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000000656655  hitchhiker  0.00619092 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0234  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  82.95 
 
 
195 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000000676147  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0237  redoxin domain-containing protein  82.95 
 
 
195 aa  310  7.999999999999999e-84  Shewanella baltica OS195  Bacteria  unclonable  0.0000000304189  normal  0.555945 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3721  redoxin domain-containing protein  77.2 
 
 
195 aa  308  4e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000000547051  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4281  redoxin domain-containing protein  66.13 
 
 
192 aa  260  8.999999999999999e-69  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000444464  normal  0.0383421 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0221  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  64.25 
 
 
198 aa  250  9.000000000000001e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000103908  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0196  redoxin domain-containing protein  66.47 
 
 
195 aa  250  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.000417571  normal  0.0470366 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4653  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  62.11 
 
 
191 aa  239  2e-62  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.0000929627  normal  0.021972 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0251  thioredoxin, putative  60.77 
 
 
193 aa  229  2e-59  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.00000000212412  normal  0.0823497 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0185  redoxin domain-containing protein  58.1 
 
 
179 aa  218  6e-56  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.000000000121029  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0479  thioredoxin, putative  36.41 
 
 
196 aa  140  9.999999999999999e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3880  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40 
 
 
194 aa  131  7.999999999999999e-30  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4005  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  40.74 
 
 
194 aa  130  1.0000000000000001e-29  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0476  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  38.13 
 
 
177 aa  129  3e-29  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0476  thioredoxin, putative  38.3 
 
 
194 aa  128  7.000000000000001e-29  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3367  redoxin domain-containing protein  38.52 
 
 
194 aa  125  3e-28  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0486  redoxin domain-containing protein  37.68 
 
 
194 aa  125  5e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3545  redoxin domain-containing protein  37.68 
 
 
194 aa  124  7e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.65179  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4480  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.69 
 
 
194 aa  122  4e-27  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0485  redoxin domain-containing protein  36.96 
 
 
194 aa  121  5e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0345  redoxin domain-containing protein  31.91 
 
 
211 aa  112  5e-24  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0398  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  39.67 
 
 
223 aa  110  1.0000000000000001e-23  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.0641884  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1401  redoxin domain-containing protein  29.28 
 
 
191 aa  107  9.000000000000001e-23  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.774278  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2006  redoxin domain-containing protein  31.69 
 
 
176 aa  102  4e-21  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.0112011  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2276  Redoxin domain protein  29.03 
 
 
171 aa  101  6e-21  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1737  redoxin domain-containing protein  32.24 
 
 
210 aa  101  9e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.958182  normal  0.712311 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3502  hypothetical protein  31.03 
 
 
223 aa  100  1e-20  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.460677 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2865  redoxin domain-containing protein  31.37 
 
 
170 aa  99  4e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.220691  normal  0.154484 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3412  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  35.34 
 
 
169 aa  97.8  8e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0272  thioredoxin family protein  32.86 
 
 
182 aa  97.1  1e-19  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.900103 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2452  thioredoxin family protein  32.09 
 
 
170 aa  97.4  1e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000374764  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0746  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  30.66 
 
 
200 aa  95.9  3e-19  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.204935  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3474  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.33 
 
 
169 aa  95.5  4e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.163841 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_0716  thioredoxin-like protein  31.03 
 
 
223 aa  93.6  2e-18  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal  0.620578 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_4876  thioredoxin-like  32.85 
 
 
224 aa  93.2  2e-18  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.608782  normal 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4643  putative thiol--disulfide interchange redox-active center transmembrane protein  28.67 
 
 
193 aa  93.2  2e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1239  thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like protein  28.06 
 
 
422 aa  93.6  2e-18  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.502856  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1144  Thiol disulfide interchange protein tlpA (cytochrome c biogenesis protein tlpA)  32.64 
 
 
229 aa  93.2  2e-18  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.243856  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1321  thioredoxin family protein  32.39 
 
 
168 aa  92.8  3e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_3382  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  33.61 
 
 
202 aa  92.8  3e-18  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal  0.305938 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1603  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  31.54 
 
 
203 aa  92.8  3e-18  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.673195  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4503  redoxin domain-containing protein  25.73 
 
 
213 aa  92.4  4e-18  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2535  redoxin domain-containing protein  34.04 
 
 
224 aa  92  5e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.772759 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3857  Redoxin domain protein  32.86 
 
 
220 aa  91.7  6e-18  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.0709217 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3478  thioredoxin-like protein  30.66 
 
 
223 aa  91.7  7e-18  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0240  Redoxin domain protein  34.5 
 
 
188 aa  90.5  1e-17  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1000  redoxin domain-containing protein  29.12 
 
 
238 aa  90.5  1e-17  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2046  Thiol-disulfide isomerase and thioredoxins-like  33.33 
 
 
437 aa  90.9  1e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.0189188  n/a   
 
 
-
 
NC_008043  TM1040_3733  redoxin  31.4 
 
 
187 aa  90.5  1e-17  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.78163 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2023  redoxin domain-containing protein  30.6 
 
