56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sked_28340 on replicon NC_013521
Organism: Sanguibacter keddieii DSM 10542



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013521  Sked_28340  putative stress-responsive transcriptional regulator  100 
 
 		 533 aa  1008    Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  0.0709411  normal  1 
 
 
-
 
NC_013174  Jden_0654  phage shock protein C, PspC  34.17 
 
 		 464 aa  205  2e-51  Jonesia denitrificans DSM 20603  Bacteria  normal  0.19259  normal  0.260983 
 
 
-
 
NC_012669  Bcav_3035  phage shock protein C, PspC  51.8 
 
 		 497 aa  127  7e-28  Beutenbergia cavernae DSM 12333  Bacteria  normal  0.177773  hitchhiker  0.0028338 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3000  phage shock protein C, PspC  41.86 
 
 		 547 aa  110  8.000000000000001e-23  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2712  phage shock protein C, PspC  40.57 
 
 		 512 aa  105  2e-21  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00998877 
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_2545  phage shock protein C, PspC  36.92 
 
 		 468 aa  101  3e-20  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  normal  0.662958  normal  0.880306 
 
 
-
 
NC_013530  Xcel_0708  phage shock protein C, PspC  60 
 
 		 552 aa  97.4  6e-19  Xylanimonas cellulosilytica DSM 15894  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0280  hypothetical protein  44.76 
 
 		 491 aa  75.9  0.000000000002  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.274206  normal  0.0175316 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_0861  phage shock protein C, PspC  49.35 
 
 		 86 aa  73.9  0.000000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.973899  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0279  phage shock protein C, PspC  48.78 
 
 		 136 aa  67.4  0.0000000006  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  hitchhiker  0.00594777  normal  0.0301661 
 
 
-
 
NC_008541  Arth_3002  phage shock protein C, PspC  46.38 
 
 		 85 aa  67.4  0.0000000007  Arthrobacter sp. FB24  Bacteria  normal  0.244405  n/a   
 
 
-
 
NC_011886  Achl_2714  phage shock protein C, PspC  47.76 
 
 		 83 aa  65.9  0.000000002  Arthrobacter chlorophenolicus A6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00445167 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17360  putative stress-responsive transcriptional regulator  37.21 
 
 		 354 aa  64.7  0.000000004  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008699  Noca_3608  PspC domain-containing protein  33.59 
 
 		 419 aa  58.5  0.0000003  Nocardioides sp. JS614  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014210  Ndas_4462  phage shock protein C, PspC  40.85 
 
 		 86 aa  58.2  0.0000004  Nocardiopsis dassonvillei subsp. dassonvillei DSM 43111  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007333  Tfu_2855  putative stress-responsive transcriptional regulator  43.55 
 
 		 86 aa  54.7  0.000004  Thermobifida fusca YX  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013595  Sros_9060  Putative stress-responsive transcriptional regulator protein-like protein  33.73 
 
 		 178 aa  53.5  0.000009  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013093  Amir_6527  phage shock protein C, PspC  33.54 
 
 		 417 aa  50.8  0.00006  Actinosynnema mirum DSM 43827  Bacteria  normal  0.627165  n/a   
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04800  putative stress-responsive transcriptional regulator  32.69 
 
 		 418 aa  50.8  0.00007  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  0.975328  normal  1 
 
 
-
 
NC_013521  Sked_05040  PspC domain-containing protein  44.74 
 
 		 100 aa  50.8  0.00007  Sanguibacter keddieii DSM 10542  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012803  Mlut_17350  signal transduction histidine kinase  56 
 
 		 419 aa  50.4  0.00008  Micrococcus luteus NCTC 2665  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_1735  PspC domain protein  25.78 
 
 		 445 aa  49.7  0.0001  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013757  Gobs_4439  phage shock protein C, PspC  29.77 
 
 		 306 aa  48.9  0.0002  Geodermatophilus obscurus DSM 43160  Bacteria  normal  0.124889  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_2822  phage shock protein C, PspC  42.59 
 
 		 97 aa  48.9  0.0002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4216  phage shock protein C, PspC  29.38 
 
 		 511 aa  48.9  0.0002  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.041872  normal  0.0645369 
 
 
-
 
NC_013159  Svir_04810  signal transduction histidine kinase  35.51 
 
 		 481 aa  48.9  0.0002  Saccharomonospora viridis DSM 43017  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013595  Sros_1227  hypothetical protein  39.39 
 
