More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_1409 on replicon NC_009636
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009636  Smed_1409  indole-3-glycerol-phosphate synthase  100 
 
 
271 aa  542  1e-153  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.827257  normal  0.309445 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_2567  indole-3-glycerol-phosphate synthase  77.49 
 
 
271 aa  420  1e-116  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0720427  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1822  indole-3-glycerol-phosphate synthase  77.7 
 
 
270 aa  416  9.999999999999999e-116  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0025467 
 
 
-
 
NC_004310  BR1141  indole-3-glycerol-phosphate synthase  76.32 
 
 
268 aa  410  1e-114  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1100  indole-3-glycerol-phosphate synthase  75.94 
 
 
268 aa  409  1e-113  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_2048  indole-3-glycerol-phosphate synthase  75.38 
 
 
266 aa  400  1e-111  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2017  indole-3-glycerol-phosphate synthase  77.7 
 
 
270 aa  398  9.999999999999999e-111  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  hitchhiker  0.00220799  normal  0.525687 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0756  indole-3-glycerol-phosphate synthase  72.93 
 
 
266 aa  395  1e-109  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1639  indole-3-glycerol phosphate synthase  70.41 
 
 
271 aa  374  1e-102  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.189756  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2798  indole-3-glycerol-phosphate synthase  67.19 
 
 
265 aa  338  5e-92  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.812151  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_3236  indole-3-glycerol-phosphate synthase  68.38 
 
 
265 aa  337  1.9999999999999998e-91  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1416  indole-3-glycerol-phosphate synthase  65.9 
 
 
278 aa  335  3.9999999999999995e-91  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2829  indole-3-glycerol-phosphate synthase  67.55 
 
 
265 aa  334  1e-90  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.232078  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3173  indole-3-glycerol-phosphate synthase  65.52 
 
 
265 aa  332  3e-90  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal  0.568636 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_4483  indole-3-glycerol-phosphate synthase  66.92 
 
 
272 aa  331  7.000000000000001e-90  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.249423  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_5576  Indole-3-glycerol phosphate synthase  64.37 
 
 
288 aa  330  1e-89  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.513944  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_2139  indole-3-glycerol-phosphate synthase  67.18 
 
 
263 aa  327  1.0000000000000001e-88  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.248459  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2466  indole-3-glycerol-phosphate synthase  67.05 
 
 
272 aa  325  4.0000000000000003e-88  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  hitchhiker  0.00979183  normal  0.597636 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_5212  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  64.12 
 
 
285 aa  325  6e-88  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.69886  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_5394  indole-3-glycerol-phosphate synthase  63.98 
 
 
285 aa  325  7e-88  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.467387  normal  0.310018 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_5135  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  64.23 
 
 
285 aa  323  2e-87  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal  0.0596485 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4672  indole-3-glycerol-phosphate synthase  63.85 
 
 
285 aa  322  4e-87  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0503  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  60.84 
 
 
276 aa  318  5e-86  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3099  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.74 
 
 
295 aa  318  6e-86  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_1838  indole-3-glycerol-phosphate synthase  65.13 
 
 
264 aa  318  7e-86  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1733  indole-3-glycerol-phosphate synthase  63.98 
 
 
281 aa  314  8e-85  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.582058  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4375  indole-3-glycerol-phosphate synthase  63.6 
 
 
263 aa  301  6.000000000000001e-81  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.893043  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_2024  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.22 
 
 
262 aa  301  1e-80  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008044  TM1040_1138  indole-3-glycerol-phosphate synthase  60.08 
 
 
269 aa  298  5e-80  Ruegeria sp. TM1040  Bacteria  normal  normal  0.69839 
 
 
-
 
NC_007802  Jann_1877  indole-3-glycerol phosphate synthase  59.77 
 
 
266 aa  298  8e-80  Jannaschia sp. CCS1  Bacteria  normal  0.597244  normal  0.150585 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1399  indole-3-glycerol phosphate synthase  63.74 
 
