More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_3742 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010506  Swoo_3742  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  100 
 
 
430 aa  886    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2592  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.95 
 
 
441 aa  273  5.000000000000001e-72  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.592579 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_1994  two component signal transduction response regulator  38.26 
 
 
477 aa  268  1e-70  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0526  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  41 
 
 
454 aa  267  2.9999999999999995e-70  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1911  two component sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  41.24 
 
 
446 aa  260  4e-68  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3503  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  38.01 
 
 
441 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.769801  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_39360  putative sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.86 
 
 
442 aa  258  1e-67  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.718088 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2426  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.82 
 
 
441 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.154425  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2273  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.01 
 
 
441 aa  258  1e-67  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3777  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37 
 
 
473 aa  258  2e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0128705 
 
 
-
 
NC_006348  BMA0383  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.29436  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_2896  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.662381  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_2947  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.18168  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2172  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.12 
 
 
463 aa  257  2e-67  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2970  sigma-54 factor, interaction region  42.9 
 
 
445 aa  258  2e-67  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2524  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0898  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0250  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_2834  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40.52 
 
 
461 aa  257  2e-67  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0628  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  41.1 
 
 
446 aa  255  1.0000000000000001e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4207  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.85 
 
 
477 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2219  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.35 
 
 
462 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0916  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.77 
 
 
480 aa  254  2.0000000000000002e-66  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1361  Fis family transcriptional regulator  45.21 
 
 
429 aa  254  2.0000000000000002e-66  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0527  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.75 
 
 
454 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3505  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.95 
 
 
454 aa  254  3e-66  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4198  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.31 
 
 
465 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3095  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  41.77 
 
 
575 aa  253  4.0000000000000004e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.458911 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4730  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.62 
 
 
457 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.483899 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I1679  sigma-54 dependent DNA-binding transcriptional regulator  40.26 
 
 
461 aa  253  4.0000000000000004e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2805  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.1 
 
 
478 aa  253  5.000000000000001e-66  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.228775  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3404  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.5 
 
 
455 aa  253  5.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.235439  normal  0.675632 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2280  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.06 
 
 
453 aa  253  5.000000000000001e-66  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  normal  0.620123 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1084  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.01 
 
 
465 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_0605  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.01 
 
 
465 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.180483  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1043  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  38.01 
 
 
465 aa  253  6e-66  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.332951  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0498  Fis family transcriptional regulator  39.27 
 
 
503 aa  253  7e-66  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3441  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.43 
 
 
451 aa  253  7e-66  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.260791  normal  0.434285 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1430  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  37.92 
 
 
461 aa  253  7e-66  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.324678  hitchhiker  0.00137179 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0960  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
465 aa  252  9.000000000000001e-66  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02147  fused response regulator of ato operon, in two-component system with AtoS: response regulator/sigma54 interaction protein  37.92 
 
 
461 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1438  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.92 
 
 
461 aa  251  1e-65  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.445705  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2361  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  37.92 
 
 
461 aa  251  1e-65  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.18992  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0662  helix-turn-helix, Fis-type  37.92 
 
 
451 aa  251  1e-65  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0964  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  40 
 
 
465 aa  251  1e-65  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1645  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.88 
 
 
456 aa  251  1e-65  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1533  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.48 
 
 
449 aa  252  1e-65  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  0.104993  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02106  hypothetical protein  37.92 
 
 
461 aa  251  1e-65  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1992  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.26 
 
 
455 aa  251  2e-65  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.139659  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0783  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.86 
 
 
495 aa  251  2e-65  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.301138  normal  0.0118042 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2369  acetoacetate metabolism regulatory protein AtoC  38.18 
 
 
461 aa  251  2e-65  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  0.0790211  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2505  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.64 
 
 
462 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.988486  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_5030  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.93 
 
 
449 aa  250  3e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA0037  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.64 
 
 
462 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0812  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.64 
 
 
462 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.141379  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0636  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.64 
 
 
462 aa  250  3e-65  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1021  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.38 
 
