More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1753 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1753  sensor protein LuxQ  100 
 
 		 583 aa  1198    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.042622 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2833  histidine kinase  55.13 
 
 		 576 aa  640    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00535084 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II1012  response regulator, histidine kinase  50.17 
 
 		 578 aa  564  1.0000000000000001e-159  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003159  probable sensor/response regulator hybrid  41.2 
 
 		 566 aa  414  1e-114  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01913  signal transduction histidine kinase  38.68 
 
 		 526 aa  367  1e-100  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3203  multi-sensor hybrid histidine kinase  37.28 
 
 		 765 aa  261  3e-68  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.0763722 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1873  multi-sensor hybrid histidine kinase  38.1 
 
 		 923 aa  260  6e-68  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.689502  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0179  histidine kinase  37.4 
 
 		 758 aa  254  3e-66  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2021  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  36.25 
 
 		 645 aa  253  8.000000000000001e-66  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.798842  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2468  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.18 
 
 		 631 aa  252  1e-65  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.633599  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_0831  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.41 
 
 		 957 aa  251  2e-65  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2667  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 		 737 aa  249  1e-64  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.149434  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2212  sensor histidine kinase/response regulator  35.97 
 
 		 641 aa  248  2e-64  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.378364  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4427  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.03 
 
 		 772 aa  248  2e-64  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1770  histidine kinase  34.4 
 
 		 742 aa  248  2e-64  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3189  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.14 
 
 		 1075 aa  248  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3402  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.57 
 
 		 874 aa  248  2e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0565  multi-sensor hybrid histidine kinase  37 
 
 		 947 aa  247  4e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3663  putative sensor/response regulator hybrid  35.25 
 
 		 651 aa  247  4e-64  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.800386  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0664  ATP-binding region, ATPase-like protein  37.53 
 
 		 853 aa  247  4.9999999999999997e-64  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_2954  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.35 
 
 		 1127 aa  246  9e-64  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0577  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.78 
 
 		 1005 aa  245  9.999999999999999e-64  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.0920445  normal  1 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3367  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.87 
 
 		 1059 aa  246  9.999999999999999e-64  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.049018 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_43670  putative sensor/response regulator hybrid  35.2 
 
 		 651 aa  244  1.9999999999999999e-63  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009718  Fnod_1277  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.93 
 
 		 969 aa  244  3e-63  Fervidobacterium nodosum Rt17-B1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0715  histidine kinase  35.37 
 
 		 553 aa  244  3e-63  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.519915  normal  0.60104 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3479  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.92 
 
 		 1078 aa  243  7.999999999999999e-63  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_0065  histidine kinase  35.12 
 
 		 578 aa  241  2.9999999999999997e-62  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_4086  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  34.65 
 
 		 631 aa  241  2.9999999999999997e-62  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_3279  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.66 
 
 		 1433 aa  241  2.9999999999999997e-62  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.681112  normal  0.627666 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4076  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.11 
 
 		 876 aa  241  2.9999999999999997e-62  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_1437  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.49 
 
 		 785 aa  241  2.9999999999999997e-62  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0186  histidine kinase  36.44 
 
 		 810 aa  241  4e-62  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4211  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 633 aa  241  4e-62  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.79688  normal  0.233659 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2265  histidine kinase  36.2 
 
 		 559 aa  240  4e-62  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.592554  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0854  ATP-binding region ATPase domain protein  36.15 
 
 		 1871 aa  240  5e-62  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1560  response regulator, histidine kinase  35.68 
 
 		 697 aa  240  6.999999999999999e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.0213368  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2683  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.67 
 
 		 1358 aa  239  1e-61  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.117306 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1285  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.9 
 
 		 772 aa  238  2e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1822  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase A, N-terminal  35.32 
 
 		 582 aa  238  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.146561 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4224  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.77 
 
 		 877 aa  238  2e-61  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.249922 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3271  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 1691 aa  238  2e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3925  GAF sensor hybrid histidine kinase  35.26 
 
 		 662 aa  238  3e-61  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.150145  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1968  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.5 
 
 		 846 aa  238  3e-61  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2513  ATP-binding region, ATPase-like  32.74 
 
 		 945 aa  238  3e-61  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.543755  normal  0.160676 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2168  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.77 
 
 		 1204 aa  238  3e-61  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.172741 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_0806  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.17 
 
 		 902 aa  237  4e-61  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011883  Ddes_1601  GAF sensor hybrid histidine kinase  33.08 
 
 		 685 aa  237  4e-61  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. ATCC 27774  Bacteria  normal  0.0518398  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0057  histidine kinase  34.04 
 
 		 588 aa  237  4e-61  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000000185994 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_3532  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.69 
 