 
268 aa  297  1e-79  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.105391  hitchhiker  0.00077331 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2778  indole-3-glycerol-phosphate synthase  60.54 
 
 
262 aa  292  4e-78  Caulobacter sp. K31  Bacteria  hitchhiker  0.000331448  hitchhiker  0.0000255859 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0710  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.3 
 
 
270 aa  286  2e-76  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal  0.251699 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_6214  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.69 
 
 
270 aa  286  2.9999999999999996e-76  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1232  indole-3-glycerol-phosphate synthase  57.14 
 
 
270 aa  285  8e-76  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0182595  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_3097  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.3 
 
 
270 aa  283  3.0000000000000004e-75  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.780725  normal  0.58213 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_1800  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.45 
 
 
271 aa  280  1e-74  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  hitchhiker  0.00000789952  normal  0.147475 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_0835  indole-3-glycerol-phosphate synthase  61.54 
 
 
261 aa  278  1e-73  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.0303265  hitchhiker  0.00447803 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3718  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.49 
 
 
264 aa  266  2e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0881817  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A1897  indole-3-glycerol phosphate synthase  56.49 
 
 
263 aa  266  2.9999999999999995e-70  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.995297  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_0160  indole-3-glycerol-phosphate synthase  54.62 
 
 
264 aa  265  7e-70  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.286588  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_0182  indole-3-glycerol-phosphate synthase  54.62 
 
 
264 aa  264  1e-69  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2494  indole-3-glycerol-phosphate synthase  55.77 
 
 
266 aa  260  1e-68  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.141997  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0586  indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.85 
 
 
266 aa  261  1e-68  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.338589  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3219  indole-3-glycerol-phosphate synthase  56.06 
 
 
264 aa  259  4e-68  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.0365471 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0269  indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.98 
 
 
268 aa  259  4e-68  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000502728  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0370  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.73 
 
 
266 aa  258  5.0000000000000005e-68  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0754  indole-3-glycerol phosphate synthase  52.55 
 
 
265 aa  257  2e-67  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  normal  0.297551 
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_4451  indole-3-glycerol-phosphate synthase  54.37 
 
 
264 aa  256  2e-67  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.0983396  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_04004  indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.41 
 
 
265 aa  255  6e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0361  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.34 
 
 
266 aa  254  8e-67  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.331099  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0770  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.36 
 
 
267 aa  254  9e-67  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.383206  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2465  indole-3-glycerol phosphate synthase  54.76 
 
 
271 aa  254  9e-67  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_2798  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  54.37 
 
 
265 aa  254  1.0000000000000001e-66  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.822714  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2843  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.01 
 
 
263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  hitchhiker  0.00184612  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_3242  indole-3-glycerol phosphate synthase  53.01 
 
 
263 aa  254  1.0000000000000001e-66  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.857016  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3181  indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.75 
 
 
270 aa  254  1.0000000000000001e-66  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.509881  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_3601  indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.17 
 
 
264 aa  252  4.0000000000000004e-66  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.147374  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_2048  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.52 
 
 
269 aa  251  1e-65  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.0288886  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3649  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.38 
 
 
263 aa  250  1e-65  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3026  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.53 
 
 
267 aa  251  1e-65  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0114163  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_2222  indole-3-glycerol phosphate synthase  55.56 
 
 
262 aa  251  1e-65  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  normal  0.688049 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3876  indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.26 
 
 
262 aa  250  1e-65  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_46110  indole-3-glycerol-phosphate synthase  50.57 
 
 
266 aa  250  2e-65  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2259  indole-3-glycerol-phosphate synthase  50.76 
 
 
266 aa  249  2e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1957  indole-3-glycerol-phosphate synthase  50 
 
 
266 aa  249  5e-65  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3460  indole-3-glycerol phosphate synthase  54.58 
 
 
267 aa  248  7e-65  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.860463  normal  0.18397 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2587  indole-3-glycerol phosphate synthase  53.44 
 
