More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Spea_1719 on replicon NC_009901
Organism: Shewanella pealeana ATCC 700345



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_1719  LysR family transcriptional regulator  100 
 
 		 325 aa  675    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.553027  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1291  transcriptional regulator, LysR family  46.93 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  0.64922 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3228  LysR family transcriptional regulator  46.93 
 
 		 305 aa  283  2.0000000000000002e-75  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3076  LysR family transcriptional regulator  46.57 
 
 		 305 aa  281  1e-74  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3085  LysR family transcriptional regulator  45.85 
 
 		 305 aa  277  1e-73  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1996  HTH-type transcriptional regulator XapR  45.42 
 
 		 309 aa  276  2e-73  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.376345  hitchhiker  0.00000153668 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001955  putative LysR-family regulatory protein  38.62 
 
 		 301 aa  246  4e-64  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2826  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.65 
 
 		 297 aa  184  1.0000000000000001e-45  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2913  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.65 
 
 		 297 aa  183  4.0000000000000006e-45  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4256  DNA-binding transcriptional activator XapR  34.81 
 
 		 290 aa  168  1e-40  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00318562 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2932  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.87 
 
 		 294 aa  160  4e-38  Enterobacter sp. 638  Bacteria  hitchhiker  0.0000456471  normal  0.0988351 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2612  DNA-binding transcriptional activator XapR  32.31 
 
 		 294 aa  156  6e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.0177144  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2678  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.97 
 
 		 294 aa  155  9e-37  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.0441451  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2784  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.97 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  hitchhiker  0.00240936  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2654  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.97 
 
 		 294 aa  155  1e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  hitchhiker  0.00016667  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2563  DNA-binding transcriptional activator XapR  31.97 
 
 		 294 aa  154  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00000012261  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_2120  LysR family transcriptional regulator  30.39 
 
 		 319 aa  152  5.9999999999999996e-36  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.526762  normal  0.085988 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_7143  transcriptional regulator, LysR family  32.69 
 
 		 295 aa  144  2e-33  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.297032  normal  0.653171 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B5436  LysR family transcriptional regulator  30.45 
 
 		 299 aa  142  6e-33  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1258  transcriptional regulator, LysR family  29.9 
 
 		 294 aa  140  3e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000000000639687  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3424  LysR family transcriptional regulator  32.11 
 
 		 296 aa  140  3e-32  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3612  LysR family transcriptional regulator  30.93 
 
 		 296 aa  137  2e-31  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.395284  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5892  LysR family transcriptional regulator  29.85 
 
 		 297 aa  138  2e-31  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2558  DNA-binding transcriptional activator XapR  30.11 
 
 		 294 aa  137  2e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.000000000632847  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3084  transcriptional regulator, LysR family  27.9 
 
 		 296 aa  136  6.0000000000000005e-31  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS04822  transcription regulator protein  29.96 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS05669  transcription regulator protein  29.96 
 
 		 306 aa  135  9.999999999999999e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0639  LysR family transcriptional regulator  30.58 
 
 		 296 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2442  LysR family transcriptional regulator  29.31 
 
 		 299 aa  132  1.0000000000000001e-29  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383889  normal  1 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_2344  transcriptional regulator, LysR family  30.21 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3013  LysR family transcriptional regulator  26.95 
 
 		 293 aa  130  2.0000000000000002e-29  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.572189  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2043  transcriptional regulator, LysR family  30.1 
 
 		 298 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.637177  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2282  LysR family transcriptional regulator  30.24 
 
 		 302 aa  131  2.0000000000000002e-29  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  0.0266423 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4650  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 292 aa  130  3e-29  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.70573  normal  0.347799 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A5470  LysR family transcriptional regulator  28.94 
 
 		 300 aa  130  4.0000000000000003e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  decreased coverage  0.000367157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_0553  transcriptional regulator, LysR family  26.51 
 
 		 293 aa  129  5.0000000000000004e-29  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008062  Bcen_5916  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_2161  LysR family transcriptional regulator  28.09 
 
 		 308 aa  129  5.0000000000000004e-29  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0075  LysR family transcriptional regulator  27.76 
 
 		 296 aa  129  7.000000000000001e-29  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2134  transcriptional regulator, LysR family  30.71 
 
 		 304 aa  129  9.000000000000001e-29  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_2179  LysR family transcriptional regulator  28.41 
 
 		 300 aa  129  1.0000000000000001e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3799  regulatory protein, LysR:LysR, substrate-binding  27.46 
 
 		 300 aa  127  2.0000000000000002e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00621197 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_2097  transcriptional regulator, LysR family  27.65 
 
 		 302 aa  126  4.0000000000000003e-28  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1922  LysR family transcriptional regulator  30.92 
 
 		 322 aa  126  4.0000000000000003e-28  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2198  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 300 aa  127  4.0000000000000003e-28  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_2072  LysR family transcriptional regulator  28.04 
 
 		 300 aa  126  5e-28  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_0186  transcriptional regulator, LysR family  30.11 
 
