62 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shewana3_1284 on replicon NC_008577
Organism: Shewanella sp. ANA-3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  100 
 
 		 89 aa  177  4e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  96.63 
 
 		 89 aa  172  1.9999999999999998e-42  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  89.36 
 
 		 94 aa  164  4e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  88.3 
 
 		 94 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  88.3 
 
 		 94 aa  162  2.0000000000000002e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  98.77 
 
 		 90 aa  160  6e-39  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  97.53 
 
 		 90 aa  159  1e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  96.3 
 
 		 90 aa  158  2e-38  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  86.17 
 
 		 94 aa  158  2e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  97.53 
 
 		 90 aa  157  3e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  97.53 
 
 		 90 aa  157  3e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  97.53 
 
 		 90 aa  157  3e-38  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  96.3 
 
 		 90 aa  157  7e-38  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  96.3 
 
 		 90 aa  156  7e-38  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  89.41 
 
 		 90 aa  156  8e-38  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  82.98 
 
 		 94 aa  155  1e-37  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  95.06 
 
 		 90 aa  153  7e-37  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  62.65 
 
 		 89 aa  118  1.9999999999999998e-26  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.47 
 
 		 87 aa  118  3e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  64.29 
 
 		 91 aa  115  9.999999999999999e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  68.35 
 
 		 91 aa  114  6e-25  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.65 
 
 		 94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  62.96 
 
 		 93 aa  111  3e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  64.63 
 
 		 97 aa  111  4.0000000000000004e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  65.38 
 
 		 93 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  60.26 
 
 		 87 aa  107  4.0000000000000004e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  63.29 
 
 		 88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  61.73 
 
 		 93 aa  107  4.0000000000000004e-23  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  61.73 
 
 		 93 aa  107  6e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  64.1 
 
 		 93 aa  107  7.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  61.9 
 
 		 166 aa  107  8.000000000000001e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  59.76 
 
 		 93 aa  107  8.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  60.49 
 
 		 90 aa  106  9.000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  61.54 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  61.54 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  57.47 
 
 		 93 aa  105  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  61.9 
 
 		 88 aa  105  1e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  59.76 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  59.3 
 
 		 90 aa  104  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  58.02 
 
 		 90 aa  103  8e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  55.06 
 
 		 93 aa  102  1e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  59.04 
 
 		 89 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  62.03 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  58.97 
 
 		 93 aa  100  5e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  61.73 
 
 		 91 aa  100  5e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  60.26 
 
 		 93 aa  100  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  60.26 
 
 		 93 aa  100  7e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  60.26 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  57.5 
 
 		 88 aa  94.7  4e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  49.38 
 
 		 84 aa  85.1  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  60.92 
 
 		 89 aa  84.7  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  40.48 
 
 		 88 aa  77.8  0.00000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  61.54 
 
 		 87 aa  74.3  0.0000000000005  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  53.25 
 
 		 83 aa  68.2  0.00000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  48.75 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  41.25 
 
 		 107 aa  57.4  0.00000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  39.51 
 
 		 87 aa  54.3  0.0000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  34.67 
 
 		 99 aa  44.7  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  39.47 
 
 		 98 aa  44.7  0.0005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  36.36 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  35.06 
 
 		 99 aa  41.2  0.005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  28.95 
 
 		 99 aa  40  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>