More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Strop_3150 on replicon NC_009380
Organism: Salinispora tropica CNB-440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009953  Sare_0178  extracellular ligand-binding receptor  87.47 
 
 
383 aa  678    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00242186 
 
 
-
 
NC_009380  Strop_3150  extracellular ligand-binding receptor  100 
 
 
382 aa  767    Salinispora tropica CNB-440  Bacteria  normal  normal  0.368888 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_3377  extracellular ligand-binding receptor  89.97 
 
 
380 aa  686    Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  normal  0.0317113 
 
 
-
 
NC_009664  Krad_2957  Extracellular ligand-binding receptor  49.71 
 
 
391 aa  323  4e-87  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  normal  0.343664 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_3774  Extracellular ligand-binding receptor  44.5 
 
 
381 aa  315  9.999999999999999e-85  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  0.247062  normal  0.0123225 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_20600  amino acid-binding protein  42.98 
 
 
413 aa  270  2e-71  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  normal  0.739929 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_3060  Extracellular ligand-binding receptor  40.96 
 
 
425 aa  264  2e-69  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  hitchhiker  0.00405282  hitchhiker  0.00103333 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_3574  extracellular ligand-binding receptor  39.58 
 
 
403 aa  261  2e-68  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.428892  normal  0.0120005 
 
 
-
 
NC_008726  Mvan_2841  extracellular ligand-binding receptor  39.58 
 
 
403 aa  260  3e-68  Mycobacterium vanbaalenii PYR-1  Bacteria  normal  0.13228  normal 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_3066  extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 
403 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  normal  0.755308 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_3035  extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 
403 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.359772  normal  0.164106 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_3020  extracellular ligand-binding receptor  37.16 
 
 
403 aa  249  6e-65  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_2859  Extracellular ligand-binding receptor  39.59 
 
 
380 aa  234  2.0000000000000002e-60  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  0.191945  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_2956  extracellular ligand-binding receptor  38.01 
 
 
400 aa  229  5e-59  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_1469  extracellular ligand-binding receptor  37.31 
 
 
396 aa  224  2e-57  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_5539  Extracellular ligand-binding receptor  37.22 
 
 
392 aa  207  2e-52  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_2877  Extracellular ligand-binding receptor  34.2 
 
 
419 aa  186  7e-46  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.893135  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_5686  Extracellular ligand-binding receptor  37.1 
 
 
412 aa  185  1.0000000000000001e-45  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_1620  extracellular ligand-binding receptor  37.03 
 
 
401 aa  180  2.9999999999999997e-44  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  0.368561  normal  0.738285 
 
 
-
 
NC_013131  Caci_2648  Extracellular ligand-binding receptor  37.04 
 
 
406 aa  175  9.999999999999999e-43  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  normal  0.401999 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_2037  extracellular ligand-binding receptor  34.32 
 
 
403 aa  167  4e-40  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.80961 
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1636  extracellular ligand-binding receptor  32.95 
 
 
384 aa  157  2e-37  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  0.0385235  normal  0.485465 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1892  extracellular ligand-binding receptor  33.73 
 
 
422 aa  154  2.9999999999999998e-36  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.130266  normal  0.0268601 
 
 
-
 
NC_009921  Franean1_6474  extracellular ligand-binding receptor  30.99 
 
 
390 aa  152  8.999999999999999e-36  Frankia sp. EAN1pec  Bacteria  normal  normal  0.0864936 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2709  Extracellular ligand-binding receptor  33.23 
 
 
401 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2319  Extracellular ligand-binding receptor  32.82 
 
 
401 aa  152  1e-35  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.405352  hitchhiker  0.00559033 
 
 
-
 
NC_007777  Francci3_0341  extracellular ligand-binding receptor  33.62 
 
 
389 aa  151  2e-35  Frankia sp. CcI3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3989  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
388 aa  149  6e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.143637 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1730  extracellular ligand-binding receptor  32.12 
 
 
393 aa  149  8e-35  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.145058  n/a   
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1082  extracellular ligand-binding receptor  31.55 
 
 
393 aa  149  8e-35  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2729  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
400 aa  147  2.0000000000000003e-34  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_1205  extracellular ligand-binding receptor  32.21 
 
 
384 aa  148  2.0000000000000003e-34  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  decreased coverage  0.00000303202  normal  0.322412 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3506  extracellular ligand-binding receptor  30.06 
 
 
388 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_0393  Extracellular ligand-binding receptor  32.23 
 
 
381 aa  147  2.0000000000000003e-34  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2975  extracellular ligand-binding receptor  32.53 
 
 
419 aa  147  3e-34  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.225754  normal 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2649  Extracellular ligand-binding receptor  31.42 
 
 
386 aa  147  3e-34  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  unclonable  0.00000000293817  normal  0.0179491 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4758  extracellular ligand-binding receptor  33.02 
 
 
382 aa  147  3e-34  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.467075  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A4327  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  31.68 
 
 
402 aa  147  4.0000000000000006e-34  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0112  extracellular ligand-binding receptor  31.68 
 
