60 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3693 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009511  Swit_3693  type IV secretory pathway, VirB3 family protein  100 
 
 
93 aa  181  2.0000000000000003e-45  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2612  putative conjugal transfer protein  87.5 
 
 
89 aa  155  2e-37  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_3853  conjugal transfer protein  73.91 
 
 
93 aa  140  6e-33  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.0395049  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2826  type IV secretory pathway VirB3 family protein  73.03 
 
 
91 aa  129  2.0000000000000002e-29  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_3088  conjugal transfer protein TrbB  72.94 
 
 
90 aa  127  4.0000000000000003e-29  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_0316  conjugal transfer protein TrbD  77.5 
 
 
91 aa  126  1.0000000000000001e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.292303  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0697  conjugal transfer protein TrbB  65.93 
 
 
93 aa  126  1.0000000000000001e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3899  type IV secretory pathway, VirB3-like  69.77 
 
 
93 aa  125  2.0000000000000002e-28  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.539501  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7442  putative conjugal transfer protein trbD  76.54 
 
 
89 aa  124  4.0000000000000003e-28  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2322  conjugal transfer protein trbB  70.45 
 
 
93 aa  124  4.0000000000000003e-28  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.379671  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2880  conjugal transfer protein TrbB  69.32 
 
 
93 aa  124  5e-28  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.0544772 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3214  conjugal transfer protein TrbB  67.05 
 
 
93 aa  123  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.0213609  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_3543  conjugal transfer protein trbB  68.54 
 
 
93 aa  123  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1192  conjugal transfer protein trbB  68.54 
 
 
93 aa  123  8.000000000000001e-28  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.567843  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0747  conjugal transfer protein TrbB  69.32 
 
 
93 aa  123  1e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.273818  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_1482  conjugal transfer protein trbB  69.88 
 
 
97 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.219741  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3196  conjugal transfer protein TrbB  64.77 
 
 
93 aa  122  2e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.285316  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_0507  conjugal transfer protein trbB  69.32 
 
 
93 aa  122  2e-27  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.142161  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3002  conjugal transfer protein TrbB  69.66 
 
 
90 aa  120  6e-27  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3829  conjugal transfer protein TrbB  65.91 
 
 
93 aa  120  7e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1011  putative conjugal transfer protein; TrbD  74.07 
 
 
88 aa  120  7e-27  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0154  conjugal transfer protein TrbB  64.77 
 
 
93 aa  119  9.999999999999999e-27  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1502  conjugal transfer protein trbD  67.07 
 
 
87 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7743  conjugal transfer protein TrbD  64.84 
 
 
166 aa  119  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.24167 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0964  putative conjugal transfer protein TrbD  63.04 
 
 
91 aa  119  1.9999999999999998e-26  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0597  conjugal transfer protein TrbB  70.89 
 
 
90 aa  118  3e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.61188  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3998  conjugal transfer protein TrbB  69.14 
 
 
90 aa  116  9.999999999999999e-26  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.865821 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3366  conjugal transfer protein trbD  67.44 
 
 
93 aa  112  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.82281 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2029  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  64.63 
 
 
94 aa  112  2.0000000000000002e-24  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.563542  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2270  conjugal transfer protein TrbD  65.79 
 
 
88 aa  108  3e-23  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_0163  Type IV secretory pathway TrbD component-like protein  61.9 
 
 
88 aa  107  5e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.578435 
 
 
-
 
NC_008757  Pnap_4197  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.16 
 
 
94 aa  107  8.000000000000001e-23  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2582  conjugal transfer TrbD transmembrane protein  58.97 
 
 
90 aa  106  1e-22  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1284  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  57.47 
 
 
89 aa  105  1e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_2006  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.84 
 
 
94 aa  106  1e-22  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2647  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.23 
 
 
94 aa  106  1e-22  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2909  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  59.26 
 
 
90 aa  106  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.809353  normal 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1837  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.73 
 
 
87 aa  105  2e-22  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_0436  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  62.67 
 
 
90 aa  105  2e-22  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1343  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  63.16 
 
 
90 aa  105  2e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.305343  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1897  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  63.16 
 
 
90 aa  105  2e-22  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_35700  P-type conjugative transfer protein TrbD  62.67 
 
 
94 aa  105  3e-22  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.163675  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_3704  conjugal transfer protein  62.67 
 
 
90 aa  105  3e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.460056  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1552  putative conjugal transfer trbD transmembrane protein  61.33 
 
 
90 aa  104  4e-22  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0401164  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_2352  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.84 
 
 
94 aa  104  4e-22  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.438534 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0728  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  57.47 
 
 
89 aa  104  4e-22  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3504  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  61.84 
 
 
90 aa  104  4e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.404804  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1318  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.53 
 
 
90 aa  102  1e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2697  putative conjugal transfer TrbD transmembrane protein  60.53 
 
 
90 aa  100  7e-21  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0609268  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0806  conjugal transfer protein  69.41 
 
 
89 aa  92.8  2e-18  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.529296  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3539  conjugal transfer protein TrbD  71.08 
 
 
87 aa  89  2e-17  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  decreased coverage  0.00461066  normal  0.47001 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2349  type IV secretory pathway VirB3 family protein  47.3 
 
 
84 aa  74.7  0.0000000000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1718  type IV secretory pathway VirB3 family protein  48.81 
 
 
83 aa  68.9  0.00000000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.00082934  normal 
 
 
-
 
NC_011061  Paes_2348  type IV secretory pathway VirB3 family protein  45.68 
 
 
83 aa  65.1  0.0000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5373  type IV secretory pathway VirB3 family protein  36.84 
 
 
88 aa  63.2  0.000000001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.0987094  normal 
 
 
-
 
NC_010335  Caul_5222  conjugal transfer protein  37.5 
 
 
87 aa  58.2  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2502  conjugal transfer TrbD family protein  37.97 
 
 
107 aa  48.1  0.00004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011984  Avi_9267  conjugal transfer protein TrbD  39.24 
 
 
99 aa  44.3  0.0006  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011991  Avi_9658  conjugal transfer protein TrbD  32.91 
 
 
99 aa  41.2  0.005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011982  Avi_8332  conjugal transfer protein TrbD  34.62 
 
 
99 aa  40.4  0.008  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.514686  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>