61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_3196 on replicon NC_008687
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  100 
 
 		 93 aa  180  6e-45  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  88.17 
 
 		 93 aa  161  3e-39  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  86.02 
 
 		 93 aa  160  4.0000000000000004e-39  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  86.52 
 
 		 97 aa  155  2e-37  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  80.65 
 
 		 93 aa  153  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  80.65 
 
 		 93 aa  153  6e-37  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  78.49 
 
 		 93 aa  148  3e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  79.57 
 
 		 93 aa  146  9e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  78.49 
 
 		 93 aa  144  3e-34  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  77.27 
 
 		 90 aa  143  7.0000000000000006e-34  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  78.02 
 
 		 166 aa  140  6e-33  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  76.47 
 
 		 90 aa  139  9.999999999999999e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  79.31 
 
 		 90 aa  136  7.999999999999999e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  70.97 
 
 		 93 aa  134  5e-31  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  76.19 
 
 		 90 aa  133  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  70.65 
 
 		 93 aa  133  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  70.65 
 
 		 93 aa  132  9.999999999999999e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  67.74 
 
 		 93 aa  130  6.999999999999999e-30  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  70.73 
 
 		 87 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  67.74 
 
 		 93 aa  126  1.0000000000000001e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  71.43 
 
 		 91 aa  125  2.0000000000000002e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  72.29 
 
 		 88 aa  124  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  67.82 
 
 		 89 aa  122  2e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  64.77 
 
 		 93 aa  122  2e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  65.48 
 
 		 89 aa  122  2e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  65.17 
 
 		 91 aa  117  3.9999999999999996e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  60.47 
 
 		 93 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  65.43 
 
 		 91 aa  113  1.0000000000000001e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.35 
 
 		 87 aa  107  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.54 
 
 		 89 aa  106  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.67 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  63.75 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.32 
 
 		 89 aa  105  2e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  62.67 
 
 		 94 aa  103  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  61.25 
 
 		 88 aa  103  1e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.53 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.67 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  102  3e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 94 aa  101  3e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  100  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 94 aa  100  7e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  100  7e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  63.51 
 
 		 90 aa  100  9e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  99.4  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 94 aa  100  1e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  71.76 
 
 		 87 aa  96.3  1e-19  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 90 aa  95.1  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  65.06 
 
 		 89 aa  84.7  3e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.44 
 
 		 88 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.3 
 
 		 84 aa  71.6  0.000000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  48.78 
 
 		 83 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  50.63 
 
 		 83 aa  67  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  42.35 
 
 		 87 aa  65.1  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  39.47 
 
 		 107 aa  46.6  0.0001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  39.44 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  40.85 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  39.44 
 
 		 99 aa  40.8  0.007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  34.41 
 
 		 99 aa  40  0.01  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>