 		 302 aa  126  5e-28  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.925738  normal  0.858916 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5230  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 293 aa  126  5e-28  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.208833  normal  0.775541 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1256  transcriptional regulator, LysR family  29.73 
 
 		 302 aa  125  7e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.360363  decreased coverage  0.00967719 
 
 
-
 
NC_007410  Ava_B0068  LysR family transcriptional regulator  26.69 
 
 		 298 aa  124  2e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0609  LysR family transcriptional regulator  26.83 
 
 		 292 aa  124  2e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003909  BCE_3702  als operon regulatory protein AlsR, putative  28.52 
 
 		 301 aa  124  3e-27  Bacillus cereus ATCC 10987  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_4970  transcriptional regulator, LysR family  26.69 
 
 		 298 aa  123  3e-27  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.126085  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B1538  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Bacillus cereus G9842  Bacteria  normal  1  normal  0.0429395 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2421  LysR substrate-binding  25.42 
 
 		 300 aa  123  4e-27  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A3776  transcriptional regulator, LysR family  28.52 
 
 		 299 aa  123  4e-27  Bacillus cereus B4264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3313  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 293 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.139311  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5054  LysR family transcriptional regulator  26.39 
 
 		 293 aa  123  5e-27  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_005945  BAS3457  als operon regulatory protein AlsR  28.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.943458  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_3423  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  normal  0.141428  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK3374  LysR family transcriptional regulator  28.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.08343  n/a   
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_3729  als operon regulatory protein AlsR  28.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A3709  putative als operon regulatory protein AlsR  28.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH187  Bacteria  normal  0.510407  n/a   
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_3685  putative als operon regulatory protein AlsR  28.52 
 
 		 301 aa  122  6e-27  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3722  LysR family transcriptional regulator  26.73 
 
 		 307 aa  122  6e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1918  LysR family transcriptional regulator  28.3 
 
 		 297 aa  122  7e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3524  LysR family transcriptional regulator  28.92 
 
 		 298 aa  122  8e-27  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.76062  normal  0.441756 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1527  LysR family transcriptional regulator  27.15 
 
 		 303 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.25562 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_0824  LysR family transcriptional regulator  29.44 
 
 		 295 aa  121  9.999999999999999e-27  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  0.607099 
 
 
-
 
NC_010184  BcerKBAB4_3354  LysR family transcriptional regulator  29.41 
 
 		 302 aa  122  9.999999999999999e-27  Bacillus weihenstephanensis KBAB4  Bacteria  normal  0.910894  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4359  LysR family transcriptional regulator  29.96 
 
 		 303 aa  121  9.999999999999999e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1110  LysR family transcriptional regulator  27.94 
 
 		 300 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.138088  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0833  transcriptional regulator, LysR family  28.73 
 
 		 294 aa  121  1.9999999999999998e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_2320  LysR family transcriptional regulator  29.48 
 
 		 305 aa  121  1.9999999999999998e-26  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  hitchhiker  0.00283549  n/a   
 
 
-
 
NC_010510  Mrad2831_5843  LysR family transcriptional regulator  24.82 
 
 		 304 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000271378 
 
 
-
 
NC_011370  Rleg2_6120  transcriptional regulator, LysR family  28.88 
 
 		 302 aa  121  1.9999999999999998e-26  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.274534 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3313  LysR family transcriptional regulator  28.57 
 
 		 300 aa  120  1.9999999999999998e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1897  transcriptional regulator, LysR family  28.87 
 
 		 304 aa  120  1.9999999999999998e-26  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.202001  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3623  LysR family transcriptional regulator  26.45 
 
 		 299 aa  120  3e-26  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3915  LysR family transcriptional regulator  29.84 
 
 		 301 aa  120  3e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1134  LysR family transcriptional regulator  26.24 
 
 		 294 aa  120  3e-26  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01564  predicted DNA-binding transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2048  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_30850  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 302 aa  120  3.9999999999999996e-26  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A1669  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01554  hypothetical protein  27.92 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009717  Xaut_5056  LysR family transcriptional regulator  31.7 
 
 		 375 aa  120  3.9999999999999996e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.0334022  normal  0.243634 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2035  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  120  3.9999999999999996e-26  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_2305  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.112257 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_1802  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_4167  LysR substrate-binding protein  28.69 
 
 		 295 aa  120  4.9999999999999996e-26  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  0.767565  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1781  transcriptional regulator, LysR family  27.92 
 
 		 297 aa  119  4.9999999999999996e-26  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_1605  LysR family transcriptional regulator  27.92 
 
 		 297 aa  119  7e-26  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A2265  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.503277  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_1538  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.337495  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1756  LysR family transcriptional regulator  26.28 
 
 		 300 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.497412  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0657  transcriptional regulator, LysR family  28.25 
 
 		 305 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_1479  LysR family transcriptional regulator  29.77 
 
 		 289 aa  118  9.999999999999999e-26  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  1  normal  0.175288 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1842  LysR family transcriptional regulator  27.52 
 
 		 307 aa  118  9.999999999999999e-26  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.330776  normal  1 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6068  LysR family transcriptional regulator  28.17 
 
 		 303 aa  118  9.999999999999999e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>