 
265 aa  247  1e-64  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.804047  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3520  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.61 
 
 
270 aa  247  1e-64  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_2497  indole-3-glycerol-phosphate synthase  47.35 
 
 
271 aa  245  4e-64  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.0317819  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0159  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  50.38 
 
 
287 aa  245  4.9999999999999997e-64  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.422132  normal  0.0132448 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2885  indole-3-glycerol-phosphate synthase  57.21 
 
 
267 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal  0.733031 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3127  indole-3-glycerol-phosphate synthase  56.07 
 
 
267 aa  243  1.9999999999999999e-63  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.663286  normal  0.570682 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2380  indole-3-glycerol-phosphate synthase  53.85 
 
 
266 aa  243  3e-63  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.446118  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0680  indole-3-glycerol phosphate synthase protein  51.75 
 
 
268 aa  243  3e-63  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.694431  normal  0.104573 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2247  indole-3-glycerol phosphate synthase  51.92 
 
 
267 aa  242  6e-63  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.835264  normal 
 
 
-
 
NC_007516  Syncc9605_0870  indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.89 
 
 
295 aa  240  1e-62  Synechococcus sp. CC9605  Bacteria  normal  0.474663  normal 
 
 
-
 
NC_010531  Pnec_0159  indole-3-glycerol-phosphate synthase  47.57 
 
 
267 aa  241  1e-62  Polynucleobacter necessarius subsp. necessarius STIR1  Bacteria  normal  0.927898  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1734  indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.54 
 
 
268 aa  241  1e-62  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2701  indole-3-glycerol-phosphate synthase  49.8 
 
 
261 aa  239  2.9999999999999997e-62  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_08360  indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.6 
 
 
278 aa  239  4e-62  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000387982 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2762  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.14 
 
 
267 aa  238  5e-62  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_4579  indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.81 
 
 
278 aa  238  5.999999999999999e-62  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0514187  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_0594  indole-3-glycerol phosphate synthase  50.6 
 
 
278 aa  238  8e-62  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_5113  indole-3-glycerol-phosphate synthase  49.6 
 
 
278 aa  238  1e-61  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_0792  indole-3-glycerol-phosphate synthase  51.6 
 
 
278 aa  238  1e-61  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3475  indole-3-glycerol phosphate synthase  52.61 
 
 
262 aa  236  2e-61  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  hitchhiker  0.00758651  normal  0.194157 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0711  indole-3-glycerol-phosphate synthase  49.03 
 
 
267 aa  236  2e-61  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_0579  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  50.2 
 
 
266 aa  235  5.0000000000000005e-61  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0895  indole-3-glycerol-phosphate synthase  46.18 
 
 
258 aa  235  5.0000000000000005e-61  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2358  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  49.43 
 
 
268 aa  235  5.0000000000000005e-61  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0145  indole-3-glycerol-phosphate synthase  48.64 
 
 
267 aa  235  7e-61  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.694484  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_2079  indole-3-glycerol-phosphate synthase  54.47 
 
 
272 aa  234  8e-61  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014148  Plim_2195  Indole-3-glycerol-phosphate synthase  49.81 
 
 
273 aa  233  2.0000000000000002e-60  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.228441  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4781  indole-3-glycerol-phosphate synthase  49.8 
 
 
277 aa  233  2.0000000000000002e-60  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.574175 
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_1529  indole-3-glycerol-phosphate synthase  50.19 
 
 
294 aa  233  2.0000000000000002e-60  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.260745  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0864  indole-3-glycerol-phosphate synthase  45.8 
 
 
258 aa  232  4.0000000000000004e-60  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1030  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.27 
 
 
266 aa  231  9e-60  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1443  indole-3-glycerol-phosphate synthase  45.94 
 
 
295 aa  231  9e-60  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.810635  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3944  indole-3-glycerol-phosphate synthase  52.59 
 
 
279 aa  231  1e-59  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>