 		 1271 aa  237  4e-61  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2314  sensory box histidine kinase/response regulator  33.99 
 
 		 982 aa  236  8e-61  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.581555  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_0516  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.71 
 
 		 850 aa  236  8e-61  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.377634 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2426  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.88 
 
 		 827 aa  236  8e-61  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1360  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.1 
 
 		 644 aa  236  8e-61  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.528402  n/a   
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0219  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.59 
 
 		 1452 aa  236  1.0000000000000001e-60  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1549  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.04 
 
 		 1199 aa  236  1.0000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_3089  sensor histidine kinase/response regulator fusion protein  36.05 
 
 		 856 aa  236  1.0000000000000001e-60  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3783  histidine kinase  36.7 
 
 		 737 aa  235  1.0000000000000001e-60  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.18481  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0987  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.14 
 
 		 846 aa  235  2.0000000000000002e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.594505  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6561  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.85 
 
 		 863 aa  234  2.0000000000000002e-60  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1987  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.65 
 
 		 767 aa  235  2.0000000000000002e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1062  Hpt sensor hybrid histidine kinase  35.62 
 
 		 695 aa  235  2.0000000000000002e-60  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000984  signal transduction histidine kinase  35.2 
 
 		 631 aa  234  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003464  signal transduction histidine kinase  36.61 
 
 		 573 aa  235  2.0000000000000002e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1628  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.27 
 
 		 1070 aa  235  2.0000000000000002e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3786  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  34.61 
 
 		 606 aa  234  4.0000000000000004e-60  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2218  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.04 
 
 		 1070 aa  234  4.0000000000000004e-60  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.0765203 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1268  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.99 
 
 		 781 aa  233  5e-60  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1409  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  34.83 
 
 		 778 aa  233  5e-60  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3798  multi-sensor hybrid histidine kinase  36.8 
 
 		 864 aa  233  6e-60  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4904  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.65 
 
 		 873 aa  233  7.000000000000001e-60  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.683005  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2955  Hpt sensor hybrid histidine kinase  33.98 
 
 		 764 aa  233  7.000000000000001e-60  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1989  multi-sensor hybrid histidine kinase  33.33 
 
 		 1195 aa  233  8.000000000000001e-60  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3496  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.1 
 
 		 643 aa  233  1e-59  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_3026  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  37.97 
 
 		 969 aa  232  1e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2693  histidine kinase  35.73 
 
 		 571 aa  232  1e-59  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.0909214 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2114  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.43 
 
 		 674 aa  233  1e-59  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1582  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.68 
 
 		 788 aa  232  2e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0578  histidine kinase  35.48 
 
 		 732 aa  231  3e-59  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07038  histidine kinase  34.9 
 
 		 641 aa  231  3e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2309  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.05 
 
 		 1055 aa  231  3e-59  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3858  PAS sensor protein  39.01 
 
 		 797 aa  230  4e-59  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1695  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.37 
 
 		 643 aa  231  4e-59  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  0.695799 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3051  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.86 
 
 		 947 aa  231  4e-59  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1199  multi-sensor hybrid histidine kinase  31.32 
 
 		 962 aa  230  4e-59  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_02306  hypothetical protein  37.2 
 
 		 576 aa  229  7e-59  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_2774  histidine kinase  35.6 
 
 		 761 aa  229  7e-59  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  0.622194  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_4574  histidine kinase  29.46 
 
 		 900 aa  229  8e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.0643273  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1550  multi-sensor hybrid histidine kinase  35.58 
 
 		 995 aa  229  9e-59  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3693  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  35.07 
 
 		 602 aa  229  1e-58  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3686  response regulator receiver:ATP-binding region, ATPase-like:histidine kinase, HAMP region:histidine kinase A, N-terminal  32.9 
 
 		 620 aa  229  1e-58  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.926172  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1697  periplasmic sensor hybrid histidine kinase  33.42 
 
 		 907 aa  229  1e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3321  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  35.44 
 
 		 973 aa  228  2e-58  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_2929  histidine kinase  34.09 
 
 		 606 aa  228  2e-58  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3744  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.92 
 
 		 643 aa  228  2e-58  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4006  histidine kinase  34.21 
 
 		 736 aa  228  2e-58  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.155316  hitchhiker  0.00128379 
 
 
-
 
NC_002947  PP_4173  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  33.11 
 
 		 643 aa  228  3e-58  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3142  multi-sensor hybrid histidine kinase  34.55 
 
 		 939 aa  228  3e-58  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.660448  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_02280  sensory box sensor histidine kinase/response regulator  34.24 
 
 		 509 aa  228  3e-58  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0770  PAS/PAC sensor hybrid histidine kinase  36.6 
 
 		 911 aa  228  3e-58  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  1  normal  0.989546 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>