57 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_0163 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  100 
 
 		 88 aa  169  1e-41  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  61.9 
 
 		 89 aa  114  5e-25  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  66.67 
 
 		 93 aa  114  6e-25  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  61.73 
 
 		 93 aa  109  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  61.9 
 
 		 93 aa  107  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  65 
 
 		 93 aa  106  1e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  65 
 
 		 97 aa  106  1e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.9 
 
 		 89 aa  105  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  65.38 
 
 		 90 aa  105  2e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  63.75 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  61.9 
 
 		 88 aa  104  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  58.14 
 
 		 91 aa  104  3e-22  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  63.29 
 
 		 93 aa  104  3e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  61.25 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  60 
 
 		 90 aa  103  5e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  60 
 
 		 90 aa  103  6e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  54.65 
 
 		 87 aa  103  6e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.45 
 
 		 89 aa  103  7e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  66.67 
 
 		 87 aa  103  7e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  62.5 
 
 		 93 aa  103  8e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  63.75 
 
 		 91 aa  102  1e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  62.03 
 
 		 166 aa  103  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  60.76 
 
 		 93 aa  102  2e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  60.49 
 
 		 91 aa  101  3e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  62.5 
 
 		 93 aa  101  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  62.5 
 
 		 93 aa  101  3e-21  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  62.03 
 
 		 88 aa  101  3e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  62.03 
 
 		 93 aa  101  4e-21  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  57.83 
 
 		 93 aa  101  4e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  58.75 
 
 		 93 aa  99.8  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.26 
 
 		 90 aa  99.8  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  60.76 
 
 		 93 aa  100  1e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  64.86 
 
 		 94 aa  99.4  1e-20  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  55.56 
 
 		 93 aa  100  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.75 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.38 
 
 		 94 aa  98.2  3e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  60 
 
 		 94 aa  97.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.75 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  59.09 
 
 		 89 aa  97.8  4e-20  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  65.75 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.75 
 
 		 90 aa  97.4  6e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  64.38 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.27 
 
 		 94 aa  97.1  8e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  65.75 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60 
 
 		 94 aa  96.3  1e-19  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.38 
 
 		 90 aa  96.3  1e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 94 aa  95.1  2e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.38 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.75 
 
 		 90 aa  94.4  5e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  65.43 
 
 		 87 aa  79.3  0.00000000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  56.32 
 
 		 89 aa  72.8  0.000000000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  41.77 
 
 		 84 aa  69.3  0.00000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  36.25 
 
 		 88 aa  64.7  0.0000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  43.37 
 
 		 83 aa  57  0.00000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  39.77 
 
 		 83 aa  55.8  0.0000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  36.25 
 
 		 87 aa  56.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  32.53 
 
 		 107 aa  43.1  0.001  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>