 
381 aa  145  9e-34  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0192  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
380 aa  145  9e-34  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3158  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.77 
 
 
380 aa  145  1e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_6407  Extracellular ligand-binding receptor  30.53 
 
 
380 aa  145  1e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1639  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.77 
 
 
380 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.516456  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3407  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.77 
 
 
380 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.251793  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2962  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.77 
 
 
380 aa  144  2e-33  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.49524  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2867  extracellular ligand-binding receptor  31.89 
 
 
401 aa  144  2e-33  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.867317  normal  0.705839 
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3912  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.77 
 
 
380 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0205  extracellular ligand-binding receptor  33.05 
 
 
380 aa  144  3e-33  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006348  BMA2901  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  32.77 
 
 
376 aa  144  3e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.971399  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0051  outative extracellular ligand binding protein  32.77 
 
 
380 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3831  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  32.77 
 
 
380 aa  144  3e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4231  Extracellular ligand-binding receptor  33.63 
 
 
384 aa  144  3e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3495  Extracellular ligand-binding receptor  30.39 
 
 
381 aa  144  3e-33  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_0588  extracellular ligand-binding receptor  32.34 
 
 
399 aa  143  4e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.833048  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2441  putative amino acid-binding periplasmic ABC transporter protein  32.2 
 
 
336 aa  143  4e-33  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.217727  normal 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6628  extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
384 aa  143  4e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.733405 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1863  Extracellular ligand-binding receptor  32.43 
 
 
814 aa  143  4e-33  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  0.190846  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3381  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.49 
 
 
380 aa  143  6e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4960  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
392 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00971777 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0339  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  30.79 
 
 
428 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.824912 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_3170  Extracellular ligand-binding receptor  30.3 
 
 
381 aa  141  1.9999999999999998e-32  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1109  Extracellular ligand-binding receptor  28.92 
 
 
387 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0260  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.962079 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0186  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
380 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000207737 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3058  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5831  extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.468117  normal  0.310951 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6057  extracellular ligand-binding receptor  34.23 
 
 
384 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5309  extracellular ligand-binding receptor  30.5 
 
 
392 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.186665 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_6079  extracellular ligand-binding receptor  33.33 
 
 
384 aa  140  3e-32  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.829496  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5197  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
378 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.308157  normal  0.258081 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2829  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
391 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.617546  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4669  extracellular ligand-binding receptor  30.79 
 
 
378 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.969731 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0278  extracellular ligand-binding receptor  32.49 
 
 
391 aa  140  3e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730585  n/a   
 
 
-
 
NC_008025  Dgeo_0620  extracellular ligand-binding receptor  31.74 
 
 
398 aa  140  3.9999999999999997e-32  Deinococcus geothermalis DSM 11300  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1769  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.63 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0660  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.63 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.792803  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0805  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.63 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.351699  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1178  outative extracellular ligand binding protein  33.63 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1102  putative amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  33.63 
 
 
380 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.391264  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3654  extracellular ligand-binding receptor  30.97 
 
 
399 aa  140  4.999999999999999e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.131877  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2389  outative extracellular ligand binding protein  33.63 
 
 
372 aa  139  6e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009972  Haur_2323  extracellular ligand-binding receptor  30.69 
 
 
383 aa  139  7.999999999999999e-32  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3845  extracellular ligand-binding receptor  31.07 
 
 
374 aa  138  1e-31  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.390057  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0115  extracellular ligand-binding receptor  30.03 
 
 
379 aa  138  1e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3860  extracellular ligand-binding receptor  30.12 
 
 
381 aa  138  1e-31  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.470803  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6110  extracellular ligand-binding receptor  32.51 
 
 
369 aa  137  2e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3414  extracellular ligand-binding receptor  30.21 
 
 
378 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0938732  normal  0.686919 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2945  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  32.65 
 
 
377 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.994918 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1598  amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein, putative  33.33 
 
 
378 aa  137  4e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5105  extracellular ligand-binding receptor  32.35 
 
 
381 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.140418  decreased coverage  0.00222912 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5783  extracellular ligand-binding receptor  32.84 
 
 
384 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6148  extracellular ligand-binding receptor  32.84 
 
 
384 aa  136  5e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal  0.392362 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0727  extracellular ligand-binding receptor  31.67 
 
 
370 aa  136  7.000000000000001e-31  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C7692  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  33.43 
 
 
384 aa  135  9e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal  0.854568 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_4108  high-affinity branched-chain amino acid ABC transporter, periplasmic amino acid-binding protein  31.56 
 
 
374 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.0910585  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0113  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3145  Extracellular ligand-binding receptor  29.46 
 
 
399 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00633656  normal 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3295  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  29.48 
 
 
379 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0114756  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1950  branched chain amino acid ABC transporter periplasmic ligand-binding protein  28.99 
 
 
388 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.446451  normal  0.512532 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4492  extracellular ligand-binding receptor  29.48 
 
 
388 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.531817 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>