56 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3539 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  100 
 
 		 87 aa  167  5e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  86.05 
 
 		 93 aa  143  1e-33  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  87.8 
 
 		 93 aa  140  6e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  86.59 
 
 		 93 aa  139  9e-33  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  85.54 
 
 		 93 aa  137  7e-32  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  75.58 
 
 		 87 aa  134  5e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  77.91 
 
 		 93 aa  134  6.0000000000000005e-31  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  78.82 
 
 		 93 aa  131  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  78.82 
 
 		 93 aa  131  3e-30  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  77.65 
 
 		 93 aa  131  3e-30  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  79.52 
 
 		 90 aa  130  5e-30  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  75.29 
 
 		 97 aa  129  1.0000000000000001e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal  1 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  76.47 
 
 		 93 aa  128  2.0000000000000002e-29  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  75.9 
 
 		 93 aa  128  3e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  73.56 
 
 		 91 aa  127  4.0000000000000003e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  75.29 
 
 		 93 aa  127  4.0000000000000003e-29  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  79.52 
 
 		 166 aa  127  7.000000000000001e-29  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  78.31 
 
 		 88 aa  126  8.000000000000001e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  74.12 
 
 		 90 aa  125  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  73.56 
 
 		 90 aa  125  2.0000000000000002e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  71.76 
 
 		 93 aa  123  7e-28  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  72.94 
 
 		 93 aa  122  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  75.31 
 
 		 91 aa  122  2e-27  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  74.7 
 
 		 90 aa  122  2e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  74.71 
 
 		 89 aa  121  3e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  72.5 
 
 		 89 aa  119  9.999999999999999e-27  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  73.75 
 
 		 93 aa  118  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  72.84 
 
 		 93 aa  115  3e-25  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  65.43 
 
 		 88 aa  111  3e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  65.48 
 
 		 91 aa  109  1.0000000000000001e-23  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.37 
 
 		 87 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.76 
 
 		 90 aa  102  2e-21  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  65 
 
 		 88 aa  102  2e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.54 
 
 		 89 aa  101  3e-21  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  64 
 
 		 94 aa  100  8e-21  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.16 
 
 		 89 aa  100  8e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.86 
 
 		 94 aa  98.6  2e-20  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  65.33 
 
 		 94 aa  98.6  3e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  98.6  3e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.96 
 
 		 94 aa  98.6  3e-20  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  98.2  3e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 94 aa  97.8  4e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.24 
 
 		 94 aa  97.4  5e-20  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  63.51 
 
 		 90 aa  97.4  5e-20  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  97.1  7e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  63.51 
 
 		 90 aa  97.1  8e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.16 
 
 		 90 aa  95.9  2e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 90 aa  94.4  4e-19  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.81 
 
 		 90 aa  90.5  6e-18  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  69.88 
 
 		 89 aa  86.7  9e-17  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  43.04 
 
 		 88 aa  73.2  0.000000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  49.35 
 
 		 84 aa  71.6  0.000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  46.51 
 
 		 87 aa  70.9  0.000000000006  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.78 
 
 		 83 aa  63.9  0.0000000007  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal  1 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.5 
 
 		 83 aa  63.2  0.000000001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>