 
464 aa  250  3e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.100583  normal 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2883  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.64 
 
 
462 aa  250  3e-65  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.71369  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1129  sigma-54 dependent DNA-binding response regulator  35.12 
 
 
453 aa  250  4e-65  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2349  response regulator receiver protein  38.4 
 
 
453 aa  250  4e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1405  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  35.87 
 
 
478 aa  250  4e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.0000117702 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0650  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.64 
 
 
462 aa  250  4e-65  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.614366  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A2202  sigma-54 dependent transcriptional regulator  37.88 
 
 
443 aa  249  6e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.0673896  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0526  sigma-54 dependent transcriptional regulator  36.18 
 
 
462 aa  249  7e-65  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888522  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2498  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.24 
 
 
445 aa  249  8e-65  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2618  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  39.01 
 
 
453 aa  249  8e-65  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.153552  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2769  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  37.17 
 
 
441 aa  249  8e-65  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.3551  normal 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0427  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  38.33 
 
 
458 aa  249  8e-65  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3049  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.82 
 
 
447 aa  249  9e-65  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2942  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  37.89 
 
 
451 aa  248  1e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2258  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  36.69 
 
 
468 aa  248  1e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.428008  normal  0.0222917 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_49020  sigma54-dependent transcriptional activator for the iron only nitrogenase, AnfA  44.26 
 
 
537 aa  249  1e-64  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_1228  Fis family transcriptional regulator  39.07 
 
 
549 aa  248  1e-64  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3104  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  40.88 
 
 
448 aa  248  1e-64  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2330  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.14 
 
 
466 aa  248  1e-64  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2047  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  39.89 
 
 
458 aa  248  1e-64  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3661  sigma-54 factor, interaction region  41.23 
 
 
434 aa  248  1e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1003  nitrogen regulation protein NR(I)  35.75 
 
 
481 aa  248  2e-64  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.158383  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_3191  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  43.96 
 
 
553 aa  247  2e-64  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1920  transcriptional regulator, NifA subfamily, Fis Family  40.88 
 
 
543 aa  247  2e-64  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  0.0127788  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6059  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  44.12 
 
 
458 aa  248  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0839917 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2963  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  36.92 
 
 
522 aa  247  3e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0352623  normal  0.718149 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1017  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  40.87 
 
 
482 aa  247  3e-64  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_0823  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  38.64 
 
 
456 aa  247  3e-64  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.449732 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2361  two component sigma-54 specific, transcriptional regulator, Fis famliy  42.73 
 
 
449 aa  246  4e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_0732  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  39.44 
 
 
455 aa  246  4e-64  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0424  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family protein  39.02 
 
 
451 aa  246  4e-64  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal  0.0197322 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5813  Fis family sigma54 specific transcriptional regulator  40.88 
 
 
500 aa  246  4.9999999999999997e-64  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_2310  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.18 
 
 
469 aa  246  6e-64  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.294968  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4238  transcriptional regulatory protein ZraR  40.11 
 
 
441 aa  246  6.999999999999999e-64  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.020936  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2563  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  35.7 
 
 
480 aa  245  9e-64  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00247378 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_0970  two component, sigma54 specific, transcriptional regulator, Fis family  36.71 
 
 
459 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.000694494  normal  0.524712 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6322  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  45.76 
 
 
458 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.385665 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0877  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.17 
 
 
473 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.454149 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3625  two component, sigma-54 specific, Fis family transcriptional regulator  37.76 
 
 
449 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1833  sigma54 specific transcriptional regulator, Fis family  45.67 
 
 
433 aa  245  9.999999999999999e-64  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_3062  two-component response regulator CbrB  41 
 
 
463 aa  245  9.999999999999999e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2057  two component, sigma54 specific, Fis family transcriptional regulator  42.38 
 
 
448 aa  245  9.999999999999999e-64  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3540  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.41 
 
 
465 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.4661  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5456  sigma-54 dependent trancsriptional regulator  36.41 
 
 
473 aa  244  9.999999999999999e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.373718  normal  0.24303 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>