More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene EcolC_2422 on replicon NC_010468
Organism: Escherichia coli ATCC 8739



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
CP001509  ECD_01179  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2443  Aminoacyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0491513  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1685  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000354095  normal  0.435145 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1351  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0179847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1309  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01189  hypothetical protein  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2422  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0426078 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
194 aa  396  1e-109  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11289  normal  0.097849 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1368  peptidyl-tRNA hydrolase  99.48 
 
 
194 aa  394  1e-109  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00538559  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1922  peptidyl-tRNA hydrolase  92.27 
 
 
194 aa  350  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1916  peptidyl-tRNA hydrolase  92.27 
 
 
194 aa  350  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.295058  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1354  peptidyl-tRNA hydrolase  92.27 
 
 
194 aa  350  8e-96  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00856454  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2344  peptidyl-tRNA hydrolase  91.75 
 
 
194 aa  350  1e-95  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1538  peptidyl-tRNA hydrolase  91.75 
 
 
194 aa  348  2e-95  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.415259  normal  0.044149 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1980  peptidyl-tRNA hydrolase  91.24 
 
 
194 aa  345  2e-94  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0660178  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1984  peptidyl-tRNA hydrolase  81.35 
 
 
196 aa  311  2.9999999999999996e-84  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0267905 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2064  peptidyl-tRNA hydrolase  82.81 
 
 
195 aa  300  8.000000000000001e-81  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.460375  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2120  peptidyl-tRNA hydrolase  82.72 
 
 
195 aa  298  4e-80  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0277037  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2413  peptidyl-tRNA hydrolase  82.29 
 
 
195 aa  296  2e-79  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.943472  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1850  peptidyl-tRNA hydrolase  81.25 
 
 
195 aa  295  2e-79  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.239028  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A2467  peptidyl-tRNA hydrolase  78.24 
 
 
206 aa  288  4e-77  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  0.988822  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2186  peptidyl-tRNA hydrolase  78.24 
 
 
206 aa  287  6e-77  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2074  peptidyl-tRNA hydrolase  78.24 
 
 
196 aa  287  7e-77  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0225311  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0909  aminoacyl-tRNA hydrolase  72.16 
 
 
197 aa  274  7e-73  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.238467 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0716  peptidyl-tRNA hydrolase  71.5 
 
 
195 aa  265  2.9999999999999995e-70  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0115669  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3300  peptidyl-tRNA hydrolase  71.88 
 
 
195 aa  264  7e-70  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000155581  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1109  peptidyl-tRNA hydrolase  71.88 
 
 
195 aa  264  7e-70  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00116388  hitchhiker  0.000000000970821 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  71.88 
 
 
195 aa  264  7e-70  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00539535  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1007  peptidyl-tRNA hydrolase  70.83 
 
 
195 aa  264  7e-70  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149931  normal  0.240982 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1072  peptidyl-tRNA hydrolase  70.83 
 
 
195 aa  264  7e-70  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0876072  normal  0.0565044 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3436  peptidyl-tRNA hydrolase  71.88 
 
 
195 aa  264  7e-70  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0164133  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2853  peptidyl-tRNA hydrolase  70.31 
 
 
195 aa  263  8.999999999999999e-70  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000370002  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1184  peptidyl-tRNA hydrolase  70.31 
 
 
195 aa  263  1e-69  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1011  peptidyl-tRNA hydrolase  70.83 
 
 
195 aa  263  1e-69  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00579564  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0785  peptidyl-tRNA hydrolase  69.27 
 
 
196 aa  261  6e-69  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  hitchhiker  0.000418835  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0818  peptidyl-tRNA hydrolase  70.47 
 
 
195 aa  260  8e-69  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000832673  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2572  peptidyl-tRNA hydrolase  69.79 
 
 
195 aa  260  8e-69  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102375  normal  0.060871 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2570  peptidyl-tRNA hydrolase  62.18 
 
 
194 aa  258  5.0000000000000005e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004208  peptidyl-tRNA hydrolase  68.75 
 
 
196 aa  257  6e-68  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.0000000331987  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3468  peptidyl-tRNA hydrolase  69.47 
 
 
194 aa  254  5e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000174641  normal  0.19866 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1761  peptidyl-tRNA hydrolase  67.19 
 
 
196 aa  254  6e-67  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.00000000000000319671  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01245  peptidyl-tRNA hydrolase  68.23 
 
 
196 aa  253  9e-67  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2920  peptidyl-tRNA hydrolase  68.06 
 
 
195 aa  252  2.0000000000000002e-66  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000374558  normal  0.0910923 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3693  peptidyl-tRNA hydrolase  69.11 
 
 
194 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  hitchhiker  0.000643435  normal  0.128415 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3134  peptidyl-tRNA hydrolase  68.59 
 
 
208 aa  251  4.0000000000000004e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000686708  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02582  peptidyl-tRNA hydrolase  61.58 
 
