More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pnuc_1922 on replicon NC_009379
Organism: Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009379  Pnuc_1922  peptidyl-tRNA hydrolase  100 
 
 
196 aa  403  1.0000000000000001e-112  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_1627  peptidyl-tRNA hydrolase  91.28 
 
 
196 aa  350  1e-95  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.660591  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA3122  peptidyl-tRNA hydrolase  59.9 
 
 
201 aa  241  5e-63  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.984207  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0090  peptidyl-tRNA hydrolase  59.9 
 
 
201 aa  241  5e-63  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.971877  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0313  peptidyl-tRNA hydrolase  60.91 
 
 
200 aa  223  1e-57  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.163585  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  60.91 
 
 
200 aa  223  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.258134  normal  0.0303401 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4135  peptidyl-tRNA hydrolase  60.1 
 
 
200 aa  221  4e-57  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0751  peptidyl-tRNA hydrolase  60.41 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.497669  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0583  peptidyl-tRNA hydrolase  60.41 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1500  peptidyl-tRNA hydrolase  60.41 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.494558  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2928  peptidyl-tRNA hydrolase  60.41 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.132435  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0567  peptidyl-tRNA hydrolase  60.41 
 
 
201 aa  221  4.9999999999999996e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  hitchhiker  0.00595812  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0472  peptidyl-tRNA hydrolase  59.9 
 
 
201 aa  220  8e-57  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A6134  peptidyl-tRNA hydrolase  59.9 
 
 
199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.014975  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2190  peptidyl-tRNA hydrolase  59.39 
 
 
199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.0999239  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2815  peptidyl-tRNA hydrolase  59.9 
 
 
199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.490887  normal  0.867617 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2804  peptidyl-tRNA hydrolase  59.39 
 
 
199 aa  219  1.9999999999999999e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.236272  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2722  peptidyl-tRNA hydrolase  59.6 
 
 
199 aa  218  3e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.016718  normal  0.312318 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2864  peptidyl-tRNA hydrolase  59.6 
 
 
199 aa  218  3e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00616861  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0511  peptidyl-tRNA hydrolase  59.39 
 
 
199 aa  217  7.999999999999999e-56  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3500  peptidyl-tRNA hydrolase  53.61 
 
 
213 aa  213  9.999999999999999e-55  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000021188 
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A0591  peptidyl-tRNA hydrolase  52.33 
 
 
191 aa  206  2e-52  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_0248  peptidyl-tRNA hydrolase  55.56 
 
 
200 aa  203  1e-51  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0394  peptidyl-tRNA hydrolase  51.79 
 
 
192 aa  203  2e-51  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.000248474  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_0275  peptidyl-tRNA hydrolase  55.05 
 
 
200 aa  202  3e-51  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.613029  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0897  peptidyl-tRNA hydrolase  48.45 
 
 
230 aa  201  7e-51  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.185924  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5435  peptidyl-tRNA hydrolase  48.97 
 
 
207 aa  200  9.999999999999999e-51  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_3612  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 
213 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal  0.821004 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3227  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
232 aa  199  1.9999999999999998e-50  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.783936 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0893  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.741302  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1662  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
225 aa  199  1.9999999999999998e-50  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.107221  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0822  peptidyl-tRNA hydrolase  50 
 
 
211 aa  199  1.9999999999999998e-50  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.750534  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1291  peptidyl-tRNA hydrolase  46.91 
 
 
204 aa  196  2.0000000000000003e-49  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  normal  0.800618 
 
 
-
 
NC_003295  RSc0393  peptidyl-tRNA hydrolase  54.04 
 
 
217 aa  195  3e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.602694  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0340  peptidyl-tRNA hydrolase  54.77 
 
 
199 aa  195  3e-49  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4347  peptidyl-tRNA hydrolase  48.21 
 
 
210 aa  192  3e-48  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0516  peptidyl-tRNA hydrolase  48.21 
 
 
193 aa  191  4e-48  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_0287  peptidyl-tRNA hydrolase  53.06 
 
 
198 aa  189  2e-47  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.854961  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0676  peptidyl-tRNA hydrolase  49.22 
 
 
213 aa  186  2e-46  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3629  peptidyl-tRNA hydrolase  53.4 
 
 
226 aa  186  2e-46  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0949  peptidyl-tRNA hydrolase  45.36 
 
 
216 aa  185  3e-46  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.803923  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0389  peptidyl-tRNA hydrolase  54.87 
 
 
202 aa  185  4e-46  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.0179253 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1170  peptidyl-tRNA hydrolase  46.88 
 
 
194 aa  179  2e-44  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1058  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
187 aa  177  7e-44  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  decreased coverage  0.0054523  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0728  peptidyl-tRNA hydrolase  46.88 
 
 
192 aa  174  8e-43  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.116266 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0529  Aminoacyl-tRNA hydrolase  51.03 
 
