57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Xaut_2880 on replicon NC_009720
Organism: Xanthobacter autotrophicus Py2



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  100 
 
 
93 aa  179  1e-44  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  95.7 
 
 
93 aa  174  4e-43  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  86.81 
 
 
93 aa  158  3e-38  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  79.35 
 
 
93 aa  149  2e-35  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  87.06 
 
 
166 aa  146  1.0000000000000001e-34  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  78.65 
 
 
90 aa  142  1e-33  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  76.09 
 
 
93 aa  142  2e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  80.43 
 
 
93 aa  141  3e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  78.26 
 
 
93 aa  140  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  78.26 
 
 
93 aa  140  4e-33  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  86.59 
 
 
93 aa  139  9.999999999999999e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  78.65 
 
 
90 aa  137  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  80.43 
 
 
90 aa  138  3e-32  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  75 
 
 
93 aa  137  3.9999999999999997e-32  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  77.01 
 
 
97 aa  136  7.999999999999999e-32  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  75.28 
 
 
90 aa  135  2e-31  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  70.65 
 
 
93 aa  133  9.999999999999999e-31  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  72.83 
 
 
93 aa  132  1.9999999999999998e-30  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  74.12 
 
 
87 aa  130  3.9999999999999996e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  72.83 
 
 
93 aa  130  5e-30  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  72.53 
 
 
91 aa  130  5e-30  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  67.74 
 
 
93 aa  126  8.000000000000001e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  72.29 
 
 
89 aa  126  1.0000000000000001e-28  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  75.61 
 
 
88 aa  126  1.0000000000000001e-28  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  69.32 
 
 
93 aa  124  5e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  70.93 
 
 
89 aa  122  1e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  74.68 
 
 
91 aa  121  4e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  87.8 
 
 
87 aa  112  2.0000000000000002e-24  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  64.52 
 
 
91 aa  112  2.0000000000000002e-24  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  67.09 
 
 
88 aa  107  4.0000000000000004e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.47 
 
 
87 aa  107  4.0000000000000004e-23  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.73 
 
 
89 aa  107  6e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.94 
 
 
89 aa  104  3e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.67 
 
 
94 aa  105  3e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  63.29 
 
 
88 aa  104  3e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  62.82 
 
 
94 aa  103  7e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.16 
 
 
90 aa  103  9e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.62 
 
 
94 aa  102  2e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.71 
 
 
90 aa  102  2e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.92 
 
 
94 aa  102  3e-21  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  60.71 
 
 
90 aa  101  3e-21  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 
90 aa  101  4e-21  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  63.51 
 
 
94 aa  100  5e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  59.52 
 
 
90 aa  100  6e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.54 
 
 
94 aa  100  9e-21  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.86 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.86 
 
 
90 aa  99.8  1e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 
90 aa  98.6  2e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 
90 aa  97.1  7e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 
90 aa  94.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  71.08 
 
 
89 aa  88.2  4e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  52 
 
 
84 aa  75.9  0.0000000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.24 
 
 
88 aa  74.7  0.0000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  46.99 
 
 
83 aa  69.7  0.00000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  45.35 
 
 
87 aa  67.4  0.00000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45 
 
 
83 aa  63.9  0.0000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  35.53 
 
 
107 aa  42.4  0.002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>