60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene BBta_7743 on replicon NC_009485
Organism: Bradyrhizobium sp. BTAi1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 166 aa  320  7e-87  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  87.1 
 
 		 93 aa  151  2.9999999999999998e-36  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  84.62 
 
 		 93 aa  147  6e-35  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  83.87 
 
 		 93 aa  147  7e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  87.06 
 
 		 93 aa  145  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  81.72 
 
 		 93 aa  144  4.0000000000000006e-34  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  81.72 
 
 		 93 aa  140  7e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  82.14 
 
 		 90 aa  140  8e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  78.02 
 
 		 93 aa  139  9.999999999999999e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  84.34 
 
 		 93 aa  138  3e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  80.9 
 
 		 97 aa  138  3e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  78.26 
 
 		 90 aa  137  7e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  80.9 
 
 		 93 aa  136  2e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  73.91 
 
 		 90 aa  134  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  79.31 
 
 		 90 aa  134  7.000000000000001e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  76.34 
 
 		 93 aa  134  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  76.34 
 
 		 93 aa  134  7.000000000000001e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  79.55 
 
 		 93 aa  133  9.999999999999999e-31  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  77.11 
 
 		 87 aa  132  3e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  77.38 
 
 		 93 aa  127  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  69.57 
 
 		 91 aa  125  3e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  72.09 
 
 		 88 aa  125  4.0000000000000003e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  69.41 
 
 		 93 aa  124  7e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  68.29 
 
 		 89 aa  120  9e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  70 
 
 		 91 aa  119  9.999999999999999e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  71.95 
 
 		 89 aa  119  1.9999999999999998e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  64.84 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.28 
 
 		 87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  69.14 
 
 		 91 aa  111  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  70 
 
 		 88 aa  110  9e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.94 
 
 		 89 aa  106  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  69.14 
 
 		 94 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.25 
 
 		 89 aa  105  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.47 
 
 		 90 aa  104  5e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  65.33 
 
 		 94 aa  104  6e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  62.03 
 
 		 88 aa  103  1e-21  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.73 
 
 		 90 aa  103  1e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.22 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.22 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.86 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.67 
 
 		 94 aa  102  2e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  66.22 
 
 		 90 aa  101  4e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.86 
 
 		 94 aa  101  5e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.86 
 
 		 90 aa  101  5e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.22 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  66.22 
 
 		 90 aa  100  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.86 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  98.2  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  79.52 
 
 		 87 aa  97.4  7e-20  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  95.5  3e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  71.11 
 
 		 89 aa  89.7  2e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  54.67 
 
 		 84 aa  78.6  0.00000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  44.44 
 
 		 88 aa  77.4  0.00000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  51.9 
 
 		 83 aa  71.6  0.000000000005  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  48.81 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.37 
 
 		 83 aa  61.2  0.000000006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  38.16 
 
 		 107 aa  45.8  0.0003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  36.84 
 
 		 99 aa  42.7  0.002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  38.03 
 
 		 99 aa  42  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  38.03 
 
 		 99 aa  41.2  0.006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>