More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TM1040_0867 on replicon NC_008044
Organism: Ruegeria sp. TM1040



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_4201  putative membrane carboxypeptidase/penicillin-binding protein  44.84 
 
 		 835 aa  677    Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.603081  normal  0.772793 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6049  penicillin-binding protein, 1A family  45.82 
 
 		 805 aa  684    Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.141532  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_1857  1A family penicillin-binding protein  68.69 
 
 		 849 aa  1165    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  1  normal  0.874221 
 
 
-
 
NC_004310  BR0916  penicillin-binding protein 1A, putative  45.15 
 
 		 819 aa  686    Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.274618  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_1624  1A family penicillin-binding protein  68.81 
 
 		 849 aa  1157    Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.521017  normal  0.641281 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1797  penicillin-binding protein 1a  45.76 
 
 		 818 aa  687    Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1716  penicillin-binding protein 1A  45.63 
 
 		 831 aa  696    Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.0706575  normal  0.372111 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4669  1A family penicillin-binding protein  45.06 
 
 		 804 aa  698    Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0803  penicillin-binding protein, 1A  45.09 
 
 		 823 aa  650    Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4359  1A family penicillin-binding protein  46.55 
 
 		 810 aa  679    Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2978  penicillin-binding protein 1A (PBP-1a)  68.81 
 
 		 849 aa  1158    Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_3955  penicillin-binding protein, 1A family  45.86 
 
 		 805 aa  670    Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.204833  normal  0.755336 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1171  penicillin-binding protein  65.22 
 
 		 840 aa  1098    Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  0.0742026  normal  0.682279 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1816  1A family penicillin-binding protein  63.69 
 
 		 845 aa  1100    Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  0.0319957 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2147  penicillin-binding protein 1A  44.51 
 
 		 831 aa  664    Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.173589  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0727  penicillin-binding protein, 1A family  45.86 
 
 		 804 aa  686    Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1304  penicillin-binding protein, 1A family  46.45 
 
 		 819 aa  685    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.0651627 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2730  penicillin-binding protein, 1A family  44.86 
 
 		 832 aa  653    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3007  penicillin-binding protein 1A  45.61 
 
 		 830 aa  659    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.160235 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_2534  penicillin-binding protein 1A  60.58 
 
 		 854 aa  1040    Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  1  normal  0.175244 
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2266  1A family penicillin-binding protein  44.35 
 
 		 819 aa  685    Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2852  penicillin-binding protein 1A  45.2 
 
 		 830 aa  657    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.456684  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3949  penicillin-binding protein, 1A family  46.29 
 
 		 805 aa  681    Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.665129 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3276  1A family penicillin-binding protein  44.81 
 
 		 908 aa  668    Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.658356  normal  0.980736 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2444  penicillin-binding protein 1A  45.24 
 
 		 830 aa  666    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.257563  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0934  1A family penicillin-binding protein  44.17 
 
 		 803 aa  662    Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.305447  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1824  penicillin-binding protein 1A  44.35 
 
 		 843 aa  668    Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.0792156  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_5843  1A family penicillin-binding protein  45.82 
 
 		 808 aa  689    Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.36925  normal  0.15552 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_0911  putative penicillin-binding protein 1A  45.04 
 
 		 819 aa  685    Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.477143  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_0867  penicillin-binding protein 1A  100 
 
 		 835 aa  1714    Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.371617  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1395  penicillin-binding protein, 1A family  47.2 
 
 		 809 aa  686    Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.47778  normal  0.639288 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1708  1A family penicillin-binding protein  46.16 
 
 		 818 aa  707    Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3662  1A family penicillin-binding protein  45.86 
 
 		 833 aa  670    Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_0960  1A family penicillin-binding protein  47.92 
 
 		 817 aa  683    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.0340726 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1298  1A family penicillin-binding protein  44.6 
 
 		 833 aa  670    Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.144183  normal  0.788784 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2574  1A family penicillin-binding protein  40.74 
 
 		 791 aa  553  1e-156  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.95541 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3846  1A family penicillin-binding protein  41.37 
 
 		 824 aa  539  1e-151  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_3176  glycosyl transferase family protein  40 
 
 		 838 aa  527  1e-148  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.632903 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2316  peptidoglycan glycosyltransferase  40.13 
 
 		 844 aa  513  1e-144  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.067837  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2321  1A family penicillin-binding protein  37.21 
 
 		 862 aa  487  1e-136  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.10527  normal  0.723891 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2676  1A family penicillin-binding protein  37.3 
 
 		 795 aa  483  1e-135  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.21019 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1687  1A family penicillin-binding protein  35.89 
 
 		 875 aa  468  9.999999999999999e-131  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.983861  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0324  penicillin-binding protein 1A  36.88 
 
 		 830 aa  467  9.999999999999999e-131  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0324  penicillin-binding protein, 1A family  36.97 
 
 		 802 aa  461  9.999999999999999e-129  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2085  penicillin-binding protein, 1A family  37.9 
 
 		 904 aa  457  1e-127  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.535891  normal  0.507146 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4406  1A family penicillin-binding protein  36.17 
 
 		 818 aa  446  1.0000000000000001e-124  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  unclonable  0.000000928316  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU3133  1A family penicillin-binding protein  36.92 
 
 		 796 aa  443  1e-123  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3022  Peptidoglycan glycosyltransferase  36.54 
 
 		 817 aa  444  1e-123  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.369948  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0201  peptidoglycan glycosyltransferase  37.25 
 
 		 793 aa  444  1e-123  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  0.558494 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3215  penicillin-binding protein, 1A family  37.38 
 
 		 778 aa  442  9.999999999999999e-123  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2326  1A family penicillin-binding protein  36.86 
 
