More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_001955 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013456  VEA_001955  putative LysR-family regulatory protein  100 
 
 		 301 aa  624  1e-178  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1996  HTH-type transcriptional regulator XapR  45.07 
 
 		 309 aa  257  1e-67  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.376345  hitchhiker  0.00000153668 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3228  LysR family transcriptional regulator  42.81 
 
 		 305 aa  249  5e-65  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3085  LysR family transcriptional regulator  42.32 
 
 		 305 aa  248  8e-65  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1291  transcriptional regulator, LysR family  42.81 
 
 		 305 aa  248  9e-65  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3076  LysR family transcriptional regulator  41.98 
 
 		 305 aa  247  2e-64  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1719  LysR family transcriptional regulator  38.62 
 
 		 325 aa  246  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.553027  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.9 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.45 
 
 		 294 aa  171  1e-41  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.9 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.9 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.9 
 
 		 294 aa  170  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  33.9 
 
 		 294 aa  170  3e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  36.79 
 
 		 297 aa  169  5e-41  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2913  DNA-binding transcriptional activator XapR  35.51 
 
 		 297 aa  168  1e-40  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.3 
 
 		 294 aa  167  2e-40  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.39 
 
 		 290 aa  167  2.9999999999999998e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  33.57 
 
 		 294 aa  165  6.9999999999999995e-40  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  31.97 
 
 		 296 aa  152  5e-36  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  32.44 
 
 		 319 aa  147  1.0000000000000001e-34  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  29.86 
 
 		 296 aa  138  1e-31  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  31.4 
 
 		 295 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  31.4 
 
 		 296 aa  136  4e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  31.06 
 
 		 296 aa  133  3.9999999999999996e-30  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_1296  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 312 aa  127  3e-28  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.502339  n/a   
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1356  LysR family transcriptional regulator  29.75 
 
 		 329 aa  126  4.0000000000000003e-28  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.79958  normal  0.0413241 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4305  LysR family transcriptional regulator  32.22 
 
 		 294 aa  125  7e-28  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.201551 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  30 
 
 		 296 aa  124  3e-27  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008541  Arth_1930  LysR family transcriptional regulator  29.66 
 
 		 306 aa  123  4e-27  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.0563526  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  29.21 
 
 		 299 aa  121  9.999999999999999e-27  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1969  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  27.87 
 
 		 299 aa  120  1.9999999999999998e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2332  transcriptional regulator, LysR family  29.77 
 
 		 308 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.194223  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  29.01 
 
 		 302 aa  120  3e-26  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1589  transcriptional regulator, LysR family  32.93 
 
 		 307 aa  119  7e-26  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.323043  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.93 
 
 		 300 aa  119  7.999999999999999e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2212  LysR family transcriptional regulator  30.14 
 
 		 296 aa  118  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  hitchhiker  0.00538572  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_1735  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 296 aa  119  9e-26  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.185137  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  27.38 
 
 		 293 aa  118  9.999999999999999e-26  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1156  LysR family transcriptional regulator  29.76 
 
 		 306 aa  118  1.9999999999999998e-25  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1662  transcriptional regulator, LysR family  31.01 
 
 		 296 aa  117  1.9999999999999998e-25  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.204257  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  28.47 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  28.47 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008705  Mkms_1392  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 306 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. KMS  Bacteria  normal  0.0389535  normal  1 
 
 
-
 
NC_008146  Mmcs_1374  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 314 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. MCS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009077  Mjls_1408  LysR family transcriptional regulator  28.62 
 
 		 323 aa  116  3.9999999999999997e-25  Mycobacterium sp. JLS  Bacteria  normal  0.185298  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1557  ben operon transcriptional regulator BenM  32.54 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2724  ben operon transcriptional regulator BenM  32.54 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_1361  ben operon transcriptional regulator BenM  32.54 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.232512  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0216  ben operon transcriptional regulator BenM  32.54 
 
