More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PXO_04540 on replicon NC_010717
Organism: Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  388  1e-107  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  80.73 
 
 
192 aa  317  1e-85  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  70 
 
 
192 aa  271  4.0000000000000004e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000106612  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2205  peptidyl-tRNA hydrolase  69.47 
 
 
192 aa  269  2e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00180767  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  53.4 
 
 
192 aa  203  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0516  peptidyl-tRNA hydrolase  52.69 
 
 
193 aa  196  2.0000000000000003e-49  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  49.21 
 
 
230 aa  193  2e-48  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0591  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
191 aa  191  6e-48  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  48.68 
 
 
204 aa  188  4e-47  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  49.21 
 
 
213 aa  187  5.999999999999999e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  48.69 
 
 
225 aa  184  9e-46  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02582  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
193 aa  184  1.0000000000000001e-45  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00538326  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1053  peptidyl-tRNA hydrolase  52.85 
 
 
196 aa  183  2.0000000000000003e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.114072 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0347  peptidyl-tRNA hydrolase  54.01 
 
 
203 aa  181  5.0000000000000004e-45  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2570  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  181  7e-45  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3468  peptidyl-tRNA hydrolase  51.81 
 
 
194 aa  180  1e-44  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000174641  normal  0.19866 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1522  peptidyl-tRNA hydrolase  52.88 
 
 
194 aa  180  1e-44  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0197498  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  49.47 
 
 
210 aa  179  2.9999999999999997e-44  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41540  peptidyl-tRNA hydrolase  51.81 
 
 
194 aa  178  4e-44  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0529  Aminoacyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 
193 aa  178  4e-44  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2572  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
195 aa  178  4e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102375  normal  0.060871 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0170  peptidyl-tRNA hydrolase  49.73 
 
 
193 aa  177  7e-44  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00869457 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0720  peptidyl-tRNA hydrolase  52.85 
 
 
194 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3693  peptidyl-tRNA hydrolase  51.3 
 
 
194 aa  177  9e-44  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000643435  normal  0.128415 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 
232 aa  177  9e-44  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0754  peptidyl-tRNA hydrolase  52.85 
 
 
194 aa  177  9e-44  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0183  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 
193 aa  176  1e-43  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0154785  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4463  peptidyl-tRNA hydrolase  52.33 
 
 
194 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0764  peptidyl-tRNA hydrolase  52.33 
 
 
194 aa  176  2e-43  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  48.66 
 
 
187 aa  174  5e-43  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61790  peptidyl-tRNA hydrolase  51.81 
 
 
194 aa  175  5e-43  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172217  normal  0.0107656 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1850  peptidyl-tRNA hydrolase  52.82 
 
 
195 aa  174  6e-43  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.239028  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  46.28 
 
 
207 aa  174  7e-43  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1984  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
196 aa  174  9e-43  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0267905 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4755  peptidyl-tRNA hydrolase  51.3 
 
 
194 aa  173  9.999999999999999e-43  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215279  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3134  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
208 aa  173  9.999999999999999e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000686708  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5322  peptidyl-tRNA hydrolase  51.3 
 
 
194 aa  173  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0716  peptidyl-tRNA hydrolase  50.78 
 
 
195 aa  172  1.9999999999999998e-42  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0115669  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3606  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  172  2.9999999999999996e-42  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00295121  normal  0.0514505 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  46.56 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2853  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  172  2.9999999999999996e-42  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000370002  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004208  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
196 aa  172  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000331987  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  46.56 
 
 
211 aa  172  2.9999999999999996e-42  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2413  peptidyl-tRNA hydrolase  51.81 
 
 
195 aa  171  5e-42  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.943472  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2074  peptidyl-tRNA hydrolase  51.58 
 
 
196 aa  171  5.999999999999999e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0225311  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2344  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 
194 aa  171  5.999999999999999e-42  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1007  peptidyl-tRNA hydrolase  49.22 
 
 
195 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149931  normal  0.240982 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1072  peptidyl-tRNA hydrolase  49.22 
 
 
195 aa  171  6.999999999999999e-42  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0876072  normal  0.0565044 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1184  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
195 aa  171  7.999999999999999e-42  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2186  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 
206 aa  169  2e-41  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1916  peptidyl-tRNA hydrolase  51.31 
 
