More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1996 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1996  HTH-type transcriptional regulator XapR  100 
 
 		 309 aa  640    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.376345  hitchhiker  0.00000153668 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3228  LysR family transcriptional regulator  49.49 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3076  LysR family transcriptional regulator  48.81 
 
 		 305 aa  279  4e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1291  transcriptional regulator, LysR family  49.15 
 
 		 305 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3085  LysR family transcriptional regulator  48.47 
 
 		 305 aa  278  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1719  LysR family transcriptional regulator  45.42 
 
 		 325 aa  276  2e-73  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.553027  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001955  putative LysR-family regulatory protein  45.07 
 
 		 301 aa  257  2e-67  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2913  DNA-binding transcriptional activator XapR  36.08 
 
 		 297 aa  197  3e-49  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  36.08 
 
 		 297 aa  196  4.0000000000000005e-49  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  38.69 
 
 		 290 aa  184  2.0000000000000003e-45  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.15 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.83 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.83 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.83 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.83 
 
 		 294 aa  169  4e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.83 
 
 		 294 aa  168  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 296 aa  165  9e-40  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.51 
 
 		 294 aa  155  6e-37  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  33.79 
 
 		 294 aa  155  8e-37  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 306 aa  149  4e-35  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  33.45 
 
 		 308 aa  147  2.0000000000000003e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 305 aa  147  3e-34  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.73 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.73 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.73 
 
 		 301 aa  144  2e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  31.7 
 
 		 294 aa  144  3e-33  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  33.73 
 
 		 299 aa  144  3e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  32.38 
 
 		 308 aa  143  3e-33  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.33 
 
 		 301 aa  143  4e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  34.33 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 296 aa  142  5e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.33 
 
 		 301 aa  142  6e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 302 aa  142  8e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  32.14 
 
 		 304 aa  142  8e-33  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  30.69 
 
 		 296 aa  142  8e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.12 
 
 		 292 aa  142  9.999999999999999e-33  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  29.63 
 
 		 304 aa  141  9.999999999999999e-33  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  31.92 
 
 		 295 aa  140  3e-32  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  32.31 
 
 		 301 aa  140  3e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6318  LysR family transcriptional regulator  30.03 
 
 		 296 aa  140  3.9999999999999997e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.149291  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  30.13 
 
 		 302 aa  139  4.999999999999999e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  33.83 
 
 		 298 aa  139  4.999999999999999e-32  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  29.63 
 
 		 293 aa  139  7e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  33.46 
 
 		 298 aa  139  7e-32  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  32.01 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  32.01 
 
 		 304 aa  138  1e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  30.94 
 
 		 302 aa  137  2e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3007  LysR family transcriptional regulator  31.36 
 
 		 308 aa  137  2e-31  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1672  LysR family transcriptional regulator  28.72 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.57433  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  31.46 
 
 		 301 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  33.59 
 
 		 298 aa  136  4e-31  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  31.36 
 
 		 298 aa  136  5e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  28.9 
 
 		 302 aa  135  6.0000000000000005e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  32.58 
 
 		 297 aa  135  9e-31  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 293 aa  135  9.999999999999999e-31  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  32.2 
 
 		 297 aa  134  1.9999999999999998e-30  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  31.82 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1589  LysR substrate binding domain protein  34.09 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  0.103905 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1657  LysR substrate binding domain-containing protein  34.09 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1852  LysR substrate binding domain-containing protein  34.09 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.11 
 
 		 296 aa  133  3e-30  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1598  LysR substrate binding domain protein  34.09 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1685  LysR substrate binding domain protein  34.09 
 
 		 299 aa  134  3e-30  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.533068  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  133  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  32.95 
 
 		 298 aa  133  3.9999999999999996e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 300 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  33.98 
 
 		 302 aa  133  3.9999999999999996e-30  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  30.13 
 
 		 308 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  31.82 
 
 		 297 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1434  transcriptional regulator, LysR family  30.31 
 
 		 308 aa  132  5e-30  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 296 aa  132  7.999999999999999e-30  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 297 aa  132  7.999999999999999e-30  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA3167  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  30.83 
 
 		 322 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_0550  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2879  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  30.83 
 
 		 307 aa  132  1.0000000000000001e-29  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  28.29 
 
 		 299 aa  130  2.0000000000000002e-29  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  29.08 
 
 		 306 aa  131  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 296 aa  130  3e-29  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  29.51 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  27.8 
 
 		 297 aa  129  6e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44500  Transcriptinal regulator, LysR family  28.72 
 
 		 301 aa  128  1.0000000000000001e-28  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.581761  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  28.77 
 
 		 289 aa  128  1.0000000000000001e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  31.88 
 
 		 306 aa  128  1.0000000000000001e-28  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5121  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 299 aa  128  2.0000000000000002e-28  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  31.92 
 
 		 296 aa  127  2.0000000000000002e-28  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 303 aa  128  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  27.56 
 
 		 319 aa  127  2.0000000000000002e-28  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>