 
161 aa  90.9  1e-17  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal  0.388068 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3564  Redoxin domain protein  32.14 
 
 
220 aa  90.1  2e-17  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.365622 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3739  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.51 
 
 
170 aa  90.1  2e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0260987  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_0935  thioredoxin-like  27.94 
 
 
222 aa  89.7  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1905  putative thiol:disulfide interchange protein  29.56 
 
 
238 aa  90.1  2e-17  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1980  thiol:disulfide interchange protein, putative  29.56 
 
 
238 aa  89.7  3e-17  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1187  Redoxin domain protein  29.65 
 
 
225 aa  89.4  3e-17  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.151473 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0826  thioredoxin-like protein  32.12 
 
 
222 aa  89.4  3e-17  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_3063  Thiol:disulfide interchange protein TlpA  29.32 
 
 
191 aa  89.4  3e-17  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5989  redoxin domain-containing protein  27.27 
 
 
217 aa  89.7  3e-17  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.870389  normal  0.126817 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2095  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.62 
 
 
288 aa  89  4e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.411423  normal  0.210806 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_5226  Redoxin domain protein  30.66 
 
 
228 aa  88.6  6e-17  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.387928  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2380  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  26.81 
 
 
183 aa  88.6  6e-17  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.632646 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2678  thioredoxin family protein  27.88 
 
 
183 aa  87.8  8e-17  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3774  thiol-disulfide isomerase-like protein  29.2 
 
 
173 aa  86.7  2e-16  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.166782  normal  0.0186728 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3037  redoxin  27.67 
 
 
221 aa  86.7  2e-16  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_3616  redoxin domain-containing protein  29.71 
 
 
226 aa  86.3  3e-16  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0668445  normal  0.0142654 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0725  thioredoxin, thioldisulfide interchange protein  26.28 
 
 
183 aa  85.9  3e-16  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.409063  n/a   
 
 
-
 
NC_007802  Jann_0496  thiol:disulfide interchange protein, putative  29.86 
 
 
184 aa  86.3  3e-16  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3210  redoxin domain-containing protein  29.1 
 
 
209 aa  85.9  3e-16  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.541056 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2444  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.71 
 
 
183 aa  84.3  9e-16  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.312621  normal  0.571857 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7297  Redoxin domain protein  27.86 
 
 
217 aa  84.3  9e-16  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0540011  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3611  Redoxin domain protein  27.14 
 
 
213 aa  84  0.000000000000001  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.338922  normal 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3288  redoxin domain-containing protein  27.14 
 
 
213 aa  83.2  0.000000000000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2370  redoxin domain-containing protein  30 
 
 
195 aa  82.8  0.000000000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.36236 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3043  thioredoxin family protein  35.65 
 
 
433 aa  82.4  0.000000000000004  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1768  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  25.19 
 
 
446 aa  82.4  0.000000000000004  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.197214  normal  0.508736 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_1898  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  36.07 
 
 
166 aa  81.6  0.000000000000006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.0000277693  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_4016  thiol:disulfide interchange protein  31.65 
 
 
220 aa  81.3  0.000000000000009  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0388  redoxin domain-containing protein  28.29 
 
 
194 aa  80.9  0.00000000000001  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0017122 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1383  thioredoxin family protein  27.44 
 
 
168 aa  80.9  0.00000000000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.12426  normal  0.0879111 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0053  anti-oxidant AhpCTSA family protein  27.1 
 
 
232 aa  80.9  0.00000000000001  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A1221  peroxiredoxin-like protein  32.11 
 
 
173 aa  80.1  0.00000000000002  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3488  Redoxin domain protein  26.49 
 
 
216 aa  79.7  0.00000000000002  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal  0.207064 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_6578  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  32.31 
 
 
185 aa  80.1  0.00000000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.861573 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1680  thioredoxin family protein  30.53 
 
 
173 aa  79.7  0.00000000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0732573  normal  0.832163 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2523  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  34.55 
 
 
369 aa  79.7  0.00000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.434668  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1818  redoxin domain-containing protein  28.8 
 
 
165 aa  79.3  0.00000000000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.165387  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0181  alkyl hydroperoxide reductase  33.33 
 
 
183 aa  79  0.00000000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0243778  normal  0.461108 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1435  alkyl hydroperoxide reductase/ Thiol specific antioxidant/ Mal allergen  29.13 
 
 
168 aa  79  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.0354049 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1124  redoxin domain-containing protein  30.89 
 
 
181 aa  79  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.65139  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4599  thioredoxin family protein  29.79 
 
 
158 aa  77.4  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1895  redoxin domain-containing protein  28.15 
 
 
189 aa  77  0.0000000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.132277 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3551  thiol:disulfide interchange protein DsbE, putative  30 
 
 
173 aa  76.6  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.571735 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_2403  Redoxin domain protein  30.09 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000463478  hitchhiker  0.00393062 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1923  redoxin domain-containing protein  30.09 
 
 
155 aa  75.9  0.0000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.00232148  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>