More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene TDE0643 on replicon NC_002967
Organism: Treponema denticola ATCC 35405



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002967  TDE0643  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
203 aa  416  1e-116  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.0101445  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3122  peptidyl-tRNA hydrolase  39.9 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.984207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0090  peptidyl-tRNA hydrolase  39.9 
 
 
201 aa  142  3e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.971877  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  40.1 
 
 
192 aa  137  2e-31  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  39.9 
 
 
187 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0489  peptidyl-tRNA hydrolase  44.13 
 
 
202 aa  135  4e-31  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00415538 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  36.92 
 
 
232 aa  135  5e-31  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  38.46 
 
 
213 aa  135  6.0000000000000005e-31  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2722  peptidyl-tRNA hydrolase  46.11 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.016718  normal  0.312318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2864  peptidyl-tRNA hydrolase  46.11 
 
 
199 aa  133  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00616861  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4135  peptidyl-tRNA hydrolase  41.71 
 
 
200 aa  132  3e-30  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  41.71 
 
 
200 aa  132  3e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258134  normal  0.0303401 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  40.64 
 
 
194 aa  132  3.9999999999999996e-30  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  39.67 
 
 
207 aa  132  3.9999999999999996e-30  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2190  peptidyl-tRNA hydrolase  45.56 
 
 
199 aa  131  5e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0999239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2804  peptidyl-tRNA hydrolase  45.56 
 
 
199 aa  131  5e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6134  peptidyl-tRNA hydrolase  45.86 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.014975  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1560  peptidyl-tRNA hydrolase  41.9 
 
 
201 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0200988  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2815  peptidyl-tRNA hydrolase  45.86 
 
 
199 aa  130  1.0000000000000001e-29  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490887  normal  0.867617 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  38.83 
 
 
211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  38.83 
 
 
211 aa  130  1.0000000000000001e-29  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_0119  peptidyl-tRNA hydrolase  41.67 
 
 
185 aa  130  1.0000000000000001e-29  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  decreased coverage  0.0000476771  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0511  peptidyl-tRNA hydrolase  45.86 
 
 
199 aa  129  2.0000000000000002e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0472  peptidyl-tRNA hydrolase  41.41 
 
 
201 aa  130  2.0000000000000002e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0313  peptidyl-tRNA hydrolase  45.86 
 
 
200 aa  128  5.0000000000000004e-29  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163585  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  38.83 
 
 
230 aa  128  5.0000000000000004e-29  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_0947  peptidyl-tRNA hydrolase  43.9 
 
 
235 aa  128  6e-29  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  44.52 
 
 
204 aa  127  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0591  peptidyl-tRNA hydrolase  47.14 
 
 
191 aa  126  2.0000000000000002e-28  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_0637  peptidyl-tRNA hydrolase  38.04 
 
 
189 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  0.205248  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0337  peptidyl-tRNA hydrolase  38.46 
 
 
181 aa  126  2.0000000000000002e-28  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2128  peptidyl-tRNA hydrolase  42.46 
 
 
201 aa  125  3e-28  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  decreased coverage  0.0000000328007  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  37.77 
 
 
225 aa  125  3e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2928  peptidyl-tRNA hydrolase  40.7 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  46.58 
 
 
210 aa  125  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0567  peptidyl-tRNA hydrolase  40.7 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00595812  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0751  peptidyl-tRNA hydrolase  40.7 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  40.7 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1500  peptidyl-tRNA hydrolase  40.7 
 
 
201 aa  125  4.0000000000000003e-28  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.494558  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  47.14 
 
 
194 aa  124  1e-27  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_4633  peptidyl-tRNA hydrolase  38.89 
 
 
192 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  normal  0.557373 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_2056  peptidyl-tRNA hydrolase  39.18 
 
 
214 aa  124  1e-27  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_4254  peptidyl-tRNA hydrolase  38.89 
 
 
192 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_4340  peptidyl-tRNA hydrolase  38.89 
 
 
192 aa  124  1e-27  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.480593  normal  0.292105 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_0048  peptidyl-tRNA hydrolase  38.59 
 
 
186 aa  124  1e-27  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  41.28 
 
 
192 aa  123  2e-27  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  37.24 
 
 
216 aa  122  2e-27  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  38.66 
 
 
213 aa  122  4e-27  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0516  peptidyl-tRNA hydrolase  35.42 
 
 
193 aa  122  5e-27  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2570  peptidyl-tRNA hydrolase  38.86 
 
 
194 aa  121  8e-27  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  35.64 
 
 
213 aa  120  9.999999999999999e-27  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1264  peptidyl-tRNA hydrolase  42.07 
 
 
235 aa  120  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02582  peptidyl-tRNA hydrolase  38.74 
 
 
193 aa  120  1.9999999999999998e-26  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00538326  n/a   
 
 
-
 
NC_014150  Bmur_0770  peptidyl-tRNA hydrolase  36.99 
 
 
205 aa  120  1.9999999999999998e-26  Brachyspira murdochii DSM 12563  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1053  peptidyl-tRNA hydrolase  43.62 
 
 
196 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.114072 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1086  peptidyl-tRNA hydrolase  38.42 
 