 		 306 aa  116  5e-25  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  27.46 
 
 		 304 aa  116  5e-25  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0999  transcriptional regulator CatR  32.93 
 
 		 304 aa  115  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  26.87 
 
 		 302 aa  115  6e-25  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2580  ben operon transcriptional regulator BenM  32.54 
 
 		 306 aa  116  6e-25  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  29.92 
 
 		 303 aa  116  6e-25  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009338  Mflv_1346  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 294 aa  116  6e-25  Mycobacterium gilvum PYR-GCK  Bacteria  normal  0.638115  normal  0.881858 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA0188  transcriptional regulator CatR  32.93 
 
 		 304 aa  115  6.9999999999999995e-25  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0666967  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0417  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 298 aa  115  7.999999999999999e-25  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.784631  normal  0.373184 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 298 aa  114  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  30.37 
 
 		 298 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  27.31 
 
 		 293 aa  115  1.0000000000000001e-24  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3676  LysR family transcriptional regulator  28.26 
 
 		 317 aa  115  1.0000000000000001e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0866147  normal  0.208358 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  26.35 
 
 		 300 aa  115  1.0000000000000001e-24  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  30.48 
 
 		 304 aa  114  2.0000000000000002e-24  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0474  transcriptional regulator CatR  30.92 
 
 		 306 aa  114  2.0000000000000002e-24  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008148  Rxyl_1585  LysR family transcriptional regulator  30.22 
 
 		 323 aa  114  2.0000000000000002e-24  Rubrobacter xylanophilus DSM 9941  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.74 
 
 		 297 aa  113  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  30.48 
 
 		 307 aa  114  3e-24  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  28.41 
 
 		 302 aa  113  4.0000000000000004e-24  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  28.96 
 
 		 307 aa  113  4.0000000000000004e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  28.95 
 
 		 304 aa  113  4.0000000000000004e-24  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  26.46 
 
 		 375 aa  112  5e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2394  LysR family transcriptional regulator  31.66 
 
 		 305 aa  113  5e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.888535  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4070  LysR family transcriptional regulator  29.34 
 
 		 297 aa  113  5e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.409277  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  29.96 
 
 		 298 aa  112  6e-24  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4401  LysR family transcriptional regulator  30.08 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  30.53 
 
 		 295 aa  112  6e-24  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4880  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 305 aa  112  6e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.839587  normal  0.735479 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66490  LysR family transcriptional regulator  28.84 
 
 		 301 aa  112  6e-24  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5766  putative transcriptional regulator  28.46 
 
 		 301 aa  112  7.000000000000001e-24  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_5353  LysR family transcriptional regulator  31.73 
 
 		 307 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.532482 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0916  LysR family transcriptional regulator  33.73 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.611527 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45170  Transcriptional regulator, LysR family  29.12 
 
 		 308 aa  112  1.0000000000000001e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3601  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  112  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.773221  normal  1 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5457  LysR family transcriptional regulator  31.27 
 
 		 305 aa  111  1.0000000000000001e-23  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  30.2 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3804  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.699235 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  28.05 
 
 		 302 aa  110  2.0000000000000002e-23  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4646  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_17790  LysR family transcriptional regulator  30.27 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1548  putative transcriptional regulator  30.27 
 
 		 295 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3717  LysR family transcriptional regulator  32.13 
 
 		 326 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  0.038308 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1543  transcriptional regulator, LysR family  30.74 
 
 		 298 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.114968 
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_4876  LysR family transcriptional regulator  27.03 
 
 		 335 aa  110  4.0000000000000004e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0982311 
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5704  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6552  LysR family transcriptional regulator  28.81 
 
 		 303 aa  110  4.0000000000000004e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.392727 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 300 aa  109  5e-23  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2161  LysR family transcriptional regulator  28.28 
 
 		 299 aa  109  5e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0803244  normal  0.636405 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>