61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Gdia_0964 on replicon NC_011365
Organism: Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 91 aa  177  4e-44  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  74.16 
 
 		 91 aa  127  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  72.29 
 
 		 93 aa  124  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  71.08 
 
 		 90 aa  122  2e-27  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  73.49 
 
 		 93 aa  122  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  73.49 
 
 		 93 aa  122  2e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  69.66 
 
 		 90 aa  121  3e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  68.82 
 
 		 93 aa  121  4e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  71.08 
 
 		 97 aa  120  4e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  67.05 
 
 		 93 aa  120  4e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  69.41 
 
 		 88 aa  120  5e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  72.29 
 
 		 93 aa  120  5e-27  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  63.1 
 
 		 89 aa  120  7e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  70 
 
 		 166 aa  120  8e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  70.73 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  63.04 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  71.08 
 
 		 93 aa  119  1.9999999999999998e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  72.15 
 
 		 93 aa  118  1.9999999999999998e-26  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  65.93 
 
 		 93 aa  118  3e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  65.17 
 
 		 93 aa  117  3.9999999999999996e-26  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  65.93 
 
 		 93 aa  118  3.9999999999999996e-26  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  62.79 
 
 		 87 aa  116  9.999999999999999e-26  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  68.13 
 
 		 93 aa  115  1.9999999999999998e-25  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  68.35 
 
 		 89 aa  114  6e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  65.17 
 
 		 90 aa  113  1.0000000000000001e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  68.83 
 
 		 89 aa  112  2.0000000000000002e-24  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  70.67 
 
 		 94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  64.52 
 
 		 93 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  64.52 
 
 		 93 aa  112  2.0000000000000002e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  69.74 
 
 		 94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.92 
 
 		 90 aa  112  2.0000000000000002e-24  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.82 
 
 		 90 aa  111  3e-24  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  67.06 
 
 		 90 aa  111  4.0000000000000004e-24  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.5 
 
 		 90 aa  110  5e-24  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  69.33 
 
 		 94 aa  110  6e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  67.06 
 
 		 90 aa  110  8.000000000000001e-24  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  67.06 
 
 		 90 aa  110  8.000000000000001e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  69.74 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  66.25 
 
 		 90 aa  109  1.0000000000000001e-23  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  69.33 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  67.5 
 
 		 90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.88 
 
 		 90 aa  109  2.0000000000000002e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65 
 
 		 90 aa  107  5e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  60 
 
 		 91 aa  107  6e-23  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  64.56 
 
 		 88 aa  105  2e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65 
 
 		 90 aa  104  4e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  58.14 
 
 		 88 aa  104  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.45 
 
 		 94 aa  104  5e-22  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.83 
 
 		 87 aa  99  2e-20  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  71.43 
 
 		 89 aa  91.3  4e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  65.48 
 
 		 87 aa  85.5  2e-16  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  44.19 
 
 		 88 aa  79.3  0.00000000000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.3 
 
 		 84 aa  70.1  0.00000000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  43.75 
 
 		 87 aa  66.2  0.0000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  50.63 
 
 		 83 aa  65.1  0.0000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.57 
 
 		 83 aa  55.1  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  34.09 
 
 		 107 aa  47.4  0.00008  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  38.27 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  38.96 
 
 		 98 aa  43.1  0.001  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  34.18 
 
 		 99 aa  41.6  0.004  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
NC_010553  BamMC406_6507  hypothetical protein  37.84 
 
 		 103 aa  40.4  0.008  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>