More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_2913 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010465  YPK_2913  DNA-binding transcriptional activator XapR  100 
 
 		 297 aa  613  9.999999999999999e-175  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  97.98 
 
 		 297 aa  600  1e-170  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.72 
 
 		 294 aa  214  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.37 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.37 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.37 
 
 		 294 aa  212  5.999999999999999e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  39.02 
 
 		 294 aa  210  2e-53  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.91 
 
 		 290 aa  208  1e-52  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  38.33 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  37.15 
 
 		 294 aa  204  2e-51  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  38.21 
 
 		 294 aa  197  1.0000000000000001e-49  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1996  HTH-type transcriptional regulator XapR  36.08 
 
 		 309 aa  197  3e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.376345  hitchhiker  0.00000153668 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  35.66 
 
 		 296 aa  186  3e-46  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1719  LysR family transcriptional regulator  32.65 
 
 		 325 aa  183  3e-45  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.553027  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3076  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  181  1e-44  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3228  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 305 aa  180  2e-44  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3085  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 305 aa  180  2.9999999999999997e-44  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  33.22 
 
 		 296 aa  179  4e-44  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  32.52 
 
 		 296 aa  178  1e-43  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1291  transcriptional regulator, LysR family  33.33 
 
 		 305 aa  178  1e-43  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 295 aa  169  4e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001955  putative LysR-family regulatory protein  35.51 
 
 		 301 aa  168  1e-40  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  30.9 
 
 		 300 aa  160  2e-38  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  31.82 
 
 		 292 aa  154  1e-36  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  30.34 
 
 		 300 aa  154  2e-36  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2953  LysR family transcriptional regulator  32.3 
 
 		 294 aa  153  2.9999999999999998e-36  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  31.75 
 
 		 293 aa  152  8.999999999999999e-36  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  28.47 
 
 		 299 aa  152  1e-35  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 304 aa  150  2e-35  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 307 aa  148  1.0000000000000001e-34  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  30.8 
 
 		 302 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4637  LysR family transcriptional regulator  33.46 
 
 		 306 aa  146  3e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  31.79 
 
 		 296 aa  146  5e-34  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1366  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1384  LysR family transcriptional regulator  29.73 
 
 		 303 aa  145  7.0000000000000006e-34  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.510026  normal  0.961764 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  32.09 
 
 		 302 aa  145  1e-33  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  33.33 
 
 		 319 aa  145  1e-33  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  30.07 
 
 		 305 aa  144  2e-33  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_1982  LysR family transcriptional regulator  30.63 
 
 		 304 aa  143  4e-33  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_1870  LysR family substrate binding transcriptional regulator  30.63 
 
 		 304 aa  142  5e-33  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.102903  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  32.84 
 
 		 295 aa  142  8e-33  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  33.07 
 
 		 301 aa  142  8e-33  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  33.07 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  33.07 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  33.07 
 
 		 302 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 305 aa  141  9.999999999999999e-33  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  33.07 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  33.07 
 
 		 301 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  32.68 
 
 		 299 aa  141  9.999999999999999e-33  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  30.91 
 
 		 293 aa  141  1.9999999999999998e-32  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2537  LysR family transcriptional regulator  29.49 
 
 		 299 aa  140  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_4367  LysR family transcriptional regulator  28.22 
 
 		 300 aa  140  1.9999999999999998e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 326 aa  141  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 305 aa  140  1.9999999999999998e-32  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1400  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 303 aa  140  3e-32  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  31.99 
 
 		 302 aa  140  3e-32  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  33.08 
 
 		 305 aa  140  3e-32  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  30.98 
 
 		 308 aa  139  4.999999999999999e-32  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  30.66 
 
 		 295 aa  139  6e-32  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1308  LysR family transcriptional regulator  32.51 
 
 		 302 aa  139  7e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.565063 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  30.86 
 
 		 329 aa  139  7e-32  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 323 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2671  LysR family transcriptional regulator  30.17 
 
 		 299 aa  138  1e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.0656105  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 306 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  31.19 
 
 		 302 aa  138  1e-31  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 314 aa  138  1e-31  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1424  transcriptional regulator, LysR family  31.94 
 
 		 303 aa  137  2e-31  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.442699 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  32.23 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  29.97 
 
 		 289 aa  137  2e-31  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  29.32 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  32.3 
 
 		 298 aa  137  2e-31  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3117  transcriptional regulator, LysR family  30.69 
 
 		 306 aa  136  3.0000000000000003e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4123  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 302 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.454072 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  31.5 
 
 		 306 aa  137  3.0000000000000003e-31  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0985  transcriptional regulator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2709  cat operon transcriptional activator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.393204  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2565  cat operon transcriptional activator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  136  5e-31  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_3179  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 299 aa  135  6.0000000000000005e-31  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  31.15 
 
 		 317 aa  135  6.0000000000000005e-31  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1360  transcriptional regulator, LysR family  31.56 
 
 		 303 aa  135  6.0000000000000005e-31  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.325341  normal  0.0430016 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  30.1 
 
 		 306 aa  135  7.000000000000001e-31  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  28.92 
 
 		 312 aa  135  8e-31  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0201  transcriptional regulator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0232  cat operon transcriptional activator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.691367  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4425  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 302 aa  134  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.488055  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1573  cat operon transcriptional activator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3962  LysR family transcriptional regulator  31.8 
 
 		 302 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.0195836  normal  0.175267 
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1376  cat operon transcriptional activator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.345874  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_0719  LysR family regulatory protein  29.43 
 
 		 322 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.0714085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0486  transcriptional regulator CatR  29.85 
 
 		 295 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A0137  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.750096  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1451  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.870434  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_2244  LysR family transcriptional regulator  31.03 
 
 		 301 aa  134  1.9999999999999998e-30  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0532  LysR family transcriptional regulator  29.43 
 
 		 307 aa  134  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.693788  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>