39 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Avi_9658 on replicon NC_011991
Organism: Agrobacterium vitis S4



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 99 aa  197  5e-50  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  72.45 
 
 		 99 aa  141  3e-33  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  70.71 
 
 		 99 aa  140  5e-33  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  69.39 
 
 		 99 aa  136  7.999999999999999e-32  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  72.53 
 
 		 98 aa  136  7.999999999999999e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  67.68 
 
 		 99 aa  133  8e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
NC_010579  XfasM23_2227  conjugal transfer protein TrbD  42.53 
 
 		 106 aa  84.3  4e-16  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  hitchhiker  0.00500311  n/a   
 
 
-
 
NC_007337  Reut_D6504  conjugal transfer protein TrbD  43.68 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000003  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  hitchhiker  0.00000000136548  n/a   
 
 
-
 
NC_008385  Bamb_6633  conjugal transfer protein TrbD  43.68 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000003  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  hitchhiker  0.00000138876  n/a   
 
 
-
 
NC_008766  Ajs_4272  conjugal transfer protein TrbD  43.68 
 
 		 103 aa  78.2  0.00000000000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  hitchhiker  0.000000000615182  normal  1 
 
 
-
 
NC_009704  YpsIP31758_A0049  conjugal transfer protein TrbD  40 
 
 		 104 aa  73.2  0.000000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.635043  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1618  Conjugal transfer TrbD family protein  34.83 
 
 		 98 aa  69.7  0.00000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  35.29 
 
 		 107 aa  63.2  0.000000001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  37.18 
 
 		 90 aa  45.8  0.0002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  38.27 
 
 		 91 aa  45.8  0.0002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  35.29 
 
 		 94 aa  45.4  0.0003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  37.66 
 
 		 90 aa  45.1  0.0003  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  34.12 
 
 		 94 aa  44.7  0.0005  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  34.62 
 
 		 90 aa  44.3  0.0006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  36.36 
 
 		 89 aa  44.3  0.0006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  34.52 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  35.06 
 
 		 94 aa  43.9  0.0007  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  33.72 
 
 		 94 aa  43.9  0.0008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  32.05 
 
 		 87 aa  43.5  0.001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  34.62 
 
 		 90 aa  42.7  0.001  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  36.36 
 
 		 90 aa  42.7  0.001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  32.1 
 
 		 94 aa  43.1  0.001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  35.06 
 
 		 89 aa  42.7  0.002  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  36.36 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  36.36 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  39.74 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  36.36 
 
 		 90 aa  42.7  0.002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  36.36 
 
 		 90 aa  42.4  0.002  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  32.91 
 
 		 93 aa  41.2  0.005  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  37.97 
 
 		 90 aa  41.2  0.005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  35.06 
 
 		 90 aa  40.8  0.006  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  39.74 
 
 		 90 aa  40.4  0.007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  34.41 
 
 		 93 aa  40  0.009  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  33.33 
 
 		 93 aa  40.4  0.009  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>