 		 807 aa  441  9.999999999999999e-123  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.774073  unclonable  0.0000291309 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0010  peptidoglycan synthetase; penicillin-binding protein 1A  36.2 
 
 		 797 aa  439  9.999999999999999e-123  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  unclonable  0.00000000000000754529  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_2056  penicillin-binding protein 1A  37.37 
 
 		 804 aa  441  9.999999999999999e-123  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000000993377  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3274  penicillin-binding protein 1A  36.19 
 
 		 792 aa  439  9.999999999999999e-123  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2754  1A family penicillin-binding protein  36.36 
 
 		 800 aa  441  9.999999999999999e-123  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1936  penicillin-binding protein, 1A family  36.18 
 
 		 790 aa  437  1e-121  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0171  penicillin-binding protein, 1A family  34.47 
 
 		 829 aa  433  1e-120  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000166752 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0246  penicillin-binding protein 1A  35.1 
 
 		 814 aa  435  1e-120  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0074  penicillin-binding protein, 1A family  35.82 
 
 		 852 aa  433  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0057  penicillin-binding protein 1A  35.95 
 
 		 852 aa  435  1e-120  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2462  penicillin-binding protein 1A  36.64 
 
 		 791 aa  434  1e-120  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0825  1A family penicillin-binding protein  35.27 
 
 		 846 aa  432  1e-119  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.397118  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0189  penicillin-binding protein, 1A family  34.07 
 
 		 827 aa  430  1e-119  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3136  penicillin-binding protein 1A  36.81 
 
 		 791 aa  431  1e-119  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0274  penicillin-binding protein, 1A family  35.99 
 
 		 790 aa  430  1e-119  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.565405  normal  0.249222 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0118  multimodular transpeptidase-transglycosylase PBP 1A  34.97 
 
 		 793 aa  426  1e-118  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0062  penicillin-binding protein, 1A family  36.06 
 
 		 852 aa  428  1e-118  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2091  penicillin-binding protein 1A  35.1 
 
 		 793 aa  428  1e-118  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2630  penicillin-binding protein, 1A family  35.41 
 
 		 807 aa  429  1e-118  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_2534  1A family penicillin-binding protein  34.78 
 
 		 804 aa  427  1e-118  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.401637  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3195  1A family penicillin-binding protein  34.82 
 
 		 773 aa  427  1e-118  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0987  hypothetical protein  35.17 
 
 		 794 aa  423  1e-117  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0956  hypothetical protein  35.17 
 
 		 794 aa  424  1e-117  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0209  penicillin-binding protein 1A  35.46 
 
 		 771 aa  423  1e-117  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A2078  penicillin-binding protein 1A  35.76 
 
 		 777 aa  423  1e-117  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.162741  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2799  1A family penicillin-binding protein  36.44 
 
 		 796 aa  424  1e-117  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2253  1A family penicillin-binding protein  36.53 
 
 		 803 aa  424  1e-117  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.816825  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5259  penicillin-binding protein 1A  35.82 
 
 		 838 aa  419  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  hitchhiker  0.000072806  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5782  penicillin-binding protein 1A  33.45 
 
 		 823 aa  421  1e-116  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1862  1A family penicillin-binding protein  35.72 
 
 		 839 aa  420  1e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  unclonable  0.000000145704  hitchhiker  0.0000925337 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0354  putative penicillin-binding 1 (peptoglycansynthetase) transmembrane protein, MrcA  36.33 
 
 		 799 aa  420  1e-116  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0136569 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3603  penicillin-binding protein, 1A family  36.18 
 
 		 799 aa  421  1e-116  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00689676  hitchhiker  0.000000108854 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0541  1A family penicillin-binding protein  34.99 
 
 		 803 aa  422  1e-116  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5134  1A family penicillin-binding protein  33.73 
 
 		 817 aa  420  1e-116  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5084  penicillin-binding protein, 1A family  33.89 
 
 		 817 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.846696  normal  1 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5133  penicillin-binding protein  32.86 
 
 		 814 aa  416  9.999999999999999e-116  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0554788  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3254  penicillin-binding protein, 1A family  35.52 
 
 		 777 aa  417  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0272171  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0354  penicillin-binding protein 1A  34.05 
 
 		 841 aa  416  9.999999999999999e-116  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.75585  normal  0.103015 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2918  penicillin-binding protein 1A  35.32 
 
 		 797 aa  418  9.999999999999999e-116  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.850822  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0060  1A family penicillin-binding protein  34.87 
 
 		 852 aa  417  9.999999999999999e-116  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.133649 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4957  1A family penicillin-binding protein  33.89 
 
 		 817 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1972  1A family penicillin-binding protein  35.48 
 
 		 839 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.125323  normal  0.0456782 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2907  penicillin-binding protein, 1A family  35.52 
 
 		 777 aa  416  9.999999999999999e-116  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.0114663 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1935  1A family penicillin-binding protein  35.59 
 
 		 839 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.000247834  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66670  penicillin-binding protein 1A  33.57 
 
 		 823 aa  419  9.999999999999999e-116  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0729  1A family penicillin-binding protein  36.39 
 
 		 794 aa  414  1e-114  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.239456  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0290  1A family penicillin-binding protein  36.61 
 
 		 797 aa  414  1e-114  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.308967  normal  0.891054 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0754  penicillin-binding protein, 1A family  34.44 
 
 		 818 aa  413  1e-114  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  unclonable  0.000281003  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0402  peptidoglycan glycosyltransferase  32.66 
 
 		 814 aa  413  1e-114  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.527889  normal  1 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0387  1A family penicillin-binding protein  36.01 
 
 		 797 aa  413  1e-114  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.495893  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>