61 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1552 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  100 
 
 		 90 aa  179  8.000000000000001e-45  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  98.89 
 
 		 90 aa  178  2.9999999999999997e-44  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  96.67 
 
 		 90 aa  174  3e-43  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  95.56 
 
 		 90 aa  171  2.9999999999999996e-42  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  95.56 
 
 		 90 aa  171  2.9999999999999996e-42  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  94.44 
 
 		 90 aa  170  5e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  94.44 
 
 		 90 aa  170  5.999999999999999e-42  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  94.44 
 
 		 90 aa  168  2e-41  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  91.11 
 
 		 90 aa  168  2e-41  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  94.12 
 
 		 94 aa  163  5.9999999999999996e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  96.43 
 
 		 94 aa  163  9e-40  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  94.05 
 
 		 94 aa  161  2.0000000000000002e-39  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  97.53 
 
 		 89 aa  159  1e-38  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  91.67 
 
 		 94 aa  159  2e-38  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  96.3 
 
 		 89 aa  157  4e-38  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  92.86 
 
 		 94 aa  157  5e-38  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  85.56 
 
 		 90 aa  155  2e-37  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.63 
 
 		 87 aa  115  1.9999999999999998e-25  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.43 
 
 		 94 aa  109  1.0000000000000001e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  66.25 
 
 		 91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  62.5 
 
 		 91 aa  108  2.0000000000000002e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  66.22 
 
 		 93 aa  107  8.000000000000001e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  62.67 
 
 		 89 aa  105  1e-22  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  65.33 
 
 		 93 aa  105  2e-22  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  66.22 
 
 		 93 aa  105  3e-22  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  67.57 
 
 		 97 aa  105  3e-22  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  61.33 
 
 		 93 aa  104  4e-22  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  60.81 
 
 		 87 aa  102  1e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  61.73 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  64.86 
 
 		 93 aa  102  3e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  64.86 
 
 		 166 aa  101  3e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  62.16 
 
 		 93 aa  100  5e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  59.52 
 
 		 93 aa  100  5e-21  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  59.76 
 
 		 91 aa  100  6e-21  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  58.23 
 
 		 93 aa  100  6e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  60 
 
 		 89 aa  100  8e-21  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  60 
 
 		 93 aa  99.4  1e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  62.16 
 
 		 90 aa  99  2e-20  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  62.16 
 
 		 93 aa  99  2e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  62.16 
 
 		 93 aa  97.8  4e-20  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  62.16 
 
 		 90 aa  97.8  4e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  60.81 
 
 		 93 aa  97.4  5e-20  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  64.38 
 
 		 88 aa  97.1  7e-20  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  62.16 
 
 		 93 aa  96.3  1e-19  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  60.81 
 
 		 93 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  60.81 
 
 		 93 aa  95.5  2e-19  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  58.11 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  60.81 
 
 		 90 aa  93.2  1e-18  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  56.25 
 
 		 88 aa  92.8  2e-18  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.56 
 
 		 84 aa  84.7  3e-16  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  67.11 
 
 		 89 aa  84.3  4e-16  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  44.44 
 
 		 88 aa  81.3  0.000000000000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  62.16 
 
 		 87 aa  69.7  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  52.63 
 
 		 83 aa  67  0.00000000008  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.24 
 
 		 83 aa  61.6  0.000000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  40.91 
 
 		 107 aa  58.9  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  42.86 
 
 		 87 aa  58.2  0.00000004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  37.18 
 
 		 99 aa  45.8  0.0002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007961  Nham_4567  conjugal transfer protein TrbD  34.67 
 
 		 99 aa  44.3  0.0006  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5378  conjugal transfer protein TrbD  36.84 
 
 		 98 aa  41.6  0.004  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.832169  normal  0.316362 
 
 
-
 
NC_012853  Rleg_5484  conjugal transfer protein TrbD  35.06 
 
 		 99 aa  40.4  0.007  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.43935  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>