 		 555 aa  48.9  0.0003  Streptosporangium roseum DSM 43021  Bacteria  normal  0.584502  normal  0.010904 
 
 
-
 
NC_013947  Snas_6083  phage shock protein C, PspC  26.7 
 
 		 399 aa  48.1  0.0004  Stackebrandtia nassauensis DSM 44728  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4670  phage shock protein C, PspC  44.44 
 
 		 143 aa  48.1  0.0004  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_2157  phage shock protein C, PspC  43.55 
 
 		 138 aa  47.8  0.0005  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014151  Cfla_0585  phage shock protein C, PspC  40.85 
 
 		 77 aa  47.8  0.0005  Cellulomonas flavigena DSM 20109  Bacteria  hitchhiker  0.00837163  hitchhiker  0.00408687 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1275  phage shock protein C, PspC  54 
 
 		 169 aa  47.8  0.0005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.0715782  normal  0.19244 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_3932  phage shock protein C, PspC  40 
 
 		 96 aa  47.4  0.0006  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  0.923929  normal  1 
 
 
-
 
NC_013235  Namu_4820  phage shock protein C, PspC  46.55 
 
 		 66 aa  47.8  0.0006  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_3205  phage shock protein C, PspC  40 
 
 		 96 aa  47.8  0.0006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.236376 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_5724  phage shock protein C, PspC  44.64 
 
 		 383 aa  47.8  0.0006  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.281744  normal  1 
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4227  putative signal transduction histidine kinase  43.4 
 
 		 394 aa  47  0.0008  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010816  BLD_1770  putative stress-responsive transcriptional regulator  42.55 
 
 		 427 aa  46.6  0.001  Bifidobacterium longum DJO10A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009664  Krad_0132  phage shock protein C, PspC  46.77 
 
 		 82 aa  46.2  0.001  Kineococcus radiotolerans SRS30216  Bacteria  normal  0.0723813  normal  0.142504 
 
 
-
 
NC_009953  Sare_4222  phage shock protein C, PspC  40.62 
 
 		 103 aa  46.6  0.001  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  0.155341  normal  0.0141639 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_09558  hypothetical protein  42.86 
 
 		 582 aa  46.2  0.002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.501669  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_4228  phage shock protein C, PspC  30.17 
 
 		 436 aa  45.8  0.002  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013441  Gbro_3236  PspC domain protein  40 
 
 		 129 aa  46.2  0.002  Gordonia bronchialis DSM 43247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013235  Namu_1254  putative signal transduction histidine kinase  48.08 
 
 		 458 aa  45.4  0.002  Nakamurella multipartita DSM 44233  Bacteria  normal  0.473052  normal  0.219719 
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_1660  phage shock protein C, PspC  28.57 
 
 		 127 aa  46.2  0.002  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_1594  phage shock protein C, PspC  29.37 
 
 		 127 aa  45.1  0.003  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_2935  phage shock protein C, PspC  33.33 
 
 		 71 aa  45.4  0.003  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  hitchhiker  0.000000394883  normal  1 
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0912  phage shock protein C, PspC  40.38 
 
 		 85 aa  44.7  0.004  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00715108 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3366  phage shock protein C  39.29 
 
 		 127 aa  44.7  0.004  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013739  Cwoe_1650  putative signal transduction histidine kinase  46.3 
 
 		 418 aa  44.3  0.005  Conexibacter woesei DSM 14684  Bacteria  normal  0.347734  normal  0.354634 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_4996  phage shock protein C, PspC  40 
 
 		 98 aa  44.7  0.005  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1926  phage shock protein C, PspC  33.33 
 
 		 174 aa  44.3  0.006  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  hitchhiker  0.000470088  unclonable  0.00000000972351 
 
 
-
 
NC_014158  Tpau_0914  putative signal transduction histidine kinase  40 
 
 		 466 aa  43.9  0.008  Tsukamurella paurometabola DSM 20162  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013510  Tcur_0542  phage shock protein C, PspC  40.79 
 
 		 124 aa  43.5  0.009  Thermomonospora curvata DSM 43183  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2882  phage shock protein C, PspC  35.06 
 
 		 114 aa  43.5  0.009  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.390226 
 
 
-
 
NC_007796  Mhun_0761  hypothetical protein  29.06 
 
 		 252 aa  43.5  0.009  Methanospirillum hungatei JF-1  Archaea  normal  0.269654  normal  0.633867 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>