 
194 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.295058  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1761  peptidyl-tRNA hydrolase  48.42 
 
 
196 aa  169  2e-41  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000319671  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0818  peptidyl-tRNA hydrolase  49.22 
 
 
195 aa  169  2e-41  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000832673  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01245  peptidyl-tRNA hydrolase  49.47 
 
 
196 aa  170  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1922  peptidyl-tRNA hydrolase  51.31 
 
 
194 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2120  peptidyl-tRNA hydrolase  51.28 
 
 
195 aa  169  2e-41  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0277037  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1354  peptidyl-tRNA hydrolase  51.31 
 
 
194 aa  169  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00856454  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1011  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
195 aa  169  3e-41  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00579564  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2920  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
195 aa  168  4e-41  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000374558  normal  0.0910923 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2467  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 
206 aa  168  4e-41  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.988822  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3629  peptidyl-tRNA hydrolase  51.08 
 
 
226 aa  168  5e-41  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  46.77 
 
 
213 aa  168  5e-41  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1538  peptidyl-tRNA hydrolase  50.79 
 
 
194 aa  167  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.415259  normal  0.044149 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3436  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0164133  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1109  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00116388  hitchhiker  0.000000000970821 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00539535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3300  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  166  1e-40  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000155581  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0785  peptidyl-tRNA hydrolase  48.44 
 
 
196 aa  167  1e-40  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000418835  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01179  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2443  Aminoacyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0491513  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2422  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0426078 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2064  peptidyl-tRNA hydrolase  50.78 
 
 
195 aa  166  2e-40  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.460375  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11289  normal  0.097849 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01189  hypothetical protein  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1309  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1685  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000354095  normal  0.435145 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1351  peptidyl-tRNA hydrolase  50.53 
 
 
194 aa  166  2e-40  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0179847  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  45.21 
 
 
213 aa  165  2.9999999999999998e-40  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1102  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
194 aa  166  2.9999999999999998e-40  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1980  peptidyl-tRNA hydrolase  50.79 
 
 
194 aa  165  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0660178  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2578  peptidyl-tRNA hydrolase  48.13 
 
 
189 aa  165  4e-40  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0942  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
194 aa  165  4e-40  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.693869 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0909  aminoacyl-tRNA hydrolase  47.12 
 
 
197 aa  164  5e-40  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.238467 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0071  peptidyl-tRNA hydrolase  47.59 
 
 
187 aa  164  5.9999999999999996e-40  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0504  peptidyl-tRNA hydrolase  46.32 
 
 
194 aa  163  1.0000000000000001e-39  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  44.15 
 
 
216 aa  164  1.0000000000000001e-39  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2706  peptidyl-tRNA hydrolase  47.59 
 
 
189 aa  162  2.0000000000000002e-39  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0987  peptidyl-tRNA hydrolase  50.27 
 
 
194 aa  162  3e-39  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2107  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
207 aa  162  3e-39  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0023185  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2042  peptidyl-tRNA hydrolase  47.06 
 
 
187 aa  162  3e-39  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0294  peptidyl-tRNA hydrolase  40.21 
 
 
193 aa  160  1e-38  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  48.6 
 
 
194 aa  159  2e-38  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1368  peptidyl-tRNA hydrolase  51.05 
 
 
194 aa  157  8e-38  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00538559  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3122  peptidyl-tRNA hydrolase  44.39 
 
 
201 aa  157  9e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.984207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0090  peptidyl-tRNA hydrolase  44.39 
 
 
201 aa  157  9e-38  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.971877  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_2367  aminoacyl-tRNA hydrolase  49.73 
 
 
196 aa  157  1e-37  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  49.47 
 
 
197 aa  157  1e-37  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1922  peptidyl-tRNA hydrolase  45.6 
 
 
196 aa  152  2e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1627  peptidyl-tRNA hydrolase  45.6 
 
 
196 aa  152  2.9999999999999998e-36  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.660591  normal 
 
 
-
 
NC_013205  Aaci_0180  peptidyl-tRNA hydrolase  42.63 
 
 
191 aa  152  2.9999999999999998e-36  Alicyclobacillus acidocaldarius subsp. acidocaldarius DSM 446  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>