 
193 aa  251  6e-66  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00538326  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0294  peptidyl-tRNA hydrolase  56.32 
 
 
193 aa  236  2e-61  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008309  HS_0504  peptidyl-tRNA hydrolase  62.83 
 
 
194 aa  234  5.0000000000000005e-61  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3559  peptidyl-tRNA hydrolase  60.82 
 
 
194 aa  225  3e-58  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0942  peptidyl-tRNA hydrolase  61.78 
 
 
194 aa  210  9e-54  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.693869 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1102  peptidyl-tRNA hydrolase  61.78 
 
 
194 aa  210  1e-53  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  52.91 
 
 
192 aa  209  2e-53  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1522  peptidyl-tRNA hydrolase  57.59 
 
 
194 aa  207  6e-53  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0197498  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  54.64 
 
 
194 aa  207  8e-53  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1053  peptidyl-tRNA hydrolase  58.64 
 
 
196 aa  205  3e-52  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.114072 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0720  peptidyl-tRNA hydrolase  58.85 
 
 
194 aa  204  7e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0754  peptidyl-tRNA hydrolase  58.85 
 
 
194 aa  204  7e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0764  peptidyl-tRNA hydrolase  58.33 
 
 
194 aa  203  1e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  53.48 
 
 
204 aa  203  1e-51  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4463  peptidyl-tRNA hydrolase  58.33 
 
 
194 aa  203  2e-51  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5322  peptidyl-tRNA hydrolase  58.64 
 
 
194 aa  202  2e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.380222  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4755  peptidyl-tRNA hydrolase  59.38 
 
 
194 aa  202  3e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215279  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_61790  peptidyl-tRNA hydrolase  58.12 
 
 
194 aa  202  3e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0172217  normal  0.0107656 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  53.16 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  53.16 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0591  peptidyl-tRNA hydrolase  53.68 
 
 
191 aa  199  1.9999999999999998e-50  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  53.16 
 
 
192 aa  198  3.9999999999999996e-50  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0170  peptidyl-tRNA hydrolase  52.6 
 
 
193 aa  197  5e-50  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00869457 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  53.48 
 
 
232 aa  198  5e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3606  peptidyl-tRNA hydrolase  55.79 
 
 
194 aa  197  7.999999999999999e-50  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00295121  normal  0.0514505 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 
230 aa  197  1.0000000000000001e-49  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0183  peptidyl-tRNA hydrolase  52.6 
 
 
193 aa  195  3e-49  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0154785  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3122  peptidyl-tRNA hydrolase  54.82 
 
 
201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.984207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0090  peptidyl-tRNA hydrolase  54.82 
 
 
201 aa  195  4.0000000000000005e-49  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.971877  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41540  peptidyl-tRNA hydrolase  56.02 
 
 
194 aa  194  8.000000000000001e-49  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 
225 aa  194  9e-49  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  51.34 
 
 
207 aa  193  1e-48  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  52.13 
 
 
213 aa  192  3e-48  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  52.41 
 
 
213 aa  191  4e-48  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  51.87 
 
 
213 aa  190  1e-47  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  49.2 
 
 
216 aa  187  1e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
192 aa  186  1e-46  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000106612  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  50.8 
 
 
210 aa  186  2e-46  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2205  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
192 aa  184  5e-46  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00180767  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  56.08 
 
 
197 aa  183  1.0000000000000001e-45  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00577247 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
194 aa  183  1.0000000000000001e-45  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  51.34 
 
 
187 aa  182  2.0000000000000003e-45  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0516  peptidyl-tRNA hydrolase  48.15 
 
 
193 aa  182  4.0000000000000006e-45  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2722  peptidyl-tRNA hydrolase  55.33 
 
 
199 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.016718  normal  0.312318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2864  peptidyl-tRNA hydrolase  55.33 
 
 
199 aa  181  4.0000000000000006e-45  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00616861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0511  peptidyl-tRNA hydrolase  54.82 
 
 
199 aa  180  1e-44  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2190  peptidyl-tRNA hydrolase  53.81 
 
 
199 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0999239  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2804  peptidyl-tRNA hydrolase  53.81 
 
 
199 aa  179  2e-44  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2815  peptidyl-tRNA hydrolase  53.81 
 
 
199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490887  normal  0.867617 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6134  peptidyl-tRNA hydrolase  53.81 
 
 
199 aa  179  2.9999999999999997e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.014975  normal 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_2107  peptidyl-tRNA hydrolase  53.16 
 
 
207 aa  178  4.999999999999999e-44  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.0023185  normal 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  55.33 
 
 
201 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0751  peptidyl-tRNA hydrolase  55.33 
 
 
201 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0567  peptidyl-tRNA hydrolase  55.33 
 
 
201 aa  176  2e-43  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00595812  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1500  peptidyl-tRNA hydrolase  55.33 
 
 
201 aa  176  2e-43  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.494558  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>