 
193 aa  169  3e-41  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0071  peptidyl-tRNA hydrolase  50.26 
 
 
187 aa  168  4e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1522  peptidyl-tRNA hydrolase  49.48 
 
 
194 aa  167  1e-40  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0197498  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04540  peptidyl-tRNA hydrolase  45.6 
 
 
194 aa  167  1e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1984  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
196 aa  166  2e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal  0.0267905 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0170  peptidyl-tRNA hydrolase  44.74 
 
 
193 aa  166  2e-40  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00869457 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2042  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
187 aa  166  2e-40  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3732  peptidyl-tRNA hydrolase  51.55 
 
 
192 aa  165  4e-40  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal  0.292366 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0347  peptidyl-tRNA hydrolase  49.21 
 
 
203 aa  164  9e-40  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.244581 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1354  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
194 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00856454  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1922  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
194 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1980  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
194 aa  163  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0660178  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0183  peptidyl-tRNA hydrolase  44.74 
 
 
193 aa  164  1.0000000000000001e-39  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.0154785  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1916  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
194 aa  164  1.0000000000000001e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.295058  normal 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02582  peptidyl-tRNA hydrolase  44.04 
 
 
193 aa  162  2.0000000000000002e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  hitchhiker  0.00538326  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2570  peptidyl-tRNA hydrolase  44.04 
 
 
194 aa  163  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1538  peptidyl-tRNA hydrolase  48.19 
 
 
194 aa  162  3e-39  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.415259  normal  0.044149 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_3606  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  162  4.0000000000000004e-39  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  hitchhiker  0.00295121  normal  0.0514505 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0720  peptidyl-tRNA hydrolase  52.06 
 
 
194 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0754  peptidyl-tRNA hydrolase  52.06 
 
 
194 aa  161  5.0000000000000005e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3436  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  161  6e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0164133  hitchhiker  0.000578467 
 
 
-
 
NC_004347  SO_1184  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
195 aa  161  6e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1109  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  161  6e-39  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00116388  hitchhiker  0.000000000970821 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3300  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  161  6e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.0000000155581  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3258  peptidyl-tRNA hydrolase  49.74 
 
 
195 aa  161  6e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.00539535  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0764  peptidyl-tRNA hydrolase  51.55 
 
 
194 aa  160  1e-38  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.58536  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4463  peptidyl-tRNA hydrolase  51.03 
 
 
194 aa  159  2e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1007  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
195 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.0000149931  normal  0.240982 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1072  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
195 aa  159  2e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0876072  normal  0.0565044 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1011  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
195 aa  159  2e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.00579564  normal  0.052266 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3468  peptidyl-tRNA hydrolase  46.63 
 
 
194 aa  158  4e-38  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.0000000174641  normal  0.19866 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2853  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
195 aa  158  4e-38  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000370002  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2920  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
195 aa  158  5e-38  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00000374558  normal  0.0910923 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01179  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2443  Aminoacyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0491513  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1685  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.0000354095  normal  0.435145 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1938  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.11289  normal  0.097849 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1804  peptidyl-tRNA hydrolase  48.97 
 
 
189 aa  158  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_01189  hypothetical protein  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1351  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0179847  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1309  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00563247  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2146  peptidyl-tRNA hydrolase  48.97 
 
 
189 aa  158  6e-38  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2422  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
194 aa  158  6e-38  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0426078 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_41540  peptidyl-tRNA hydrolase  49.23 
 
 
194 aa  157  8e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0818  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
195 aa  157  9e-38  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  hitchhiker  0.0000832673  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0716  peptidyl-tRNA hydrolase  48.7 
 
 
195 aa  157  9e-38  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0115669  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_2205  peptidyl-tRNA hydrolase  44.79 
 
 
192 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  hitchhiker  0.00180767  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4755  peptidyl-tRNA hydrolase  49.48 
 
 
194 aa  156  1e-37  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.215279  normal  0.389314 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_2116  peptidyl-tRNA hydrolase  44.79 
 
 
192 aa  157  1e-37  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.000106612  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3134  peptidyl-tRNA hydrolase  45.6 
 
 
208 aa  157  1e-37  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.000686708  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2344  peptidyl-tRNA hydrolase  46.11 
 
 
194 aa  156  2e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_0504  peptidyl-tRNA hydrolase  45.08 
 
 
194 aa  156  2e-37  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2572  peptidyl-tRNA hydrolase  47.15 
 
 
195 aa  155  3e-37  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  hitchhiker  0.00102375  normal  0.060871 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0987  peptidyl-tRNA hydrolase  46.35 
 
 
194 aa  155  4e-37  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2074  peptidyl-tRNA hydrolase  47.67 
 
 
196 aa  155  5.0000000000000005e-37  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.0225311  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>