 
192 aa  120  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009487  SaurJH9_0524  peptidyl-tRNA hydrolase  36.26 
 
 
190 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH9  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009632  SaurJH1_0537  peptidyl-tRNA hydrolase  36.26 
 
 
190 aa  120  1.9999999999999998e-26  Staphylococcus aureus subsp. aureus JH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_0227  peptidyl-tRNA hydrolase  40.83 
 
 
208 aa  119  3e-26  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  normal  0.353061 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  36.41 
 
 
192 aa  119  3.9999999999999996e-26  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.18819  normal 
 
 
-
 
NC_013170  Ccur_03980  peptidyl-tRNA hydrolase  38.89 
 
 
185 aa  119  3.9999999999999996e-26  Cryptobacterium curtum DSM 15641  Bacteria  normal  normal  0.469192 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  45.29 
 
 
239 aa  118  6e-26  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.58488  normal  0.821965 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_1364  peptidyl-tRNA hydrolase  37.7 
 
 
179 aa  118  7e-26  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  45.2 
 
 
195 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00539535  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1919  peptidyl-tRNA hydrolase  38.95 
 
 
209 aa  118  7e-26  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.245056  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3436  peptidyl-tRNA hydrolase  45.2 
 
 
195 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0164133  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1109  peptidyl-tRNA hydrolase  45.2 
 
 
195 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00116388  hitchhiker  0.000000000970821 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1510  Aminoacyl-tRNA hydrolase  34.9 
 
 
193 aa  118  7e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3300  peptidyl-tRNA hydrolase  45.2 
 
 
195 aa  118  7e-26  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000155581  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3134  peptidyl-tRNA hydrolase  41.97 
 
 
208 aa  118  7.999999999999999e-26  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000686708  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1663  peptidyl-tRNA hydrolase  39.25 
 
 
181 aa  117  7.999999999999999e-26  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0334  peptidyl-tRNA hydrolase  36.92 
 
 
181 aa  117  7.999999999999999e-26  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3468  peptidyl-tRNA hydrolase  45.2 
 
 
194 aa  117  9e-26  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000174641  normal  0.19866 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1007  peptidyl-tRNA hydrolase  45.45 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149931  normal  0.240982 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1072  peptidyl-tRNA hydrolase  45.45 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0876072  normal  0.0565044 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2853  peptidyl-tRNA hydrolase  45.2 
 
 
195 aa  117  9e-26  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000370002  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5322  peptidyl-tRNA hydrolase  43.09 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2920  peptidyl-tRNA hydrolase  45.99 
 
 
195 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000374558  normal  0.0910923 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1184  peptidyl-tRNA hydrolase  45.45 
 
 
195 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  43.48 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000106612  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1688  peptidyl-tRNA hydrolase  35.87 
 
 
189 aa  117  9.999999999999999e-26  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2205  peptidyl-tRNA hydrolase  43.48 
 
 
192 aa  117  9.999999999999999e-26  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00180767  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61790  peptidyl-tRNA hydrolase  43.09 
 
 
194 aa  117  9.999999999999999e-26  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172217  normal  0.0107656 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1011  peptidyl-tRNA hydrolase  45.45 
 
 
195 aa  117  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00579564  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_008699  Noca_0912  peptidyl-tRNA hydrolase  36.41 
 
 
217 aa  117  9.999999999999999e-26  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0357  peptidyl-tRNA hydrolase  36.92 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  0.52807  n/a   
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3152  peptidyl-tRNA hydrolase  40.66 
 
 
209 aa  116  1.9999999999999998e-25  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.936943  normal  0.265918 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1653  peptidyl-tRNA hydrolase  36.92 
 
 
181 aa  116  1.9999999999999998e-25  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  hitchhiker  0.00866088  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0987  peptidyl-tRNA hydrolase  42.16 
 
 
194 aa  116  1.9999999999999998e-25  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_4448  peptidyl-tRNA hydrolase  39.29 
 
 
213 aa  116  1.9999999999999998e-25  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.727457  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0824  peptidyl-tRNA hydrolase  40.83 
 
 
225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.705778  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2483  peptidyl-tRNA hydrolase  40.83 
 
 
225 aa  117  1.9999999999999998e-25  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.697792  normal  0.152859 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4463  peptidyl-tRNA hydrolase  44.68 
 
 
194 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0764  peptidyl-tRNA hydrolase  44.68 
 
 
194 aa  116  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1416  peptidyl-tRNA hydrolase  42.59 
 
 
201 aa  115  3.9999999999999997e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.827174  normal  0.882647 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0716  peptidyl-tRNA hydrolase  46.89 
 
 
195 aa  115  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0115669  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0097  peptidyl-tRNA hydrolase  35.57 
 
 
190 aa  115  3.9999999999999997e-25  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  unclonable  0.00000000012965  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0720  peptidyl-tRNA hydrolase  44.15 
 
 
194 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0754  peptidyl-tRNA hydrolase  44.15 
 
 
194 aa  115  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1675  peptidyl-tRNA hydrolase  37.76 
 
 
192 aa  115  6e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.224876  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>